Một số đặc điểm dịch tễ học của nhiễm khuẩn bệnh viện do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM 1 tại bệnh viện Việt Đức Hà Nội 2010 2011

Một số đặc điểm dịch tễ học của nhiễm khuẩn bệnh viện do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM 1 tại bệnh viện Việt Đức Hà Nội 2010 2011 Một số đặc điểm dịch tễ học của nhiễm khuẩn bệnh viện do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM 1 tại bệnh viện Việt Đức Hà Nội 2010 2011 luận văn tốt nghiệp thạc sĩ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG * - TRẦN HUY HOÀNG MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN DO VI KHUẨN KHÁNG CARBAPENEM MANG GEN NDM-1 TẠI BỆNH VIỆN VIỆT ĐỨC-HÀ NỘI, 2010-2011 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG Hà Nội - 2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG * - TRẦN HUY HOÀNG MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN DO VI KHUẨN KHÁNG CARBAPENEM MANG GEN NDM-1 TẠI BỆNH VIỆN VIỆT ĐỨC-HÀ NỘI, 2010-2011 Chuyên ngành: Y TẾ CÔNG CỘNG Mã số : 62 72 03 01 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG Hướng dẫn khoa học: PGS.TS NGUYỄN BÌNH MINH PGS.TS TRẦN NHƯ DƯƠNG Hà Nội– 2014 LỜI CẢM ƠN Lời muốn bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Nguyễn Bình Minh, nguyên Trưởng khoa Vi khuẩn, trưởng Phòng nghiên cứu Vi khuẩn đường ruột, viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, người hướng dẫn khoa học, giúp đỡ tơi, tận tình truyền đạt kiến thức kinh nghiệm q báu để tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Trần Như Dương, Phó viện trưởng Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, giáo viên đồng hướng dẫn, ln ln nhiệt tình giúp đỡ bảo động viện trình học tập thực nghiên cứu để tơi hồn luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Heiman Wertheim, Giám đốc đơn vị nghiên cứu Lâm sang - Đại học Oxford Hà Nội, cố vấn khoa học suốt trình nghiên cứu, tận tình giúp đỡ, hướng dẫn tơi thực nghiên cứu, tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Keigo Shibayama, Trưởng khoa Vi khuẩn 2, viện Nghiên cứu Quốc gia bệnh Truyền nhiễm Nhật Bản, tận tình giúp đỡ, hướng dẫn thực nghiên cứu đánh giá kết nghiên cứu, tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Makoto Kuroda, Giám đốc trung tâm nghiên cứu gen vi khuẩn cộng sự, viện Nghiên cứu Quốc gia bệnh Truyền nhiễm Nhật Bản, hợp tác phân tích plasmid mang gen NDM-1 Việt Nam, tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Marc Choicy, chỉnh sửa tóm tát luận án tiếng Anh Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Giáo sư Timothy R Walsh, Khoa Vi sinh Nhiễm khuẩn - viện Nghiên cứu Nhiễm khuẩn Miễn dịch-trường Y- Đại học Cardiff- Vương quốc Anh, người phát vi khuẩn mang gen NDM-1 giới chuyên gia hàng đầu nghiên vi khuẩn mang gen NDM-1 dành thời gian xem xét đánh giá kết nghiên cứu đưa ý kiến q báu giúp tơi hồn thành luận án Tôi xin bảy tỏ lời cảm ơn chân thành tới bạn đồng nghiệp Phòng nghiên cứu kháng sinh Khoa Vi khuẩn, viện Vệ sinh Dịch tễ trung ương quan tâm, giúp đỡ, hỗ trợ q trình thực nghiên cứu hồn thành luận án Tôi xin gửi lời cám ơn trân trọng tới: - Ban giám đốc, Khoa đào tạo nghiên cứu khoa học viện Vệ sinh Dịch tễ trung ương - Ban giám đốc toàn thể cán khoa vi sinh bệnh viện Hữu nghị Việt Đức - Ban lãnh đạo toàn thể Khoa Vi khuẩn viện Vệ sinh Dịch tễ trung ương Tôi xin gửi lời cảm ơn tới đối tượng nghiên cứu tình nguyện hợp tác giúp tơi thực nghiên cứu Cuối xin ghi nhớ công ơn sinh thành, ni dưỡng tình u thương Cha mẹ tôi, cha mẹ vợ ủng hộ, động viên, thương u, chăm sóc, khích lệ vợ, anh chị em gia đình, người ln bên tôi, chỗ dựa vững để yên tâm học tập hoàn thành luận án Hà Nội, tháng 11 năm 