Xác �Ënh tÉ lÇ vi khu©n �°Ýng ruÙt mang gen KPC và NDM 1 t¡i bÇnh viÇn Hïu NghË ViÇt �éc të tháng 12 2016 �¿n tháng 4 2017 pdf KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI “XÁC ĐỊNH TỈ LỆ VIKHUẮN ĐƯỜNG RUỘT MANG GENKP.
KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: “XÁC ĐỊNH TỈ LỆ VIKHUẮN ĐƯỜNG RUỘT MANG GENKPC VÀ NDM-1 TẠI BỆNH VIỆN HỮU NGHỊ VIỆT ĐỬC TỪ THẢNG 12/2016 ĐÉN THẢNG 4/2017” Người hướng dẫn: Th.s Nguyễn Thị Vân Sinh viên thực hiện: Phan Ngọc Hà Lóp: 13-01 Hà Nội - 2017 MỤC LỤC DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH DANH MỤC • CÁC CHỮ VIẾT TẲT MỞ ĐẦU: PHẦN 1: TỔNG QUAN 1.1 Nhiễm khuẩn bệnh viện: 1.2 Kháng sinh đề kháng kháng sinh 10 1.2.1 Lịch sử phát triển kháng sinh: 10 1.2.2 Sự đề kháng kháng sinh vi khuẩn: 11 1.2.2 ỉ Sự phát triển đặc tính kháng kháng sinh vi khuẩn: 11 1.2.2.2 Phân loại đề kháng 11 1.2.3 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 12 1.2.3.1 Thay đổi đích tác động 12 I.2.3.2 Tạo enzym 13 1.2.3.3 Giảm tính thấm màng nguyên sinh chất 13 1.3 Carbapcnem chế kháng Carbapcnem: 13 1.3.1 Carbapenem: 13 1.3.2 Cơ chế kháng cabapcncm: 14 1.4 Tổng quan KPC NDM-1: 15 1.4.1 Tên loài phân loại: 15 1.4.2 Lịch sử phân bố: 17 1.4.3 Đặc điếm hình thái, sinh lý, sinh hóa số vi khuân mang gen KPC vàNDM-1: 18 1.4.4 Đặc điểm dịch tễ học: 23 1.4.5 Đặc điểm lâm sàng: 26 1.4.6 Đặc tính sinh học phân tử vi khuẩn mang gen KPC NDM-1 28 1.5 Tình hình nghiên cứu tính đề kháng Carbapcncm vi khuẩn mang gen KPC NDM-1 30 1.5.1 Tình hình đề kháng Carbapenem cua vi khuẩn mang gen KPC NDM-1 Thế giói 31 1.5.2 Tình hình đề kháng Carbapenem vi khuẩn mang gen KPC NDM-1 Việt Nam: 32 1.6 ủng dụng CNSH vào xác định gen kháng kháng sinh Cabapenem: 33 1.6.1 Phương pháp PCR: 33 1.6.2 Phuong pháp Realtime PCR: 35 1.6.3 Cách xác định KPC NDM-1: 36 • 1.6.4 Quy trình sử dụng hệ thống realtime PCR ABI Mỹ: 36 PHÀN II: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CÚU: 40 2.1 Đối tưọĩig phương pháp nghiên cứu: 40 2.1.1 ĐỊa điểm nghiên cứu: Bệnh viện Hữu nghị Hà Nội Việt Đức làm địa điểm nghiên cứu 40 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu: 40 2.1.3 Lấy mẫu thuận tiện 40 2.2 Vật liệu nghiên cứu: 40 2.3 Phưong pháp: 41 2.3.1: Nuôi cấy vi khuẩn khí: 41 2.3.2 Thử nghiệm kháng sinh đồ vói vi khn khí: 41 2.3.3 Xác định gen KPC NDM-lbằng hệ thống Realtime ABI Mỹ: .J .2 .41 2.3.3.l Chuẫn bị cho phương pháp realtime PCR xác định gen KPC NDM1 ’ 41 2.3.3.3 Tiến hành: 42 2.4 Phân tích xử lý số liệu: 45 2.4.1 Phân tích xử lý số liệu: 46 2.4.2 Kiếm