TỈ lệ KHÁC NHAU của KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN c với 2 VÙNG GIẢI TRÌNH tự KHÁC NHAU

14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU Home Page | Tài liệu chuyên môn | Bạn cần biết hệ | Thông tin hội nghị | Liên    TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU: 5’NC VÀ NS5B CỦA BỆNH NHÂN VIỆT NAM TẠI TRUNG TÂM Y KHOA MEDIC Phạm Thị Thu Thủy Hồ Tấn Đạt Nguyễn Bảo Toàn Trung Tâm Y Khoa Medic -TP HCM Tóm tắt Đặt vấn đề: Kiểu gen siêu vi viêm gan C đóng vai trị quan trọng tiên lượng khả thành công điều trị thời gian cần thiết điều trị Đặc biệt với đời hệ thuốc uống (DAA) u cầu xác định xác kiểu gen siêu vi viêm gan C giữ vai trò quan trọng, loại thuốc uống định cho kiểu gen định Một số nghiên cứu công bố cho thấy xác định lầm kiểu gen thành kiểu gen định kiểu gen đoạn 5’NC so với việc xác định kiểu gen siêu vi C đoạn gen NS5B hay đoạn gen C (Core) nghiên cứu: Mục tiêu Xác định tần suất kiểu gen bệnh nhân Việt Nam viêm gan siêu vi C mạn điều trị Trung Tâm Y Khoa MEDIC giải trình tự đoạn gen 5’NC NS5B Tìm hiểu tần suất kiểu gen khác thực giải trình tự đoạn gen NS5B trường hợp xác định kiểu gen giải trình tự đoạn gen 5’NC Vật liệu phương pháp: cắt ngang Chúng hồi cứu Đây nghiên cứu hồi cứu nhóm bệnh nhân: Nhóm tổng cộng 3686 trường hợp định kiểu gen siêu vi C đoạn gen 5’NC( nam chiếm 48,86%, nữ chiếm 51,14% với độ tuổi trung bình 49,20 ± 11,48 từ tháng 01/2007 đến tháng 08/2011); Nhóm tổng cộng 176 trường hợp định kiểu gen siêu vi C đoạn gen NS5B( nam chiếm 43,18%, nữ chiếm 56,81% , với độ tuổi trung bình 50,01 ± 8,63 từ tháng 8/2013 đến tháng 5/2014); Nhóm 101 trường hợp lấy ngẫu nhiên kiểu gen xác định đoạn gen 5’NC xác định lại kiểu gen siêu vi C đoạn NS5B (nam chiếm 41,58%, nữ chiếm 58,42% với độ tuổi trung bình 53,12 ± 11,02 từ tháng 8/2013 đến tháng 4/2014) Dùng kỹ thuật giải trình tự để xác định kiểu gen siêu vi C: Đối với đoạn gen 5’NC thực hệ thống Trugene Siemens, đoạn gen NS5B thực hệ thống ABI PRISM® 3730XL Analyzer, 96 capillary type (Applied Biosystems) Kết quả: Nhóm 1: Kiểu gen chiếm nhiều nhất: 59,98% (trong kiểu gen 9,39%, 1a 12,96%, 1b 37,63%); kiểu gen 6: 24,15% (trong kiểu gen 1,28%, 6a 22,68%, 6b ể www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html ế ể 1/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU 0,19%), kiểu gen chiếm 15,82% (với kiểu gen 0,3%, 2a 13,67%, 2b 0,52%, 2c 1,19% 2d 0,14%), kiểu gen 3: 0,05% (Gồm kiểu gen 3a 3b 0,025%) Nhóm 2: Kiểu gen chiếm nhiều nhất: 46,59% (trong kiểu gen 1,14%, 6a 19,31%, 6e 23,86%, 6h 1,14%, 6r 1,14%); kiểu gen : 42,05 % (trong kiểu gen 1a 29,55%, 1b 12,50%); kiểu gen 2: 11,36% (trong 2a 1,14% , 2m 10,22%) Nhóm 3: Kiểu gen chiếm nhiều nhất: 78,21% (trong kiểu gen 1a 36,63%, 1b 41,58 %) ; kiểu gen : 19,80 % (trong kiểu gen  6a 0,99%, 6e 14,85%, 6h 1,98%, 6p 0,99%, 6t 0,99%); kiểu gen 2: 1,98% (trong tồn 2m) Kết luận: Khi dùng kỹ thuật xác định genotype siêu vi C đoạn gen NS5B kiểu gen có tỉ lệ cao Chúng thấy dùng kỹ thuật xác định genotype đoạn gen 5'UT tỉ lệ lẫn kiểu gen vào kiểu gen xác định đoạn gen NS5B 19,80% kiểu gen 6e chiếm đa số 75% nhóm kiểu gen    THE DIFFERENT INCIDENCES OF HCV GENOTYPES USING TWO DIFFERENT REGIONS OF CLASSIFICATION: 5'NC AND NS5B IN VIETNAMESE PATIENTS AT MEDIC MEDICAL CENTER Pham Thi Thu Thuy Ho Tan Dat Nguyen Bao Toan Medic Medical Center- Ho Chi Minh City ABSTRACT Background: HCV genotypes are clinically important for predicting the response to and determining the duration of therapy Especially with the advent of new DAAs demonstrating that these regimens depend on the HCV genotypes, determining genotypes