Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống
1
/ 60 trang
THÔNG TIN TÀI LIỆU
Nội dung
TỔNG LIÊN ĐOÀN LAO ĐỘNG VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC TƠN ĐỨC THẮNG KHOA : KHOA HỌC ỨNG DỤNG KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁC GIỐNG NGÔ CHỌN LỌC BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR Ngành : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Sinh viên thực : LỤC PHƯƠNG LINH Niên khóa : 2006- 2011 Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 2/ 2011 TỔNG LIÊN ĐỒN LAO ĐỘNG VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC TƠN ĐỨC THẮNG KHOA : KHOA HỌC ỨNG DỤNG KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁC GIỐNG NGƠ CHỌN LỌC BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR Giảng viên hướng dẫn: Sinh viên thực hiện: Th.S TRƯƠNG QUỐC ÁNH LỤC PHƯƠNG LINH Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 2/ 2011 LỜI CẢM ƠN Con xin chân thành tri ân ba mẹ gia đình ni nấng cho ăn học thành tài.s Cảm ơn Ban giám hiệu, khoa Khoa học ứng dụng, Bộ môn Công nghệ Sinh học trường Đại học Tôn Đức Thắng, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam hỗ trợ, tạo điều kiện cho tơi học tập hồn thành đề tài tốt nghiệp Em xin chân thành cảm ơn ThS Trương Quốc Ánh, chị Trương Thị Tú Anh, anh Lương Thế Minh anh Lý Hậu Giang anh chị phịng Cơng nghệ Sinh học – Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam tận tình giúp đỡ, hướng dẫn, động viên em suốt q trình làm đề tài tốt nghiệp Tơi cảm ơn bạn lớp Cơng nghệ sinh học, niên khóa 2006 – 2011 chia sẻ vui buồn thời gian học tập trường Xin chân thành tri ân Lục Phương Linh iii TÓM TẮT Đề tài: “Phân tích đa dạng di truyền giống ngơ chọn lọc thị phân tử SSR” thực phịng thí nghiệm Sinh học Phân tử, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam, từ tháng 10/2010 đến tháng 01/2011 Hướng dẫn khoa học: ThS Trương Quốc Ánh – Phịng Nghiên cứu Cơng nghệ Sinh học, Viện khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam Việt Nam Ngô lương thực quan trọng đứng thứ ba sau lúa lúa mì, trồng nhiều nơi giới, thích hợp nhiều vùng với điều kiện đất đai, thời tiết khí hậu khác Theo kế hoạch, năm 2011 nước ta nâng diện tích trồng ngơ lên 1,2 triệu ha, suất 4,5 tấn/ha sản lượng 5,4 triệu Để tăng suất phục vụ cho kinh tế, cần có đánh giá mức đa dạng di truyền khoảng cách di truyền giống ngô, nhằm tránh việc giảm ưu lai hệ sau Để nghiên cứu đa dạng di truyền, nhiều phương pháp khác tiến hành Trong đó, thị SSR công cụ đắc lực việc đánh giá mức độ đa dạng di truyền xác Vì vậy, nghiên cứu “Phân tích đa dạng di truyền giống ngô chọn lọc thị phân tử SSR” thực Để cải thiện suất giống ngơ mức độ đa dạng di truyền đóng vai trị quan trọng Trong nghiên cứu này, 36 giống ngơ chọn lọc để ly trích DNA Sau đó, thực phản ứng PCR với cặp mồi SSR, điện di để có số liệu đánh giá đa dạng di truyền Kết phân nhóm di truyền 36 giống ngơ chia làm hai nhóm lớn, đó, giống T05-2, HH07-3 nhóm 2.1 