Đánh giá đa dạng di truyền của một số loài lan dendrobium ở khu vực phía nam việt nam báo cáo tổng kết đề tài nckh dành cho cb gv 2020

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN BỘ - GIẢNG VIÊN Tên đề tài: Đánh giá đa dạng di truyền số loài lan Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam Số hợp đồng: 2020.01.99/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Vũ Thị Huyền Trang Đơn vị công tác: Khoa CNSH, Đại học Nguyễn Tất Thành Thời gian thực hiện: 09 tháng TP Hồ Chí Minh, ngày tháng năm 2020 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc - Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN BỘ - GIẢNG VIÊN 2020 Tên đề tài: Đánh giá đa dạng di truyền số loài lan Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam Số hợp đồng: 2020.01.99/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Vũ Thị Huyền Trang Đơn vị công tác: Khoa CNSH, Đại học Nguyễn Tất Thành Thời gian thực hiện: 09 tháng Các thành viên phối hợp cộng tác: STT Họ tên Chuyên ngành Cơ quan công tác Vũ Thị Huyền Trang Công nghệ Sinh học ĐH Nguyễn Tất Thành Ký tên MỤC LỤC MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH TÓM TẮT PHẦN MỞ ĐẦU PHẦN 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 10 1.1 Giới thiệu họ Phong lan .10 1.2 Giới thiệu Dendrobium 11 1.2.1 Vị trí phân loại 11 1.2.2 Phân bố .12 1.2.3 Đặc điểm hình thái lan Dendrobium 12 1.2.4 Điều kiện sinh thái 13 1.2.5 Vai trò giá trị kinh tế lan Dendrobium 14 1.3 Giới thiệu đa dạng di truyền 15 1.3.1 Khái niệm 15 1.3.2 Vai trị phân tích đa dạng di truyền 15 1.3.3 Phương pháp phân tích đa dạng di truyền 16 1.4 Tình hình nghiên cứu 18 1.4.1 Ngoài nước .19 1.4.2 Trong nước .20 PHẦN 2: VẬT LIỆU – PHƯƠNG PHÁP 22 2.1 Nội dung nghiên cứu 22 2.2 Phương pháp nghiên cứu 22 2.2.1 Vật liệu nghiên cứu 22 2.2.2 Tách DNA tổng số, khuếch đại hai vùng trình tự ITS matK .22 2.2.3 Định danh lồi phân tích liệu trình tự 24 PHẦN 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 25 3.1 Kết thu mẫu .25 3.2 Kết phân tích đa dạng di truyền lồi Dendrobium 28 3.3 Thảo luận 34 PHẦN 4: KẾT LUẬN – ĐỀ NGHỊ 35 4.1 Kết luận 35 4.2 Kiến nghị 35 TÀI LIỆU THAM KHẢO 36 PHỤ LỤC .39 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT AFLP: Amplified Fragment LengthPolymophism ITS: Internal Transcribed Spacer SSCP: Single Strand Conformation Polymophism SSR: Simple Sequence Repeat PCR: Polymerase Chain Reaction RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA RFLP: Restriction Fragment Length Polymophism DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Trình tự mồi cho phản ứng khuếch đại vùng ITS, matK 23 Bảng 2.2 Chu trình nhiệt ITS 23 Bảng 2.3 Chu trình nhiệt matK .24 Bảng 3.1 Bảng thu mẫu số mẫu Lan Dendrobium phía Nam Việt Nam .25 Bảng 3.2 Kết khuếch đại giải trình tự vùng trình tự ITS matK mẫu lan nghiên cứu 28 Bảng 3.3 Bảng hiệu chỉnh sau nghiên cứu mẫu lan Dendrobium phía Nam Việt Nam 32 DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH Hình 1.1 Lan Dendrobium 11 Hình 3.1 Kết điện di sản phẩm PCR vùng ITS .26 Hình 3.2 Kết điện di sản phẩm PCR vùng matK 27 Hình 3.3 Cây phát sinh 30 mẫu trình tự xây dựng trình tự ITS 29 Hình 3.4 Cây phát sinh 30 mẫu trình tự xây dựng trình tự matK .30 Hình 3.5 Hình thái thân loài D hancockii loài D saclaccence giống .31 Hình 3.6 Kết BLAST trình tự ITS mẫu 24DT tương đồng với D hancockii 31 Hình 3.7 Kết BLAST trình tự matK mẫu 24DT tương đồng với D hancockii .32 TÓM TẮT Tên luận án: “Đánh giá đa dạng di truyền số loài lan Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam” Chi Dendrobium có số lượng lồi lớn, hình thái màu sắc đa dạng Đặc biệt Việt Nam độ đa dạng loài Dendrobium cao, với 107 loài phân bố vùng núi từ Bắc vào Nam số đảo ven biển Việc nhận dạng hình thái dễ bị nhầm lẫn lồi khơng có hoa Từ đánh giá đa dạng di truyền giúp quản lí nguồn gen đa dạng lồi u thích này, phục vụ cơng tác quản lí giống lai tạo Trong nghiên cứu này, thực nghiên cứu khảo sát đa dạng di