Một số đặc điểm dịch tễ học của nhiễm khuẩn bệnh viện do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen ndm 1 tại bệnh viện việt đức hà nội 2010 2011

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG * - TRẦN HUY HOÀNG MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN DO VI KHUẨN KHÁNG CARBAPENEM MANG GEN NDM-1 TẠI BỆNH VIỆN VIỆT ĐỨC-HÀ NỘI, 2010-2011 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG Hà Nội - 2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG * - TRẦN HUY HOÀNG MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN DO VI KHUẨN KHÁNG CARBAPENEM MANG GEN NDM-1 TẠI BỆNH VIỆN VIỆT ĐỨC-HÀ NỘI, 2010-2011 Chuyên ngành: Y TẾ CÔNG CỘNG Mã số : 62 72 03 01 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG Hướng dẫn khoa học: PGS.TS NGUYỄN BÌNH MINH PGS.TS TRẦN NHƯ DƯƠNG Hà Nội– 2014 LỜI CẢM ƠN Lời muốn bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Nguyễn Bình Minh, nguyên Trưởng khoa Vi khuẩn, trưởng Phòng nghiên cứu Vi khuẩn đường ruột, viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, người hướng dẫn khoa học, giúp đỡ tơi, tận tình truyền đạt kiến thức kinh nghiệm q báu để tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Trần Như Dương, Phó viện trưởng Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, giáo viên đồng hướng dẫn, ln ln nhiệt tình giúp đỡ bảo động viện trình học tập thực nghiên cứu để tơi hồn luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Heiman Wertheim, Giám đốc đơn vị nghiên cứu Lâm sang - Đại học Oxford Hà Nội, cố vấn khoa học suốt trình nghiên cứu, tận tình giúp đỡ, hướng dẫn tơi thực nghiên cứu, tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Keigo Shibayama, Trưởng khoa Vi khuẩn 2, viện Nghiên cứu Quốc gia bệnh Truyền nhiễm Nhật Bản, tận tình giúp đỡ, hướng dẫn thực nghiên cứu đánh giá kết nghiên cứu, tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Makoto Kuroda, Giám đốc trung tâm nghiên cứu gen vi khuẩn cộng sự, viện Nghiên cứu Quốc gia bệnh Truyền nhiễm Nhật Bản, hợp tác phân tích plasmid mang gen NDM-1 Việt Nam, tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Marc Choicy, chỉnh sửa tóm tát luận án tiếng Anh Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Giáo sư Timothy R Walsh, Khoa Vi sinh Nhiễm khuẩn - viện Nghiên cứu Nhiễm khuẩn Miễn dịch-trường Y- Đại học Cardiff- Vương quốc Anh, người phát vi khuẩn mang gen NDM-1 giới chuyên gia hàng đầu nghiên vi khuẩn mang gen NDM-1 dành thời gian xem xét đánh giá kết nghiên cứu đưa ý kiến q báu giúp tơi hồn thành luận án Tôi xin bảy tỏ lời cảm ơn chân thành tới bạn đồng nghiệp Phòng nghiên cứu kháng sinh Khoa Vi khuẩn, viện Vệ sinh Dịch tễ trung ương quan tâm, giúp đỡ, hỗ trợ q trình thực nghiên cứu hồn thành luận án Tôi xin gửi lời cám ơn trân trọng tới: - Ban giám đốc, Khoa đào tạo nghiên cứu khoa học viện Vệ sinh Dịch tễ trung ương - Ban giám đốc toàn thể cán khoa vi sinh bệnh viện Hữu nghị Việt Đức - Ban lãnh đạo toàn thể Khoa Vi khuẩn viện Vệ sinh Dịch tễ trung ương Tôi xin gửi lời cảm ơn tới đối tượng nghiên cứu tình nguyện hợp tác giúp tơi thực nghiên cứu Cuối xin ghi nhớ công ơn sinh thành, ni dưỡng tình u thương Cha mẹ tôi, cha mẹ vợ ủng hộ, động viên, thương u, chăm sóc, khích lệ vợ, anh chị em gia đình, người ln bên tôi, chỗ dựa vững để yên tâm học tập hoàn thành luận án Hà Nội, tháng 11 năm 2014 Trần Huy Hoàng LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu khoa học riêng tôi, tất kết số liệu luận án tơi thực Tất số liệu trình bày luận án trung thực, phần công bố tạp chí khoa học nước nước ngồi Phần cịn lại luận án chưa cơng bố cơng trình nghiên cứu khác Tác giả luận án Trần Huy Hoàng Nghiên cứu thực dựa