is very important Some studies indicated that using the 5'NC region to define HCV genotypes led to mis-classification of genotype into genotype These errors were not seen when using NS5B or core regions Aim: - Identify HCV genotypes using 5'NC and NS5B regions - Confirm previous studies that indicated mis- classification of HCV genotypes using 5'NC genotypes using NS5B - Establish prevalence of HCV Methods: This was a retro- sectional study We studied groups of patients: Group I included 3686 patients using 5'NC region (male 48.86%, female 51,14% with mean age of patients 49.20 ± 11.48 from January 2007 to August 2011); Group II included 176 patients using NS5B (male 43.19% , female 56.81% with mean age of patients 50.01 ± 8.63 from August 2013 to May 2014); Group III included 101   patients with genotype using 5’NC who were randomly  genotyped again by using NS5B (male 41.58%, female  58.42%  with mean age of patients  53.12 ± 11.02 from August 2013  to www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 2/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU April 2014) We performed the sequencing of the hepatitis C virus genome: using 5’NC Trugene system of Siemens, using NS5B with system of ABI PRISM® 3730XL Analyzer, 96 capillary type (Applied Biosystems) Results: Group I: Genotype was the most common 59.98% (genotype 1: 9.39%, 1a: 12.96%, 1b: 37.63%); genotype 6: 24.15% ( genotype 6: 1.28%, 6a: 22.68%, 6b: 0.19%), genotype 2: 15.82% ( genotype 2: 0.3%, 2a: 13.67%, 2b: 0.52%, 2c:1.19% and  2d: 0.14%), and genotype 3: 0.05% ( genotype 3a: 0.025% and  3b: 0.025%) Group II: Genotype was the most common: 46.59% (genotype 6: 1.14%, 6a: 19.31%, 6e: 23.86%, 6h: 1.14%, 6r: 1.14%); genotype 1: 42.05% (genotype 1a: 29.55%, 1b: 12.50%); genotype 2: 11.36% ( genotype 2a: 1.14%, 2m: 10.22%) Group III: Genotype was the most common: 78.21% (genotype 1a: 36.63%, 1b: 41.58 %); genotype 6: 19.80 % (genotype 6a: 0.99%, 6e: 14.85%, 6h: 1.98%, 6p:  0.99%, 6t: 0.99%); genotype 2: 1.98% (only genotype 2m) Conclusion: Using 5'NC suggested that genotype was the most common in Vietnam However  using NS5B region the rate of HCV genotype  was higher than using 5'NC region, and was the most common genotype in Vietnam The rate of mis-classification of genotype into genotype when using 5'NC was 19.80% In this group genotype 6e had the highest rate at 75%     TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU: 5’NC VÀ NS5B CỦA BỆNH NHÂN VIỆT NAM TẠI TRUNG TÂM Y KHOA MEDIC Phạm Thị Thu Thủy Hồ Tấn Đạt Nguyễn Bảo Toàn Trung Tâm Y Khoa Medic -TP HCM Đặt vấn đề: Theo Tổ chức y tế giới (WHO) 2014 giới có 185 triệu người nhiễm siêu vi viêm gan C (HCV) với 350.000 người chết năm 31., HCV tên giết người thầm lặng tác nhân gây nên biến chứng xơ gan ung thư gan Có nhiều tiến điều trị HCV, đặc biệt hệ thuốc uống DAA (Direct-Acting Antiviral) công nhận, nhiên để điều trị hiệu viêm gan siêu vi C với giá tiền chấp nhận thách thức lớn bác sĩ Một tiêu chí quan trọng bắt buột phải làm trước điều trị HCV phải xác định xác kiểu gen HCV cho dù điều trị với Peginterferon/Ribavirin điều trị với hệ thuốc DAA 11, 13, 31 kiểu gen HCV có thời gian www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 3/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU điều trị khác nhau, tiên lượng tỉ lệ thành công điều trị khác nhau, đặc biệt thuốc DAA định cho kiểu gen định Kiểu gen HCV phân bố khác tùy theo vùng địa dư, châu lục hay nước có kiểu gen trội khác 11, 13, 31 Trước xác định kiểu gen HCV người Việt Nam chủ yếu kiểu gen thực việc xác định kiểu gen vùng 5’NC 10, 18, 19, 20, nhiên nghiên