giống HH06-6, HH06-7, HH06-8 nhóm 2.2.2.2 có mức độ di truyền gần 100% làm sở chọn lọc cặp lai chọn giống ngô ưu lai iv MỤC LỤC Trang iii LỜI CẢM ƠN TÓM TẮT iv MỤC LỤC v DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT viii DANH SÁCH CÁC BẢNG ix DANH SÁCH CÁC HÌNH x Chương 1:MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Nội dung thực 1.3 Yêu cầu Chương 2:TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Cơ sở khoa học ngô 2.1.1 Nguồn gốc 2.1.2 Phân loại thực vật ngơ 2.1.3 Đặc điểm hình thái 2.2 Tình hình sản xuất tiêu thụ ngơ nước giới 2.2.1 Thế giới 2.2.2 Việt Nam 2.3 Đa dạng di truyền chọn tạo giống 10 2.3.1 Khái niệm đa dạng di truyền 10 2.3.2 Ý nghĩa phân tích đa dạng di truyền 11 2.4 Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền ngô giới Việt Nam thị phân tử 11 2.4.1 Thế giới 11 2.4.2 Việt Nam 12 2.5 Ứng dụng thị phân tử vào phân tích đa dạng di truyền 13 2.5.1 RFLP- Restriction fragment length polymorphism 15 v 2.5.2 RAPD- Random amplified polymorphic DNA 15 2.5.3 AFLP- Amplified fragment length polymorphism 16 2.5.4 SSR- Simple sequence repeat (microsatelitte) 16 2.6 Giới thiệu kỹ thuật PCR 20 2.6.1 Nguyên tắc phản ứng PCR 20 2.6.2 Thành phần phản ứng PCR 20 2.6.3 Các giai đoạn phản ứng PCR 22 2.6.4 Ưu nhược điểm kỹ thuật PCR 23 2.7 Giới thiệu kỹ thuật điện di 24 2.7.1 Nguyên tắc 24 2.7.2 Cách tiến hành 24 2.8 Phần mềm NTSYCpc version 2.11X 26 2.8.1 Giới thiệu chung 26 2.8.2 Ứng dụng 27 Chương 3:VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 29 3.1 Thời gian địa điểm tiến hành thí nghiệm 29 3.1.1 Thời gian 29 3.1.2 Địa điểm 29 3.2 Vật liệu 29 3.2.1 Các giống ngơ thí nghiệm 29 3.2.2 Hóa chất dùng thí nghiệm 29 3.2.3 Thiết bị dùng thí nghiệm 30 3.3 Phương pháp 31 3.3.1 Ly trích DNA 31 3.3.2 Định tính sản phẩm DNA sau ly trích điện di 31 3.3.3 Định lượng sản phẩm DNA đo OD 32 3.3.4 Phản ứng PCR 32 3.3.5 Điện di sản phẩm PCR 33 3.4 Xử lý số liệu 33 vi 3.4.1 Mã hóa số liệu 33 3.4.2 Khởi động chương trình NTSYCpc version 2.11X 34 3.4.3 Tạo kết dạng biểu đồ 34 3.4.4 Các cơng thức tính dùng cho phân tích đa dạng di truyền 35 Chương 4:KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 36 4.1 Sản phẩm DNA tổng số sau ly trích 36 4.2 Phân tích đa dạng di truyền dựa SSR 38 4.3 Phân nhóm di truyền 36 giống ngô giãn đồ dendrogram 41 Chương 5:KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 44 5.1 Kết luận 44 5.2 Kiến nghị 44 TÀI LIỆU THAM KHẢO 45 PHỤ LỤC vii DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT A : Ampe bp : Base pair CIMMYT : International Maize and Wheat Improvement Center CTAB : Cetyltrimethylammonium bromide DNA : Deoxyribonucleic acid dNTP : Deoxynucleotide triphosphate EDTA : Ethylene diaminetetra acetic acid g : gram μg : Microgam μL : Microlitte mg : Miligram OD : Optical density PCR : Polymerase Chain Reaction RNA : Ribonucleic acid RNAse : Ribonuclease SDS : Sodium Dodecyl Sulfate Tm : Melting temperature (nhiệt độ nóng chảy) U : Đơn vị