sốt sai số có the xảy q trình nghiên cứu: 46 PHẦN III: KÉT QUẢ 48 l TỔng số bệnh nhân: 41 48 Phân loại bệnh phàm theo khoa 48 TỈ lệ bệnh nhân theo chẩn đoán 49 Tỉ lệ loại bệnh phẩm 50 Tỉ lệ chủng vi khuẩn toàn kháng phân lập 50 Mức độ nhạy cảm kháng sinh 50 6.1 Mức độ nhạy cảm kháng sinh 41 chung 50 6.2 K.pneuinoniae (26 chủng) 51 6.3 E.coli (6 chủng) 51 Tỷ lệ KPC/NDM1 52 Phân bố tỉ lệ gen kháng thuốc theo loại vi khuẩn 52 Phân bố tỉ lệ gen kháng thuốc theo bệnh phẩm 53 10 Phân bố tỉ lệ gen kháng thuốc theo khoa 54 BÀN LUẬN 55 KÉT LUẬN 56 TÀI LIỆU THAM KHẢO 57 DANH MỤC BỆNH NHÂN DANH MỤC BỆNH NHẢN STT TÊN BỆNH NHÂN NGÀY NHẶN NGÀY TRẢ BỆNH PHẤM KÉT QUẢ BẾ XUÂN A 6/12/2016 8/12/2016 HOÀNG VĂN B 5/12/2016 8/12/2016 NGUYỄN BÁ c 4/12/2016 8/12/2016 ĐÀO VĂN D 15/12/2016 19/12/2016 TÔ VÀN E 13/12/2016 19/12/2016 TRẦN THỊ F 19/12/2016 23/12/2016 VŨ HỔNG G 21/12/2016 26/12/2016 LÊ THANH H 28/12/2016 31/12/2016 NGUYÊN KHẮC K 27/12/2016 31/12/2016 10 VŨ VĂN L 28/12/2016 31/12/2016 11 BÙI HĨNG z 29/12/2016 3/1/2017 12 HỒNG VIỆTT 29/12/2016 3/1/2017 13 NGUYÊN THANH V 30/12/2016 3/1/2017 14 ĐINH VÀN N 9/1/2017 12/1/2017 15 NGUYỀN HŨU M 9/1/2017 12/1/2017 16 NGUYỄN MẠNH s 9/1/2017 16/1/2017 17 BÙI NGỌC Q 12/1/2017 16/1/2017 18 ĐỎ THỊ K 13/2/2017 13/2/2017 19 VI VĂN p 13/2/2017 13/2/2017 20 PHẠM VĂN T 13/2/2017 13/2/2017 21 NGUYỀN ĐỨC R 16/2/2017 17/2/2017 22 NGUYỀN THỊ I 16/2/2017 17/2/2017 23 NGÔ THỊ Y 20/2/2017 20/2/2017 24 LÊ THỊ u 24/2/2017 27/2/2017 25 HỒ THỊ T 6/3/2017 6/3/2017 26 TRẦN THỊ p 6/3/2017 6/3/2017 27 TO VĂN R 31/3/2017 3/4/2017 28 HOÀNG THỊ B 7/4/2017 11/4/2017 29 NGUYỀN KIM D 5/4/2017 10/4/2017 30 LÊ THỊ H 12/4/2017 17/4/2017 31 NGUYỄN VĂN H 18/4/2017 21/4/2017 32 ĐÀO TIẾN A 12/4/2017 14/4/2017 33 TẠ VÀN M 12/4/2017 14/4/2017 34 NGUYỀN ĐĂNG N 12/4/2017 17/4/2017 35 CAO ĐẮC R 12/4/2017 14/4/2017 36 PHẠM VÀN K 17/4/2017 21/4/2017 37 NGUYỀN TIẾN A 18/4/2017 21/4/2017 38 CẤN XUÂN V 20/4/2017 24/4/2017 39 ĐÀO ĐỨC Ọ 20/4/2017 24/4/2017 40 NGUYỀN THỊ L 25/4/2017 28/4/2017 41 NGUYÊNTHAIZ 26/4/2017 28/4/2017 DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 1.1 Đặc điếm phân tử KPC- sản xuấ phân lập Ontario 2008/2011 29 2.1 Trang thiết bị dùng thí nghiệm 40 2.2 Trinh tự mồi đe phát gen KPC NDM-1 42 3.1 Phân loại bệnh phẩm theo khoa 47 3.2 Tỉ lệ bệnh nhân theo chuấn đốn 48 3.3 Tí lệ loại bệnh phẩm 49 3.4 Ti lệ chủng vi khuẩn toàn kháng phân lập 49 3.5 Mức độ nhayn cám kháng sinh 50 3.6 Các chúng K pneumonia 50 3.7 Các chúng E coli 51 3.8 Tỷ lệ KPC/NDM-1 51 3.9 Tỷ lệ phân bố gen