đề tài dự án: - Đề tài nghiên cứu cấp sở viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương “Xây dựng kỹ thuật PCR phát gen NDM-1 (New Delhi Metallo-lactamases-1) chủng vi khuẩn kháng carbapenem số bệnh viện Hà Nội” PGS.TS Nguyễn Bình Minh làm chủ nhiệm - Đề tài hợp tác viện viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương đơn vị nghiên cứu Lâm sàng - Đại học Oxford Hà Nội “Đánh giá mức độ ô nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 môi trường bệnh viện Việt Đức” PGS.TS Trần Như Dương, Phó viện trưởng làm chủ nhiệm - Dự án hợp tác viện viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương viện Nghiên cứu Quốc gia bệnh Truyền nhiễm Nhật Bản “Nâng cao lực nghiên cứu số bệnh truyền nhiễm bị lãng quên” GS.TS Nguyễn Trần Hiển, Viện trưởng làm chủ nhiệm dự án DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Ký hiệu Viết đầy đủ tiếng anh aadA1 Adenylyltransferase Enzyme AK AND ArmA Amikacin Deoxyribonucleic acid Aminoglycoside resistance methylase Ribonucleic acid Arrestin American Type Culture Collection Sodium azide Base pair ARN arr-2 ATCC Azr bp CAZ CDC CF CIP CLSI cmlA7 CMYcpn60 CS CTX-M CTX DHA ECDC EDTA Viết giải nghĩa tiếng việt Enzym Adenylyl transferase ly giải kháng sinh nhóm aminoglycoside Kháng sinh amikacin axít nucleic Enzym methylase kháng kháng sinh nhóm aminoglycoside Axít ribonucleic Gen kháng rifampicin Bộ sưu tập chủng chuẩn Mỹ Muối azide Đơn vị đo trọng lượng phân tử ADN Ceftazidime Kháng sinh Ceftazidime Centre for Disease for Control Trung tâm kiểm soát phòng ngừa and Prevention dịch bệnh Hoa Kỳ Cefalothin Kháng sinh cefalothin Ciprofloxacin Kháng sinh Ciprofloxacin Clinical and Laboratory Viện Tiêu chuẩn Lâm sàng phòng Standards Institute xét nghiệm Chloramphenicol resistant gene Gen kháng chloramphenicol CephamycinaseEnzym ly giải kháng sinh cephamycin 60-KDa chaperonin gene gen 60-KDa chaperonin Colistin Kháng sinh Colistin Cefotaximase Enzym ly giải kháng sinh cefotaxim Cefotaxime Kháng sinh Cefotaxime Dhahran hospital in Saudi Arabia Bệnh viện Dhahran -Ả Rập Xê Út European Centre for Disease Prevention and Control Ethylene diamine tetra acetic acid Trung tâm kiểm soát bệnh tật châu Âu Ethylene diamine tetra acetic acid Ký hiệu ereC ESBL GES gltA GM gpi gyrA gyrB IMI IMP Inc Int kDa Viết đầy đủ tiếng anh Erythromycin gene Extended-spectrum betalactamase Guiana extended-spectrum Citrate synthase gene Gentamicin Glucose phosphate isomerase gene Gyrase A Gyrase B Imipenem- hydrolysing betalactamase Imipenemase Incompatibility Intergron Kilo daton KHM Kyorin Hospital metallo-βlactamase KPC Klebsiella pneumoniae carbapenemase Luria-Bertani Metallo beta lactamase LB MBL MEM MIC MLST NDM-1 NMC Meropenem Minimum inhibitory concentration Multilocus sequence typing New Delhi metallo-betalactamase-1 Not metallo enzyme carbapenemase Viết giải nghĩa tiếng việt Gen kháng erythromycin Enzym beta-lactamase kháng kháng sinh phổ rộng Enzyme Guiana kháng kháng sinh phổ rộng Gen citrate synthase Kháng sinh Gentamicin Gen glucose phosphate isomerase Enzym gyrase A Enzym gyrase B Enzym beta-lactamase ly giải imipenem Enzym ly giải kháng sinh imipenem Tên phân nhóm plasmid Tiểu thể ADN di động Đơn vị đo trọng lượng phân tử ADN Enzym metallo-beta-lactamase kháng carbapenem phát bệnh viện Kyorin Enzym kháng carbapenem phát chủng Klebsiella pneumoniae Tên môi trường nuôi cấy vi khuẩn Enzym Metallo beta lactamase ly giải carbapenem Kháng sinh Meropenem Nồng độ ức chế tối thiểu Phân loại dựa đa điểm trình tự gen New Delhi metallo-beta-lactamase-1 kháng carbapenem Enzym ly giải carbapenem metallo Ký hiệu Viết đầy đủ tiếng anh OXA- Oxacillinase- ParC