hoạt tính Taq UPGMA : Unweighted Pair Group of Arithmetic Means UV : Ultra Violet V : Volt viii DANH SÁCH CÁC BẢNG Trang Bảng 2.1 Sản lượng ngô sản xuất giới năm 2005-2007 Bảng 2.2 Diện tích, suất sản lượng ngơ, lúa mì, lúa nước giới 1961- 2007 Bảng 2.3 Sản xuất ngô Việt Nam giai đoạn 1961- 2007 Bảng 2.4 Các loại marker DNA 14 Bảng 2.5 Đặc tính phân tách gel agarose polyacrylamide 26 Bảng 3.1 Trình tự đoạn mồi SSR 29 Bảng 3.2 Thành phần phản ứng PCR 32 Bảng 3.3 Chu trình nhiệt phản ứng PCR 33 Bảng 4.1 Giá trị OD mẫu ngơ sau ly trích 36 Bảng 4.2 Tổng số allen khuếch đại 36 giống ngô với mồi SSR 39 Bảng 4.3 Thơng tin tính đa hình PIC cặp mồi SSR 40 ix DANH SÁCH CÁC HÌNH Trang Hình 2.1 Cây ngơ Hình 2.2 Kỹ thuật PCR 23 Hình 2.3 Hệ thống điện di điển hình 25 Hình 2.4 Giao diện phần mềm NTSYSpc version 2.11X 28 Hình 4.1 Kết điện di số mẫu ngơ sau ly trích 36 Hình 4.2 Kết điện di 14 giống ngô với mồi umc 1354 38 Hình 4.3 Cây di truyền biểu thị quan hệ tương quan 36 giống ngô khảo sát 41 x Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1 Sản phẩm DNA tổng số sau ly trích Tinh DNA bước khởi đầu quan trọng, định thành công nghiên cứu chức gen Có nhiều quy trình nghiên cứu khác để tinh DNA Quy trình ly trích DNA Murray Thomson (1980) đạt hiệu tốt DNA ly trích có độ tinh khiết cao CTAB sử dụng quy trình tạo phức hợp nucleic acid-CTAB, lắng xuống q trình ly tâm , cịn carbohydrate , protein tạp chất khác bề mặt , người ta thu nhận phức hợp nucleic acid – CTAB Thêm vào đó, có mặt muối sodium acetate có khả làm biến tính enzyme phân hủy DNA Mặt khác, bước sử dụng phenol : chloroform : isoamylalcohol lặp lại lần liên tiếp kết hợp với ly tâm loại bỏ hết lượng protein polysaccharide có mẫu Do đó, DNA thu tốt, đảm bảo cho phản ứng PCR xảy Hình 4.1: Kết điện di số mẫu ngơ sau ly trích Hình 4.1 cho thấy sản phẩm DNA sau ly trích đạt kết tốt, DNA khơng có tượng đứt gãy lượng tạp DNA loại bỏ hồn tồn, chứng tỏ qui trình ly trích phù hợp với giống ngơ khảo sát 36 Bảng 4.1: giá trị OD DNA mẫu ngơ sau ly trích Ký hiệu 12 13 15 16 19 20 23 21 36 37 39 40 41 43 46 48 51 55 56 58 60 64 65 67 70 71 73 76 78 79 83 87 88 A260 0.852 0.167 0.195 0.316 0.438 0.341 0.107 0.133 0.229 0.267 0.152 0.385 0.147 0.413 0.159 0.192 0.221 0.164 0.095 0.229 0.018 0.028 0.048 0.273 0.317 0.069 0.659 0.364 0.255 0.734 0.230 0.132 0.266 0.713 0.325 0.215 A280 0.455 0.108 0.120 0.273 0.231 0.186 0.056 0.072 0.120 0.140 0.084 0.207 0.080 0.210 0.087 0.101 0.117 0.088 0.053 0.121 0.01 0.015 0.031 0.173 0.24 0.035 0.391 0.231 0.138 0.389 0.148 0.083 0.183 0.371 0.204 0.138 A260/A280 1.8718 1.5465 1.6193 1.1593 1.8956 1.8356 1.8906 1.8454 1.9175 1.9092 1.8106 1.8592 1.8322 1.9687 1.8219 1.9056 1.8830 1.8482 1.7952 1.8984 1.7625 1.5401 1.5454 1.5740 1.3241 1.3779 1.6857 1.5804 1.8459 1.8843 1.5542 1.6008 1.4526 1.9208 1.5970 1.5626 37 Nồng độ DNA (ng/µl) 852.463 166.910 195.057 315.903 437.529 341.235 106.536 132.884 229.222 267.345 152.122 384.620 