cứu sau cho thấy có lẫn kiểu gen vào kiểu gen xác định kiểu gen dựa đoạn gen C (Core) hay NS5B kết kiểu gen hay gặp người Việt Nam 2, 3, 4, 5, 13, 17, 24, 28, 29 Do chúng tơi tiến hành nghiên cứu đánh giá tỉ lệ khác kiểu gen HCV với vùng giải trình tự khác 5’NC NS5B bệnh nhân Việt Nam Trung Tâm Y Khoa MEDIC với mục đích sau: -  Xác định tần suất kiểu gen bệnh nhân Việt Nam viêm gan siêu vi C mạn điều trị Trung Tâm Y Khoa MEDIC giải trình tự đoạn gen 5’NC NS5B -  Tìm hiểu tần suất kiểu gen khác thực giải trình tự đoạn gen NS5B trường hợp xác định kiểu gen giải trình tự đoạn gen 5’NC Vật liệu phương pháp: Đây nghiên cứu hồi cứu cắt ngang Chúng hồi cứu nhóm bệnh nhân có xét nghiệm định kiểu gen HCV Trung tâm Y khoa MEDIC: Nhóm tổng cộng 3686 trường hợp định kiểu gen siêu vi C đoạn gen 5’NC từ tháng 01/2007 đến tháng 08/2011 Nhóm tổng cộng 176 trường hợp định kiểu gen siêu vi C đoạn gen NS5B từ tháng 8/2013 đến tháng 5/2014 Nhóm 101 trường hợp lấy ngẫu nhiên kiểu gen xác định đoạn gen 5’NC xác định lại kiểu gen siêu vi C đoạn NS5B từ tháng 8/2013 đến tháng 4/2014 Tất bệnh nhân chẩn đoán viêm gan siêu vi C mạn có định xét nghiệm kiểu gen HCV để điều trị Peginterferon Alfa/Ribavirin Các bệnh nhân có tiêu chuẩn loại trừ đồng nhiễm HBV, HIV, uống rượu nhiều, có thai hay cho bú, có bệnh máu bạch cầu Hb tiểu cầu thấp, có bệnh tim mạch hay tuyến giáp hay trầm cảm khơng kiểm sốt, khơng sẵn sàng ngừa thai Xác định kiểu gen HCV đoạn gen 5’NC: Các mẫu huyết bệnh nhân tách chiết HCVRNA hệ thống xử lý mẫu tự động COBAS® AmpliPrep thực RT-PCR sản phẩm dài 244bp vùng 5’ khơng mã hóa (5’NC) Các sản phẩm PCR giải trình tự hệ thống giải trình tự tự động TruGene hãng Siemens, liệu thu nhận phân tích so sánh phần mềm GeneObject TM máy, từ xác định kiểu gen HCV Xác định kiểu gen HCV đoạn gen NS5B: Các mẫu huyết bệnh nhân tách chiết HCVRNA hệ thống xử lý mẫu tự động COBAS® AmpliPrep thực RT-PCR, dùng thuốc thử giải trình tự  ABI PRISM® BigDyeTM Terminator Cycle Sequencing Kits, máy PCR MJ Research PTC-225 Peltier Thermal Cycler, máy giải trình tự ABI PRISM® 3730XL Analyzer, 96 capillary type (Applied www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 4/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU Biosystems), qui trình thực theo cơng ty Macrogen, 9F World Meridian Center #60-24 Gasan-dong, Geumchun-gu Seoul, Korea, 153-023 Các liệu phân tích phần mềm SPSS for Win, Version 17 với ngưỡng p < 0,05 xem có ý nghĩa thống kê Kết quả: Nhóm tổng cộng 3686 trường hợp định kiểu gen siêu vi C đoạn gen 5’NC: Nam chiếm 48,86%, nữ chiếm 51,14% với độ tuổi trung bình 49,20 ± 11,48 Nhóm tổng cộng 176 trường hợp định kiểu gen siêu vi C đoạn gen NS5B: Nam chiếm 43,18%, nữ chiếm 56,81% , với độ tuổi trung bình 50,01 ± 8,63 Nhóm 101 trường hợp lấy ngẫu nhiên kiểu gen xác định đoạn gen 5’NC xác định lại kiểu gen siêu vi C đoạn NS5B: Nam chiếm 41,58%, nữ chiếm 58,42% với độ tuổi trung bình 53,12 ± 11,02 Bảng Tỉ lệ kiểu gen kiểu gen HCV khác tùy thuộc vùng giải trình tự Kiểu gen Dưới kiểu gen Nhóm ( 5’NC ) Nhóm ( NS5B ) Kiểu gen % Dưới kiểu gen % Kiểu gen % Dưới kiểu gen % 1 1a 59,98 12,96   42,05 29,55 1b 37,63 12,5 0,3   2a 13,67 1,14 2b 0,52   9,39 15,82 11,36 2c 1,19   2d 0,14   2m   10,22 3a www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 0,05 0,025     5/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU 3b 0,025   1,28 1,14 6a 22,68 19,31 6b 0,19   24,15 46,59 6e   23,86 6h   1,14 6r   1,14 Bảng Tỉ lệ lẫn kiểu gen vào 101 trường hợp kiểu gen 1( Xác định đoạn gen 5’NC) xác định lại kiểu gen đoạn gen NS5B Kiểu gen Dưới kiểu gen : Số trường hợp (%) 1a : 37 ( 