kháng thuốc theo loại vi khuân 51 3.10 Tỷ lệ phân bố gcn kháng thuốc theo bệnh phẩm 52 3.11 Tỷ lộ phân bố gcn kháng thuốc theo khoa 53 DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH Hình 1.1 Tên hình Sơ đồ nhiễm khuấn bệnh viện Trang 1.2 Tỳ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện nước có thu nhập cao 1.3 Tỳ lệ phân bố nhiềm khuẩn bệnh viện nước có thu nhập thấp trung bình 1.4 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuấn Gram âm 11 1.5 Cấu trác phân tử cùa Carbapenem 13 1.6 Đặc điếm vùng mang gen kháng kháng sinh cùa chúng K pneumonia 16 1.7 So sánh trinh tự amino acid cùa NDM-1 với trình tự amino acid cúa IMP1, IMP2, IMP-8, 16 1.8 Hình ảnh chụp hiên vi hình thái siêu cấu trúc K pneumonia 18 1.9 Hình ảnh vi khuan K pneumonia nuôi thạch máu 18 1.10 Hình ảnh k.pneumoniae thử canh thang 19 1.11 Một số phàn ứng hóa học K pneumonia 19 1.12 Hình thái vi khuân E coli 20 1.13 E coli nuôi cấy số môi trường thạch 21 1.14 Hình ảnh số phản ứng hóa học củ E coli 21 1.15 Tỳ lệ phân bố vi khuẩn mang gen NDM-1 giới 23 DANH MỤC CÁC CHỦ VIẾT TẮT Ký hiệu DNA Bp CDC ESBL GARP MBLs MLST KPC NDM1 PCR PFGE WHO RNA MIC kDa SIM AMC TCC Viết giải nghĩa tiếng việt • Deoxyribonucleic Acid Phân tử axit nucleic Đon vị đo trọng lượng Base pair phân tử DNA Centers for Disease Control and Trung tâm kiếm sốt Prevention phịng ngừa bệnh dịch Enzym kháng kháng sinh Extended-spectrum bcta-lactamascs phổ rộng beta lactam Hiệp hội kháng kháng Global Antibiotic Resistance Partnership sinh tồn cầu Enzym kháng kháng sinh Metallo-beta-lactamase nhóm beta lactam Phân loại dựa đa Multilocus Sequence Typing diem trình tự gcn Enzyme kháng carbapennem phát Klebsiella pneumoniae carbapenemase chủng Klebsiella pneumonia New Delhi Mctallo-bctaNew Delhi Metallo-beta-lactamase-1 lactamase-1 kháng carbapenem Chuồi phản ứng trùng Polymerase chain reaction họp Điện di xung trường Pulsed-field gel electrophoresis World Health Orgnization Tổ chức Y tế Thế giới Ribonucleotide acid Phân tử axit nucleic Minimum inhibitory concentration Nồng đọ ức chế tối thiếu Đorn vị đo lượng phân tử Kilo daton DNA Enzyme ly giải imipenem đặt theo tên Seoul imipenemase thú đô Seoul Amoxicicllin/ acid clavulanic Một loại kháng sinh Ticarcillin + clavulanate Một loại kháng sinh Viết đầy đủ tiếng anh Phân tích kết quả: Căn kết Ct theo bảng sau: Bảng đối chiếu kết quả: Kết NDM-1 KPC 16S KPC MDM-1 10-30 10-30 Undetected Dương Âm 10-30 Undetected 10-30 Âm Dương 10-30 10-30 10-30 Dương Dương 10-30 Undetected Undetected Âm Âm 10-30