146.683 412.834 159.019 192.421 220.926 163.561 273.201 229.426 439.392 693.447 120.178 681.264 793.192 122.155 658.9913 364.3854 255.3829 733.5987 230.4710 132.1369 266.2509 713.2051 325.0102 215.1663 Áp dụng quy trình ly trích DNA Murray Thomson (1980), ta tiến hành ly trích DNA 36 giống để thực phản ứng PCR với SSR primer Kết định lượng DNA quang phổ kế (bảng 4.1) cho thấy DNA 36 giống ngơ chọn có độ tinh tương đối cao với tỉ lệ OD260nm/OD280nm nằm khoảng 1.5 đến 1.9 lượng DNA có mẫu lớn 100 ng/µl Những mẫu có tỉ lệ OD độ tinh khơng cao ta tiến hành phản ứng PCR cách pha loãng mẫu ly tâm thêm lần để thu DNA tinh 4.2 Phân tích đa dạng di truyền dựa SSR Hình 4.2: Kết điện di 14 giống ngô với mồi umc 1354 Phân tích mối quan hệ di truyền 36 giống ngô thu thập sử dụng cặp mồi SSR chọn lọc(umc 1354, phi 19600, bnlg1064, phi 99852) có thơng tin đa hình cao để phân tích mối quan hệ di truyền 36 giống ngô Kết phân tích thu thập số 38 lượng đoạn DNA nhân với cặp mồi có kích thước khoảng 100bp- 300bp Tổng số 157 allen ghi nhận qua locus Trong đó, locus umc1354 cho nhiều allen với 54 allen qua 36 giống; locus phi 99852 cho allen với 21 allen (bảng 4.2) Số allen giống qua locus ghi nhận có khác Allen tổng số giống L22-8 (giống 46) có số allen nhiều với allen Bảng 4.2: Tổng số allen khuếch đại 36 giống ngô với mồi SSR Giống Mồi 12 13 15 16 19 20 23 21 36 37 39 40 41 43 46 48 51 55 56 58 60 64 65 67 70 71 73 76 78 79 83 87 88 Tổng Umc1354 3 2 1 2 0 2 3 1 0 1 54 Phi 19600 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 40 Bnlg1064 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 42 39 Phi 99852 1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 21 Tổng 6 5 3 3 5 5 3 3 157 Phân tích đa dạng di truyền locus cho thấy trung bình cho thấy 3.25 allen locus, phạm vi allen từ 2-5 Mặc dù, thơng tin đa hình có khác trị số locus có hai locus phi 19600 phi 99852 có PIC 0.5) (bảng 4.3) Điều cho biết phân tích đa dạng di truyền locus cho kết tốt (Zhang cộng sự, 2005) Bảng 4.3: Thông tin tính đa hình PIC cặp mồi SSR STT Tên mồi Allen PIC Umc1354 0.76 Phi 19600 0.47 Bnlg 1064 0.6 Phi 99852 0.44 3.25 0.56 Trung bình Thật vây, kết có số PICtb= 0.56 >0.5 có ý nghĩa số chưa cao (lớn 0.6).Điều số lượng locus đem phân tích đa dạng di truyền chưa đủ Như biết,cây ngơ có 10 nhiễm sắc thể lượng genome lớn có nhiều yếu tố gen nhảy (transposon) so với ngũ cốc khác, nguyên nhân làm thay đổi số allen thơng tin đa hình locus 40 4.3 Phân nhóm di truyền 36 giống ngơ giản đồ dendrogram Hình 4.3 : Cây di truyền biểu thị mối quan hệ tương quan 36 giống ngô khảo sát 41 Kết phân nhóm di truyền 36 mẫu ngơ dùng thí nghiệm có độ tương đồng mặt di truyền mức 15%, chia thành nhóm lớn: Nhóm 1: gồm giống H06-4, L22-24, V-10, D11 Và giống có độ tương đồng di truyền 29% Điều phù hợp chúng xuất phát từ quần thể khác thu thập, chọn lọc lưu trữ ngân hàng gen Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam (phụ lục 1) Nhóm 2: gồm nhóm phụ có mức