36,63%) Kiểu gen 1: 79 trường hợp (78,22%) 1b: 42 ( 41,59%) Kiểu gen 2: trường hợp (1,98%) 2m: ( 1,98%) 6a: ( 0,99%) 6e: 15 ( 14,85%)   6h: (1,98%) Kiểu gen 6: 20 trường hợp (19,80%) 6p: ( 0,99%) 6t: ( 0,99%) Bảng So sánh tỉ lệ khác kiểu gen định kiểu gen đoạn khác 5’NC NS5B www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 6/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU   Đoạn 5’NC Đoạn NS5B p Kiểu gen 59,98 % 42,05 % < 0,001 Kiểu gen 24,15 % 46,59 % < 0,001 Bàn luận: Kiểu gen siêu vi viêm gan C Siêu vi viêm gan C siêu vi phân làm nhiều kiểu gen (Genotype) kiểu gen (Subtype) khác Vì khơng có thống tên gọi làm cho việc định kiểu gen khác nhau, từ ý nghĩa kiểu gen điều trị HCV khác số nơi định kiểu gen giống tên gọi khác Ví dụ từ năm 1994, Hajime Tokita cộng xác định kiểu gen bệnh nhân Việt Nam kiểu gen 7, 9 Năm 2002, Anouk T Dev cộng thực việc xác định kiểu gen HCV đoạn 5’NC đoạn lõi (Core) bệnh nhân Đông Nam Á nhận thấy kiểu gen 7, 8, lẫn vào kiển gen 1b Để cho thống tên gọi kiểu gen HCV, năm 2005 Peter Simmonds cộng đề xuất cách phân loại kiểu gen HCV 22 sử dụng Theo HCV phân làm kiểu gen chính, kiểu gen có kiểu gen khác ( Cho đến chia 80 kiểu gen) dựa vào chữ a, b, c , xét nghiệm định kiểu gen thường đoạn gen 5’NC 5’NC thường đoạn đích xét nghiệm tìm HCVRNA có tính bảo tồn cao, đồng thời độ tương hợp với xác định kiểu gen đoạn gen khác hay NS5B đến 95%, nhiên tác giả có lưu ý số chủng kiểu gen vùng Đơng Nam Á lẫn vào kiểu gen 22 Theo bảng phân loại kiểu gen 10a thành 3k, kiểu gen 7a, 7d, 7b, 7e/7c, 11a, 9a, 9b, 9c, 8b 8a thành kiểu gen 6e, 6c, 6d, 6f, 6g, 6h, 6i, 6j, 6k 6l, tương ứng 21, 22 Đánh giá kỹ thuật vùng xác định kiểu gen HCV nghiên cứu giới Có nhiều nghiên cứu khác để đánh giá kỹ thuật phù hợp cho việc xác định kiểu gen HCV vùng gen đích thích hợp việc xác định kiểu gen HCV Tại Brazil xác định kiểu gen HCV đoạn gen lõi (Core), E1 , NS4, NS5 đoạn 5’NC 21 P Halfon cộng nhận thấy việc xác định kiểu gen đoạn 5’NC với kỹ thuật giải trình tự TRUGENE hay kỹ thuật LiPA cho kết đáng tin cậy xem xét nghiệm thường qui lâm sàng, nhiên khả định kiểu gen không cao 23 Trong nghiên cứu đa trung tâm so sánh việc định kiểu gen đoạn NS5B 5’NC, Syria Laperche cộng kết luận định kiểu gen đoạn 5’NC đủ cho điều trị lâm sàng, nhiên định kiểu gen đoạn NS5B đáng tin cậy xác định kiểu gen trường hợp kiểu gen hỗn hợp, thông tin cần thiết cho nghiên cứu dịch tể 27 www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 7/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU Trong nghiên cứu đánh giá phương pháp định kiểu gen đoạn 5’NC TRUGENE LiPA hệ 2, Frederick S Nolte cộng nhận thấy việc định kiểu gen xác với đoạn gen 5’NC lại khơng xác mức độ kiểu gen Tương tự, Evelyn Stelzl cộng xác định kiểu gen HCV đoạn 5’NC với hệ thống TRUGENE so sánh với kỹ thuật LiPA hệ (Có thêm đoạn gen Core) giải trình tự đoạn NS5B: Kết cho thấy LiPA hệ với giải trình tự đoạn NS5B có ưu điểm định kiểu gen, kiểu gen xác K Sandres – Sauné cộng nghiên cứu so sánh định kiểu gen đoạn 5’NC (TRUGENE) đoạn NS5B thấy đoạn gen xác định kiểu gen với độ xác cao dùng thực hành lâm sàng, nhiên với đoạn gen NS5B cho phép định kiểu gen xác xác định nguồn lây nhiễm HCV 12 Trong nghiên cứu so sánh hệ LiPA nước phương Tây, Franc¸oise Bouchardeau cộng nhận thấy LiPA hệ có khả xác định xác kiểu gen kiểu gen so với LiPA hệ trước Trong nghiên cứu khác, M.P Espírito-Santo cộng so sánh việc định kiểu gen LiPA hệ với giải trình tự đoạn NS5B thấy kỹ thuật xác định kiểu gen giống nhau, nhiên giải trình tự đoạn NS5B có ưu điểm xác định kiểu gen giúp ích nhiều cho nghiên cứu dịch tể 15  Tương tự, nghiên