PCR PFGE qacED RAPDPCR recA RFLP rpoB Topoisomerase IV Polymerase chain reaction Pulsed field gel electrophoresis Sulphonamide resistant gene Random amplified polymorphic DNA fingerprinting Recombination factor gene A Restriction fragment length polymorphism RNA polymerase subunit B SHV Sulphydryl variable SIM Seoul imipenemase SMA SME Sodium mercapto acetic acid SPM ST TEM VIM Serratia marcescens enzyme Sao Paulo metallo-betalactamase Sequence type A β-lactamase named after a Greek patient Temoneira Verona integron-encoded metallo-β-lactamase Viết giải nghĩa tiếng việt Enzym oxacillinase ly giải carbapenem EnzymTopoisomerase IV Phản ứng chuỗi Điện di xung trường Gen kháng sulphonamide Khuếch đại ngẫu nhiên đa hình đoạn ADN Gen tái tổ hợp yếu tố A Phân tích đa hình chiều dài giới hạn Tiểu đơn vị B chuỗi ARN thông tin Enzym sulphydryl ly giải kháng sinh phổ rộng Enzym ly giải imipenem đặt theo tên thủ đô Seoul Muối mercapto acetic acid Enzym Serratia marcescens ly giải carbapenem Enzym metallo-beta-lactamase-1 đặt theo tên thủ Sao Paulo Phân loại trình tự gen Tên enzym beta-lactamase đặt theo tên bệnh nhân người Hy Lạp Tiểu thể Verona mang gen mã hóa enzyme metallo-β-lactamase ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm khuẩn bệnh viện (Hospital-Acquired Infections - HAI) (NKBV) nhiễm khuẩn mà bệnh nhân mắc phải thời gian nằm viện nguyên nhân gây tỷ lệ mắc, tử vong cao cho bệnh nhân bệnh viện giới [137] NKBV thường gây nên vi khuẩn kháng đa kháng sinh, gây nhiều khó khăn cho cơng tác điều trị, kéo dài thời gian mắc bệnh, nguy tử vong cao [112] Khi vi khuẩn kháng lại kháng sinh phải thay kháng sinh hệ có giá thành cao gây nên thiệt hại lớn kinh tế Tại liên minh châu Âu, tỷ lệ tử vong hàng năm bị nhiễm chủng vi khuẩn kháng thuốc 25.000 ca Mỹ 63.000 ca, gây thiệt hại cho kinh tế bao gồm chi phí điều trị tạo sản phẩm lao động Mỗi năm châu Âu 1,5 tỉ Euro Mỹ 1,87 tỉ đô la, cao nhiều chi phí cho cơng tác phòng chống bệnh cúm [43] Từ năm 2000, lây lan nhanh chóng chủng vi khuẩn Gram âm nguyên quan trọng gây nhiễm khuẩn bệnh viện có khả sinh enzyme (extended-spectrum beta-lactamases; ESBLs) ly giải hầu hết kháng sinh phổ rộng thuộc nhóm cephalosporin ghi nhận tồn giới [103] Carbapenem nhóm kháng sinh mạnh “thuộc nhóm lựa chọn cuối cùng” sử dụng để điều trị cho trường hợp bị nhiễm khuẩn bệnh viện nặng chủng vi khuẩn Gram âm sinh enzym ESBLs Tuy nhiên sử dụng rộng rãi loại kháng sinh tạo áp lực cho vi khuẩn kháng lại carbapenem [89] Enzym ly giải carbapenem mã hóa gen KPC, IMP VIM phát khắp nơi giới [89;108] Enzym OXA-48 ly giải carbapenem tập trung chủ yếu quốc gia vùng Địa Trung Hải, châu Âu Ấn Độ [82;101;102] Đặc biệt gần vào năm 2008, giới khoa học công bố thông tin chấn động, gây quan ngại lớn cho toàn giới việc phát chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen New Delhi metallo-betalactamase-1 (NDM-1) bệnh nhân người Thụy Điển có tiền sử chữa bệnh Ấn ... vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM- 1 bệnh vi? ??n Vi? ??t Đức -Hà Nội, 2 010 -2 011 ” với mục tiêu cụ thể sau Mô tả số đặc điểm dịch tễ học bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh vi? ??n vi khuẩn kháng carbapenem mang. .. TẾ VI? ??N VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG * - TRẦN HUY HOÀNG MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA NHIỄM KHUẨN BỆNH VI? ??N DO VI KHUẨN KHÁNG CARBAPENEM MANG GEN NDM- 1 TẠI BỆNH VI? ??N VI? ??T ĐỨC-HÀ... mang gen NDM- 1 phân lập bệnh vi? ??n Vi? ??t ĐứcHà Nội Mô tả tình trạng nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM- 1 số mẫu môi trường bệnh vi? ??n Vi? ??t Đức Xác định số đặc điểm sinh học phân tử số chủng