độ tương đồng di truyền giống thuộc nhóm 23% o Nhóm 2.1: gồm giống VL3, T05-2, HH07-3, L22-4, A1-3, VT-6-1, VL46 giống có độ tương đồng di truyền 49% o Nhóm 2.2: chia thành nhóm nhỏ nhóm có độ tương đồng di truyền 25% Nhóm 2.2.1: gồm MR07-1-2, CML161, MR07-2, A1-1, R8, VL36, D12, CLR-CY036, độ tương đồng di truyền nhóm 45% Nhóm 2.2.2: phân thành nhóm với độ tương đồng di truyền 26% Nhóm 2.2.2.1: mức độ tương đồng di truyền 41% gồm giống MR06-8, T04-2, L22-11, L22-8, VK1, T04-3, VL20, V672, H06-2 Nhóm 2.2.2.2: giống VL12, 30D-2, V3A, H06-6, H06-7, H068, MR06-9, VL29 với hệ số tương đồng di truyền 31% Ở nhóm 2.1, hai giống T05-2 HH07-3 có tương đồng mặt di truyền 100%, cho thấy hai giống xuất phát từ quần thể Điều phù hợp hai giống xuất phát từ ngân hàng gen Viện KHKTNN Miền Nam chọn lọc từ quần thể ban đầu (phụ lục 1) 42 Đối với giống H06-6, H06-7 H06-8 nhóm 2.2.2.2 độ tương đồng di truyền 100% có nguồn gốc từ dòng ban đầu (phụ lục 1) Điều cho thấy trình chọn lọc từ qua hệ khác locus đem phân tích dịng biến đổi Trong trường hợp cặp giống MR06-8 T04-2, MR07-2 A1-1, VL20 V67-2, dù có nguồn gốc khác lại có độ tương đồng di truyền 100% trình chọn lọc ảnh hưởng gen nhảy hay đột biến locus mà quan tâm hay lẫn lộn trình thu thập giống làm cho giống tương đồng di truyền Điều không tốt công tác lai giống Chúng ta khó tạo giống lai có suất vượt trội bố mẹ với bố mẹ có di truyền gần 43 Chương KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận Đa dạng di truyền đóng vai trị quan trọng cơng tác lai tạo, cải thiện giống Nghiên cứu với mục đích đánh giá đa dạng di truyền 36 giống ngô cặp primer SSR Đây bước khởi đầu cho việc lai giống, nhằm chọn tạo giống ngô với đặc tính mong muốn, giúp tăng suất trồng Phân tích thơng tin đa hình chọn lọc thị phân tử cho đa hình cao, hai thị phân tử umc 1354 bnlg 1064 có số PIC >0.5, thể rõ sử dụng hai thị vào phân tích đa dạng di truyền ngơ ổn định Kết phân nhóm di truyền 36 giống ngơ chia làm hai nhóm lớn, đó, giống T05-2, HH07-3 nhóm 2.1 giống HH06-6, HH06-7, HH06-8 nhóm 2.2.2.2 có mức độ di truyền gần 100% làm sở chọn lọc cặp lai chọn giống ngô ưu lai 5.2 Kiến nghị Trong phạm vi đề tài, phân tích đa dạng di truyền dựa vào kiểu gen sử dụng thị phân tử cho đa hình cao Tuy nhiên, thời gian thực tập kinh phí hạn hẹp nên dùng số lượng thị phân tử đem phân tích cịn so với genome khổng lồ ngơ Mặt khác, cần phân tích tính trạng nơng học kiểu hình giống ngơ, kết hợp với phân tích kiểu gen nhiều locus hơn, cho nhìn tổng quan mối quan hệ di truyền giống 44 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang 2004 Di truyền phân tử Nhà xuất Nơng Nghiệp, Tp Hồ Chí Minh Bùi Mạnh Cường, Phan Xuân Hào, Nguyễn Văn Trường, Đồn Thị Bích Thảo (2004) Phân tích đa dạng di truyền tập đồn dịng ngơ thị SSR Tạp chí Nơng nghiệp Phát triển nơng thơn, số 1, trang 32- 35 Lê Trọng Cúc 2002 Đa dạng sinh học bảo tồn thiên nhiên Nhà xuất Đại học Quốc gia Hà Nội Cao Đắc Điểm 1988 Cây ngô Nhà xuất Nông