cứu so sánh kỹ thuật LiPA hệ giải trình tự đoạn NS5B xác định kiểu gen HCV, Sueli M Nakatani cộng nhận thấy khác việc xác định kiểu gen phương pháp, nhiên giải trình tự đoạn NS5B giúp xác định xác kiểu gen 25 Trong nghiên cứu đánh giá việc xác định kiểu gen bệnh nhân từ Việt Nam Thái Lan, Suwanna Noppornpanth cộng thấy LiPA hệ định xác kiểu gen so với LiPA hệ 1, đồng thời phát lẫn kiểu gen 6c, 6l kiểu gen xác định đoạn gen 5’NC 26 Năm 2004, Mindie H Nguyen cộng giải trình tự đoạn gen lõi (Core) bệnh nhân Việt Nam Mĩ thấy kiểu gen chiếm 44% xác định kiểu gen 6, 7, 8, hay gặp thứ 14, nhiên theo phân loại sau kiểu gen 7, 8, xếp vào kiểu gen 22 Như vậy, đa số nghiên cứu công nhận việc xác định kiểu gen đoạn 5’NC dù với kỹ thuật giải trình tự (TRUGENE) hay kỹ thuật lai ngược đoạn dò (LiPA hệ 1) xử dụng điều trị HCV nước giới, đồng thởi khuyến cáo nước Đơng Nam Á có Việt Nam có lẫn kiểu gen vào kiểu gen Việc xác định kiểu gen HCV dựa đoạn gen lõi (Core) hay đoạn NS5B giúp xác định xác kiểu gen kiểu gen, trường hợp nhiễm hỗn hợp giúp ích nhiều nghiên cứu dịch tể Kiểu gen kiểu gen HCV khác tùy thuộc vùng giải trình tự 5’NC NS5B bệnh nhân Việt Nam Khi xác định kiểu gen HCV người Việt Nam đoạn 5’NC, Hồ Tấn Đạt cộng dùng kỹ thuật LiPA hệ cho kết kiểu gen nhiều (58,4%) với kiểu gen 1b chủ yếu (45,9%), kiểu gen 23,9% với tất 6a 10 Khi thực giải trình tự với hệ thống TRUGENE định kiểu gen đoạn 5’NC, Nguyễn Bảo Toàn cộng cho kết kiểu gen chiếm nhiều bệnh nhân Việt Nam (66%) với kiểu gen 1b 45%, kiểu gen có 6a 20% 18 Một nghiên cứu khác Nguyễn Thanh www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 8/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU Bảo cộng xác định kiểu gen kỹ thuật giải trình tự đoạn gen 5’NC cho thấy kiểu gen nhiều (71%) với kiểu gen 1b 58%, kiểu gen 6a chiếm 17% 20 Theo Nguyễn Nghiêm Luật cộng sự, kiểu gen chiếm nhiều (69,4%) xác định kiểu gen HCV kỹ thuật giải trình tự đoạn 5’NC với 45,7% kiểu gen 1b, kiểu gen chiếm 25% với loại kiểu gen 6a (22,85%) 6c (2,78%) 19 Trong nghiên cứu chúng tơi, nhóm định kiểu gen HCV đoạn 5’NC kiểu gen chiếm tỉ lệ cao (59,98%) với kiểu gen nhiều 1b (37,6%), kiểu gen chiếm 24,15% kiểu gen 6a nhiều (22,68%) và 6b 0,19%  (Bảng 1) Như vậy, định kiểu gen HCV người Việt Nam đoạn gen 5’NC dù với kỹ thuật cho kết kiểu gen chiếm nhiều với chủ yếu kiểu gen 1b Nhiều thứ kiểu gen mà đa số 6a Các kiểu gen khác kiểu gen cho tỉ lệ giống nghiên cứu, cịn tỉ lệ kiểu gen có khác số lượng mẫu có khác Khi xác định kiểu gen HCV người Việt Nam đoạn NS5B, Van H Pham cộng giải trình tự kết kiểu gen chủ yếu bệnh nhân Việt Nam (54,4%) với   kiểu gen 6a chiếm đa số (23,6%) đến kiểu gen 6e (22%) nhiều kiểu gen khác, chiếm thứ kiểu gen (30,4%) với chủ yếu kiểu gen 1b (17,3%) 28 Duc Anh Pham cộng thực giải trình tự đoạn gen lõi (Core) NS5B để định kiểu gen HCV, kết kiểu gen chiếm nhiều tương đương kiểu gen (47,1%), nhiên kiểu gen 6a nhiều (37,1%), kiểu gen 6e (8,6%) 6l (1,4%), nhóm kiểu gen 1a nhiều (30%) Đơng Thị Hồi An cộng ứng dụng kỹ thuật Real-Time PCR đoạn gen 5’NC-core để xác định kiểu gen HCV người Việt Nam, kết kiểu gen nhiều (48,81%), kiểu gen (30,56%), nhiên kỹ thuật không xác định kiểu gen xác định cho kiểu gen thiết kế đoạn mồi 1, 2, có 3,1% trường hợp khơng xác định kiểu gen Trong kết nghiên cứu (Bảng 1) xác định kiểu gen HCV kỹ thuật giải trình tự đoạn gen NS5B kiểu gen chiếm nhiều (46,59%), kiểu gen 6e chiếm đa số (23,86%) kiểu gen 6a (19,3%), có kiểu gen khác 6h (1,14%), 6e (1,14%); Đối với kiểu gen chiếm vị trí thứ (42,05%) với đa số kiểu gen 1a (29,55%) 1b (12,5%) Trong nghiên cứu chúng tôi, tất trường hợp xác