truyền 30 mẫu thuộc chi Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam Kết nhận diện vào xác định tên 16 loài Vùng ITS cho tiềm cao việc nhận diện nhóm Lan Nghiên cứu cịn góp phần phục vụ cho việc phân định, chọn lai tạo giống loài Dendrobium Việt Nam PHẦN MỞ ĐẦU Hoa lan lồi hoa u thích đa dạng hình dạng hoa mùi hương Trong đó, lồi lan Dendrobium loại dễ trồng, đa dạng màu sắc giá trị kinh tế cao Đây loài lan phổ biến, thường trồng làm cảnh vườn nhà, trang trí nhà hàng, hội nghị, tạo cảnh quan khu du lịch Đặc biệt số lồi lan Dendrobium cịn dùng làm thuốc Dendrobium officinale, Dendrobium fimbriatum, Không cánh hoa lan dùng để ướp trà nguyên liệu để làm bánh Tại Việt Nam có 100 lồi Dendrobium Tuy nhiên việc nhận diện Dendrobium chủ yếu dựa vào hình thái với nhiều tên gọi thông thường khác nhau, dẫn tới việc nhận diện phân loại thiếu xác Phương pháp hình thái khơng thể nhận diện chưa hoa, mẫu bị hư hỏng trình vận chuyển khiến việc nhận diện gặp nhiều khó khăn Mặc khác, số phần lớn loài lan nhập từ nước loài lan lai tự nhiên có hình thái giống nên khó để biết xác lồi lan chủng Việc hệ thống lại đa dạng di truyền loài lan Dendrobium nhu cầu thiết thực đồng thời thách thức, nhằm quản lí hiệu đa dạng di truyền bảo tồn lồi lan đặc hữu q Từ đó, chúng tơi thực đề tài này: “Đánh giá đa dạng di truyền số loài lan Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam” nhằm xác định mối quan hệ truyền loài lan để phục vụ cho việc phân định, chọn lai tạo giống Mục tiêu đề tài: Xây dựng liệu trình tự ITS matK số giống Dendrobium Đánh giá độ đa dạng di truyền giống Dendrobium khu vực phía Nam dựa vào vùng trình tự ITS matK 10 PHẦN 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu họ Phong lan Họ Phong lan (Orchidaceae) với 750 chi 20.000 – 25.000 loài (theo A.L Takhtajan, năm 1987), đứng thứ hai sau học Cúc (Asteraceae) họ lớn lớp Một mầm (Monocotylendoneae) Chính thế, hình thái, cấu tạo hệ thống phân loại họ đa dạng phức tạp (Trần Hợp, 1998) Phần lớn họ Phong lan gồm loài thân thảo, sống lâu năm Nơi sống gồm đất, nơi hốc, vách đá sống phụ, sống hoại… Tuy nhiên, nét độc đáo họ lối sống phụ (bì sinh) bám, treo lơ lửng vỏ thân gỗ khác (Trần Hợp, 1998) Trong khoảng 600 loài lan nhiệt đới, có 10 chi thu hút ý hấp dẫn đầu tư chủ yếu dựa giá trị thương mại khả lai giống tốt gồm: Cattleya, Cymbidium, Dendrobium, Lycaste, Miltonia, Odontoglosum, Oncidium, Paphiopedium, Phalaenopsis loài Vanda Vài loài lân cận lai ghép với loài kể cho giống lai quen thuộc mà ngày người ta có nhiều thơng tin đặc tính di truyền đến kỹ thuật rồng cụ thể (Trần Văn Bảo, 2002) Sự phân chia họ Phong lan phức tạp Theo Rasmussen in Dahlgren et al (1985), họ Phong lan chia họ phụ sau: Apostaioideae, Cypripedioideae, Neottioideae, Orchidioidease, Epidendroideae Vandoideae Cả họ phụ phân bố rộng rãi Trái Đất, làm cho họ Phong lan trở thành họ toàn cầu (Trần Hợp, 1998) Họ Phong lan phân bố 68o độ vĩ bắc đến 56o độ vĩ Nam, nghĩa từ gần Cực Bắc xuống tận đảo cuối Cực Nam Ostralia Tuy nhiên, trung tâm phân bố họ vùng nhiệt đới, đặc biệt châu Mỹ Đông Nam châu Á Ở châu Á giàu loài chi Dendrobium (1400 loài), Coelogyne (200 loài), Vanda (60 loài), chi Phalaenopsis (35 loài), (Trần Hợp, 1998) 67 68 69 Phụ lục 4: Hợp đồng, thuyết minh đề cương 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 ... luận án: ? ?Đánh giá đa dạng di truyền số lồi lan Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam? ?? Chi Dendrobium có số lượng lồi lớn, hình thái màu sắc đa dạng Đặc biệt Việt Nam độ đa dạng loài Dendrobium. .. quý Từ đó, chúng tơi thực đề tài này: ? ?Đánh giá đa dạng di truyền số loài lan Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam? ?? nhằm xác định mối quan hệ truyền loài lan để phục vụ cho việc phân định, chọn... đánh giá đa dạng di truyền xác định lồi Dendrobium phía Nam Việt Nam Kết lần khẳng định ảnh hưởng ITS việc đánh giá đa dạng di truyền việc xác định lồi Dendrobium khơng miền Nam Việt Nam mà cịn