Nghiệp Phan Xuân Hào, Bùi Mạnh Cường, Nguyễn Văn Trường, Đoàn Thị Bích Thảo (2005) Phân tích đa dạng di truyền dịng ngơ mối quan hệ hệ số di truyền với suất tổ hợp lai ngô thể qua thị SSR Tạp chí Nơng nghiệp Phát triển nơng thơn, số 3, trang 22-25 GS-TS Lê Đình Lương 2001 Nguyên lý Kỹ thuật Di Truyền Nhà xuất Khoa Học Kỹ Thuật Dương Minh 1999 Giáo trình mơn “Hoa Màu” Khoa Nông nghiệp, Đại học Cần Thơ Ngô Thị Minh Tâm, Bùi Mạnh Cường (2007) Sử dụng thị SSR phân tích đa dạng di truyền để dự đoán ưu lai khả kết hợp số dịng ngơ Tạp chí Nơng nghiệp phát triển nông thôn, số 5, trang 3034 Ngơ Hữu Tình, Trần Hồng Uy, Võ Đình Long, Bùi Mạnh Cường, Lê Quí Kha, Nguyễn Thế Hùng 1997 Cây ngô – Nguồn gốc, đa dạng di truyền q trình phát triển Nhà xuất Nơng Nghiệp, Hà Nội 10 Khuất Hữu Thanh 2006 Cơ sở di truyền phân tử kỹ thuật gen Nhà xuất Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội 11 Trần Thị Xô, Nguyễn Thị Lan 2005 Cơ sở di truyền công nghệ gen Nhà xuất Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội Tài liệu nước 12 Bajaj Y P S 1994 Biotechnology in Maize Improvement Biotechnology in Agriculture and Forestry 25 Maize edited by Bajaj Y P S Springer Verlag 45 13 Busavaraj Holeyachi and Ravundra Gadag 2005 Analasis of genetic potentially of forty Maize single cross hybrids and diversity among their parental lines Proceedings of the Ninth Asian Regional Maize Workshop, 76 14 Chamnan Chutkaew 1994 Baby Corn Production in Thailand – A success Story 15 CIMMYT 1993 – 1994 World Maize Facts and Trends 16 CIMMYT September 5-9, 2005 Bejing, China Proceedings of the Ninth Asian Regional Maize Workshop 17 E.E Magulama, E.K.Sales, N.G Butardo and R.C Cadungog 2005 Genetic diversity as revealed by SSR markers and combining ability among yellow Maize inbred lines Proceedings of the Ninth Asian Regional Maize Workshop, 79 18 Ma, Z.Q., Roder, M and Sorrells, M.E 1996 Frequencies and sequence characteristics of di-, tri-, and tetra-nucleotide microsatellites in wheat-Genome 39, 123–30 19 Nei M, Li WH 1979 Mathematical model for studying genetic variation interms of restriction endonucleases Proc Nat Acad Sci USA 76: 5269-5273 20 Schleif and Wensink 1981 Practical Methods in Molecular Biology Springer – Verlag, Newyork 21 Shsh et al Genetic diversity of Pakistani maize genotypes using chromosome specific simple sequence repeat (SSR) primer sets.2009 22 Slusanschi H 1957 Compozitia Chimica si Intrebuintarea Porumbului Porumbul – studiu monografic Ed Academiei RPR 23 T A Brown 1990 Gene cloning – an introduction, 2nd edition Chapman and Hall, London, UK 24 Tran Dinh Gioi, K.S Boora and Kamla Chaudhary Investigation of genetic relationship among yellow mosaic virus resistant cowpea lines using microsatellite markers 2010 25 Viktor Korzun (Lochow-Petkus GmbH, Grimsehlstr.24, 37574 Einbeck, Germany) Molecular markers and their applications in cereals breeding 26 Xiaohui Li, Xinhai Li, Mingshun Li, Chuanxiao Xie and Shihuang