định kiểu gen HCV có đa dạng kiểu gen khác Như vậy, xác định kiểu gen đoạn lõi hay NS5B bệnh nhân Việt Nam kiểu gen nhiều nhất, kiểu gen 6e 6a đa số, kiểu gen chủ yếu kiểu gen 1a 1b Sự lẫn kiểu gen vào kiểu gen xác định kiểu gen khác đoạn 5’NC NS5B bệnh nhân Việt Nam Trước đây, nghiên cứu điều trị HCV kiểu gen cịn rải rác, phác đồ điều trị với Peginterferon/Ribavirine chưa thống thời gian điều trị bao lâu, nhiên thời gian gần có nhiều báo cáo tổng quan viêm gan C kiểu gen từ dịch tể, đặc điểm lâm sàng đến phát đồ điều trị tiên lượng điều trị 2, 4, 16, 17, 29, 30, đặc biệt đời thuốc uống DAA địi hỏi phải xác định xác kiểu gen HCV thuốc định cho kiểu gen định ví dụ boceprevir www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 9/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU (BOC) telaprevir (TVR) công nhận cho điều trị kiểu gen 11, 13, 31 Đối với bệnh nhân vùng Đông Nam Á bệnh nhân Việt Nam xác định kiểu gen HCV có việc xác định lầm kiểu gen vào kiểu gen xác định kiểu gen đoạn gen 5’NC 1, 2, 4, 13, 17, 22, 29 Năm 2012 phạm Hoàng Phiệt cộng nghiên cứu tỉ lệ lẫn kiểu gen vào kiểu gen xác định đoạn gen khác 5’NC NS5B, 60 trường hợp nghiên cứu có kết 60% trường hợp xác định kiểu gen kỹ thuật Real-time PCR đoạn 5’NC xác định kiểu gen thực giải trình tự lại đoạn gen NS5B cho kiểu gen 6, chủ yếu 6e ( Chiếm tỉ lệ 80,6% nhóm kiểu gen 6), 6a 24  Trong nghiên cứu với 101 trường hợp định kiểu gen giải trình tự đoạn 5’NC thực lại việc xác định kiểu gen với kỹ thuật giải trình tự đoạn gen NS5B, kết kiểu gen chiếm 78,22% với kiểu gen 1a 36,63%, 1b 41,59%; có 19,8% xác định lại kiểu gen với kiểu gen 6a (0,99%), 6e (14,85%), 6h (1,98%), 6p (0,99%) 6t (0,99%) Như kiểu gen 6e chiếm tỉ lệ cao (75%) nhóm kiểu gen lẫn vào kiểu gen 1, điều phù hợp với nghiên cứu tác giả Phạm Hồng Phiệt, nhiên có khác nghiên cứu ghi nhận kiểu gen đa dạng hơn, đồng thời tỉ lệ lẫn kiểu gen vào kiểu gen chiếm 19,8% so với 60% tác giả Phạm Hồng Phiệt, khác biệt số lượng mẫu nhỏ khác vấn đề kỹ thuật Real-time PCR giải trình tự để xác định kiểu gen HCV Trong bảng so sánh việc khác biệt tỉ lệ kiểu gen việc định kiểu gen HCV đoạn gen khác (5’NC NS5B) với kỹ thuật giải trình tự chuỗi, chúng tơi nhận thấy với đoạn gen 5’NC thỉ tỉ lệ kiểu gen 59,98% với đoạn gen NS5B 42,05% khác có ý nghĩa thống kê ( p < 0,001) Tương tự, với kiểu gen xác định kiểu gen với đoạn 5’NC chiếm 24,15% thực với đoạn gen NS5B 46,59% khác có ý nghĩa thống kê ( p < 0,001) Kết luận: Khi dùng kỹ thuật xác định kiểu gen siêu vi C đoạn gen NS5B kiểu gen có tỉ lệ cao Chúng thấy dùng kỹ thuật xác định kiểu gen đoạn gen 5'UT tỉ lệ lẫn kiểu gen vào kiểu gen xác định đoạn gen NS5B 19,80% kiểu gen 6e chiếm đa số 75% nhóm kiểu gen Do có khác thời gian điều trị, tiên lượng thành công điều trị kiểu gen 6, thuốc uống công nhận cho kiểu gen định nên địi hỏi phải xác định xác kiểu gen 6, từ chúng tơi thấy xác định kiểu gen HCV bệnh nhân Việt Nam nên chọn đoạn gen đích đoạn lõi (Core) hay NS5B   Tài liệu tham khảo www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 10/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU 1, Anouk T Dev, Rhonda McCaw, Vijaya Sundararajan et al (2002) Southeast Asian Patients With Chronic Hepatitis C: The Impact of Novel Genotypes and Race on Treatment Outcome HEPATOLOGY 2002;36:1259-1265 2, Chalermrat Bunchorntavakul, Disaya Chavalitdhamrong, Tawesak Tanwandee (2013) Hepatitis C genotype 6: A concise review and response-guided therapy proposal World J Hepatol 2013 September 27; 5(9): 496-504 3, Đơng Thị Hồi An, Phạm Hồng Phiệt, Lê Bảo Trân cộng (2013) Ứng dụng kỹ thuật Real-time PCR vùng 5’-UTR-core