Zhang 2005 Application of SSR markers in Maize varietal identification and protection Proceedings of the Ninth Asian Regional Maize Workshop, 45 46 Trang web 27 http://www.academicjournals.org/AJB 28 Dương Minh Tài liệu môn Hoa Màu Đọc từ http://www.ctu.edu.vn/colleges/agri/gtrinh/caybap 29 http://www.maizegdb.org 30 Đa dạng sinh học Đọc từ http://www.vea.gov.vn/VN/quanlymt/baotondadangsh/gioithieu/khái niệm đa dạng di truyền.aspx 47 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Tên nguồn gốc 36 giống ngô thí nghiệm Ký hiệu 12 13 15 16 19 20 21 36 37 39 40 41 43 46 48 51 55 56 58 60 64 65 67 70 71 73 76 78 79 83 23 87 88 Tên dòng Phả hệ (Pedigree) Nguồn gốc VL3 VT-6-1 VL12 MR06-8 MR06-9 MR07-1-2 MR07-2 T04-2 T04-3 T05-2 H06-2 H06-4 H06-6 H06-7 H06-8 HH07-3 L22-8 L22-4 L22-11 VL36 L22-24 A1-1 A1-3 VL46 30D-2 VK1 VL20 V67-2 V3A V-10 D11 D12 VL29 R8 CLR-CY036 CML161 P 32/45 -1-2-#1-3-5-7-3 P30Y87-2-5-7-2-1-2-5-1 DK888-2-1-5-7-2-3-6-1 G45-2-1-4-7-2-3-1-3-6-1 DK54-3-1-5-2-1-4-2-6-8 NK54-1-2-5-1-3-2-6-9-2 G49-2-3-1-5-9-2-1-3-5 TH12/20-2-4-1-5-9-5-2-3 TH61/34-2-5-9-1-4-2-5-2-3 TH19/25-2-4-8-3-5-1-2-1 TH91/22-2-4-1-7-2-1-3-1 TH3-1/21-1-3-7-9-2-5-1-2 TH44/23-1-3-2-5-8-1-4-2 TH32/12-2-4-1-8-5-7-1-3 TH82/13-1-4-1-8-3-9-5-1-3 TH21/11-2-9-6-2-5-8-1-5 SCLN-9-4-1-7-3-5-8-9-8 SCLN12/21-9-3-1-7-9-2-1-4 SC11/21-4-8-9-1-3-2-6-7-9 TH13/V2-2-9-4-5-1-2-7-8 TH302-1-2-9-2-4#1-4-8-6 TH12/A1-2-8-4-9-2-1-6-8-7 TH27/A3-3-8-4-1-6-9-3-9-8 THV32-1-5-9-6-2-4-1-2-3 RCP30D-1-5-9-3-7-3-8-4-2 RCP80T-4-7-9-1-4-3-6-7-1 THV23/51-2-5-7-1-3-9-8-3 RCV23/11-2-6-9-3-1-5-7-8 VA83/24-3-6-1-9-7-2-5-8-4 TH25-3-1-5-9-3-2-5-6-1 Mẹ giống V98-2 Bố giống V98-2 G49-2-1-3-6-9-3-1-2 C222-1-3-6-9-4-1-3-2 CIMMYT CIMMYT Viện Viện Viện Cibagei Cibagei Cibagei Cibagei Viện Viện Viện Viện Viện Viện Viện Viện Viện NongluongSeed NongluongSeed NongluongSeed Viện NongluongSeed Viện Viện Cargill Pioneer Pioneer Pioneer Syngenta Syngenta Syngenta Viện Viện CIMMYT Viện CIMMYT CIMMYT Phụ lục 2: Hình điện di sản phẩm DNA sau ly trích giống ngơ Phụ lục 3: Hình điện di sản phẩm PCR mồi SSR Ghi chú: mồi phi 19600 Ghi chú: mồi bnlg 1064 Phụ lục 4: Một số thiết bị phịng thí nghiệm (b) (a) (c) (d) (e) (f) (a) Pipette, tip 1000 μl; 200 μl; 10 μl, (b) Máy ủ 37 C (Biorad), (c) Máy thực phản ứng PCR, (d) Máy minispin (Đức), (e) Máy ủ rung (Đức), (f) Máy ly tâm lạnh (Đức) o ... Kết phân nhóm di truyền 36 giống ngơ chia làm hai nhóm lớn, đó, giống T0 5-2 , HH0 7-3 nhóm 2.1 giống HH0 6-6 , HH0 6-7 , HH0 6-8 nhóm 2.2.2.2 có mức độ di truyền gần 100% làm sở chọn lọc cặp lai chọn... subsp.indurata sturt - ngô đá Zea mays subsp.indentata sturt - ngô ngựa Zea mays subsp.ceratina kulesh - ngô nếp Zea mays subsp.saccharata sturt - ngô đường Zea mays subsp.everta sturt - ngô nổ Zea mays... di nằm (Bio-RAD – Power Pac Basic USA) Máy chụp hình gel tia UV (UVP laboratory , GDS-8000 system.) Tủ thao tác PCR (ESCO IEC601 0-1 ) Máy PCR (eppendort – 553 2-5 3091, Realtime Bio-RAD 584BR4769)