để xác định kiểu gen virus viêm gan C Tạp chí Gan Mật Việt Nam số 26-2013: p 11-17 4, D T Chao, K Abe, M H Nguyen (2011) Systematic review: epidemiology of hepatitis C genotype and its management Aliment Pharmacol Ther 2011; 34: 286– 296 5, Duc Anh Pham, Pornsawan Leuangwutiwong, Akanitt Jittmittraphap et al (2009) High Prevalence of Hepatitis C Virus Genotype in Vietnam ASIAN PACIFIC JOURNAL OF ALLERGY AND IMMUNOLOGY (2009) 27: 153-160 6, Evelyn Stelzl, Carola van der Meer, Remko Gouw et al (2006) Determination of the hepatitis C virus subtype: comparison of sequencing and reverse hybridization assays Clin Chem Lab Med 2007;45:167–70 7, Franc¸oise Bouchardeau, Jean Franc¸ois Cantaloube, Ste´phane Chevaliez et al (2007) Improvement of Hepatitis C Virus (HCV) Genotype Determination with the New Version of the INNO-LiPA HCV Assay JOURNAL MICROBIOLOGY, Apr 2007, Vol 45, No 4: 1140–1145 OF CLINICAL 8, Frederick S Nolte, Alicia M Green, Kristin R Fiebelkorn et al (2003) Clinical Evaluation of Two Methods for Genotyping Hepatitis C Virus Based on Analysis of the 5_ Noncoding Region JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Apr 2003, Vol 41, No 4: 1558–1564 9, HAJIME TOKITA, HIROAKI OKAMOTO, FuMio TSUDAT et al (1994) Hepatitis C virus variants from Vietnam are classifiable into the seventh, eighth, and ninth major genetic groups Proc Natl Acad Sci USA Vol 91, November 1994, Microbiology: 11022-11026 10, Hồ Tấn Đạt, Phạm Thị Thu Thủy, Nguyễn Thanh Tòng cộng (2006) Kiểu gen siêu vi viêm gan C Việt Nam Tạp chí Y Học TP Hồ Chí Minh, năm 2006, tập 10, số 1, p 28 – 34 11, Jean-Michel Pawlotsky et al (2014) EASL Recommendations on Treatment of Hepatitis C 2014 APRIL 2014 12, K Sandres – Sauné, P Deny, C Pasquier et al (2003) Determining hepatitis C genotype by analyzing the sequence of the NS5B region Journal of Virological Methods 109 (2003): 187 – 193 13, Masao Omata, Tatsuo Kanda, Ming-Lung Yu et al (2012) APASL consensus statements and management algorithms for hepatitis C virus infection Hepatology International April 2012, Volume 6, Issue 2: 409-435 14, Mindie H Nguyen, Huy Trinh, Ruel T et al (2004) High Prevalence of Novel Genotypes in Vietnamese www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html Patients with Chronic Hepatitis C 11/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU http://www.hcvadvocate.org/news/reports/DDW_2004/wednesday.htm 15, M.P Espírito-Santo, M.A.S Carneiro, N.R.S Reis et al (2007) Genotyping hepatitis C virus from hemodialysis patients in Central Brazil by line probe assay and sequence analysis Brazilian Journal of Medical and Biological Research (2007) 40: 545-550 16, Nabil Antaki, Antonio Craxi, Sanaa Kamal et al (2009) The neglected hepatitis Cvirus genotypes 4, and 6: an international consensus report Liver International (2009) DOI:10.1111/j.1478-3231.2009.02188.x 17, Nghia H Nguyen, Philip VuTien, Huy N Trinh et al (2010) Risk factors, genotype prevalence, and clinical characteristics of chronic hepatitis C in Southeast Asian Americans Hepatol Int (2010) 4:523–529 DOI 10.1007/s12072-010-9181-7 18, Nguyễn Bảo Toàn, Hồ Đạt, Nguyễn Thanh Tòng cộng (2005) Xác định kiểu gen virus viêm gan C (HCV) dựa vào kỹ thuật giải trình tự chuỗi (sequencing) vùng 5’ khơng mã hóa Tạp chí y học TP Hồ Chí Minh – chuyên đề hóa sinh sinh học phân tử, (2): 25 – 29 19, , Nguyễn Nghiêm Luật, Đoàn Văn Thuyết, Nguyễn Hữu Quyền cộng (2012) Phát kiểu gen kiểu gen phụ virus viêm gan C lây nhiễm khu vực Hà Nội kỹ thuật giải trình tự gen trực tiếp Tạp chí Gan Mật Việt Nam số 202012: 13-19 20, Nguyễn Thanh Bảo, Phạm Hùng Vân (2009) Áp dụng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận từ thử nghiệm RT Real – time PCR vùng 5’- NC để làm xét nghiệm định kiểu gen HCV Tạp chí Y Hoc TP Ho Chi Minh, Vol 13 Supplement of No - 2009: 243 – 248 21, Norma de Paula Cavalheiro (2007) Hepatitis C: Genotyping The Brazilian Journal of Infectious Diseases 2007;11 (5) Suppl 1: 25-27 22, Peter Simmonds, Jens Bukh, Christophe Combet et al (2005) Consensus Proposals for a Unified System of Nomenclature of Hepatitis C Virus Genotypes HEPATOLOGY 2005;42: 962-973 23, P HALFON, P TRIMOULET,  M BOURLIERE et al (2001) Hepatitis C Virus Genotyping Based on 59 Noncoding Sequence Analysis (Trugene) JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY May 2001, Vol 39, No 5: 1771–1773 24, Phạm Hoàng Phiệt, Đơng Thị Hồi An, Lý Trần Thụy Vi (2012) Ở phía nam Việt Nam, phần lớn HCV-GT1 xác định vùng 5’UTR thực thuộc HCV-GT6 xác định vùng NS5B: Số liệu từ phòng khám gan mật Sài Gịn (SLC) Tạp chí Gan Mật Việt Nam số 20-2012: 7-12 25, Sueli M Nakatani, Carlos A Santos, Irina N Riediger et al (2011) Comparative performance evaluation of hepatitis C virus genotyping based on the 5’ untranslated region versus partial sequencing of the NS5B Virology Journal 2011, 8:459 26, Suwanna Noppornpanth, Erwin Sablon, Kathy De Nys et al (2006) Genotyping Hepatitis C Viruses from Southeast Asia by a Novel Line Probe Assay That Simultaneously Detects Core and 5_ Untranslated Regions JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Nov 2006, Vol 44, No 11: 3969–3974 27, Syria Laperche, Franc¸oise Lunel, Jacques Izopet et al (2005) Comparison of www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 12/13 14:50, 21/10/2022 TỈ LỆ KHÁC NHAU CỦA KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KHÁC NHAU Hepatitis C Virus NS5b and 5_ Noncoding Gene Sequencing Methods in a Multicenter Study JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Feb 2005, Vol 43, No 2: 733–739 28, Van H Pham, Huyen D P Nguyen, Phat T Ho et al (2011) Very High Prevalence of Hepatitis C Virus Genotype Variants in Southern Vietnam: Large-Scale Survey Based on Sequence Determination Jpn J Infect Dis.; 64: 537-539 29, Vo Duy Thong, Srunthron Akkarathamrongsin, Kittiyod Poovorawan et al (2014) Hepatitis C virus genotype 6: Virology, epidemiology, genetic variation and clinical implication World J Gastroenterol 2014 March 21; 20(11): 2927-2940 30, Wantuck JM, Ahmed A, Nguyen MH (2014) Review article: the epidemiology and therapy of chronic hepatitis C genotypes 4, and Aliment Pharmacol Ther 2014 Jan;39(2):137- 147 31, WHO (2014) GUIDELINES FOR THE SCREENING, CARE AND TREATMENT OF PERSONS WITH HEPATITIS C INFECTION APRIL 2014     Home Page | Tài liệu chuyên môn | Bạn cần biết | Thông tin hội nghị | Liên hệ Copyright © 2005 Dr Phạm Thị Thu Thủy - Khoa gan - Trung tâm Y khoa Tp Hồ Chí Minh www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 13/13 ...14:50, 21 /10 /20 22 TỈ LỆ KH? ?C NHAU C? ??A KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KH? ?C NHAU 0,19%), kiểu gen chiếm 15, 82% (với kiểu gen 0,3%, 2a 13,67%, 2b 0, 52% , 2c 1,19% 2d 0,14%), kiểu gen. .. kh? ?c kiểu gen định kiểu gen đoạn kh? ?c 5’NC NS5B www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 6/13 14:50, 21 /10 /20 22 TỈ LỆ KH? ?C NHAU C? ??A KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KH? ?C NHAU. .. www.drthuthuy.com/reseach/TiLeKieuGenVGC.html 3/13 14:50, 21 /10 /20 22 TỈ LỆ KH? ?C NHAU C? ??A KIỂU GEN SIÊU VI VIÊM GAN C VỚI VÙNG GIẢI TRÌNH TỰ KH? ?C NHAU điều trị kh? ?c nhau, tiên lượng tỉ lệ thành c? ?ng điều trị kh? ?c nhau, đ? ?c biệt