2014 Trần Huy Hoàng LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu khoa học riêng tôi, tất kết số liệu luận án tơi thực Tất số liệu trình bày luận án trung thực, phần công bố tạp chí khoa học nước nước ngồi Phần cịn lại luận án chưa cơng bố cơng trình nghiên cứu khác Tác giả luận án Trần Huy Hoàng Nghiên cứu thực dựa đề tài dự án: - Đề tài nghiên cứu cấp sở viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương “Xây dựng kỹ thuật PCR phát gen NDM-1 (New Delhi Metallo-lactamases-1) chủng vi khuẩn kháng carbapenem số bệnh viện Hà Nội” PGS.TS Nguyễn Bình Minh làm chủ nhiệm - Đề tài hợp tác viện viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương đơn vị nghiên cứu Lâm sàng - Đại học Oxford Hà Nội “Đánh giá mức độ ô nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 môi trường bệnh viện Việt Đức” PGS.TS Trần Như Dương, Phó viện trưởng làm chủ nhiệm - Dự án hợp tác viện viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương viện Nghiên cứu Quốc gia bệnh Truyền nhiễm Nhật Bản “Nâng cao lực nghiên cứu số bệnh truyền nhiễm bị lãng quên” GS.TS Nguyễn Trần Hiển, Viện trưởng làm chủ nhiệm dự án DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Ký hiệu Viết đầy đủ tiếng anh aadA1 Adenylyltransferase Enzyme AK AND ArmA Amikacin Deoxyribonucleic acid Aminoglycoside resistance methylase Ribonucleic acid Arrestin American Type Culture Collection Sodium azide Base pair ARN arr-2 ATCC Azr bp CAZ CDC CF CIP CLSI cmlA7 CMYcpn60 CS CTX-M CTX DHA ECDC EDTA Viết giải nghĩa tiếng việt Enzym Adenylyl transferase ly giải kháng sinh nhóm aminoglycoside Kháng sinh amikacin axít nucleic Enzym methylase kháng kháng sinh nhóm aminoglycoside Axít ribonucleic Gen kháng rifampicin Bộ sưu tập chủng chuẩn Mỹ Muối azide Đơn vị đo trọng lượng phân tử ADN Ceftazidime Kháng sinh Ceftazidime Centre for Disease for Control Trung tâm kiểm soát phòng ngừa and Prevention dịch bệnh Hoa Kỳ Cefalothin Kháng sinh cefalothin Ciprofloxacin Kháng sinh Ciprofloxacin Clinical and Laboratory Viện Tiêu chuẩn Lâm sàng phòng Standards Institute xét nghiệm Chloramphenicol resistant gene Gen kháng chloramphenicol CephamycinaseEnzym ly giải kháng sinh cephamycin 60-KDa chaperonin gene gen 60-KDa chaperonin Colistin Kháng sinh Colistin Cefotaximase Enzym ly giải kháng sinh cefotaxim Cefotaxime Kháng sinh Cefotaxime Dhahran hospital in Saudi Arabia Bệnh viện Dhahran -Ả Rập Xê Út European Centre for Disease Prevention and Control Ethylene diamine tetra acetic acid Trung tâm kiểm soát bệnh tật châu Âu Ethylene diamine tetra acetic acid Ký hiệu ereC ESBL GES gltA GM gpi gyrA gyrB IMI IMP Inc Int kDa Viết đầy đủ tiếng anh Erythromycin gene Extended-spectrum betalactamase Guiana extended-spectrum Citrate synthase gene Gentamicin Glucose phosphate isomerase gene Gyrase A Gyrase B Imipenem- hydrolysing betalactamase Imipenemase Incompatibility Intergron Kilo daton KHM Kyorin Hospital metallo-βlactamase KPC Klebsiella pneumoniae carbapenemase Luria-Bertani Metallo beta lactamase LB MBL MEM MIC MLST NDM-1 NMC Meropenem Minimum inhibitory concentration Multilocus sequence typing New Delhi metallo-betalactamase-1 Not metallo enzyme carbapenemase Viết giải nghĩa tiếng việt Gen kháng erythromycin Enzym beta-lactamase kháng kháng sinh phổ rộng Enzyme Guiana kháng kháng sinh phổ rộng Gen citrate synthase Kháng sinh Gentamicin Gen glucose phosphate isomerase Enzym gyrase A Enzym gyrase B Enzym beta-lactamase ly giải imipenem Enzym ly giải kháng sinh imipenem Tên phân nhóm plasmid Tiểu thể ADN di động Đơn vị đo trọng lượng phân tử ADN Enzym metallo-beta-lactamase kháng carbapenem phát bệnh viện Kyorin Enzym kháng carbapenem phát chủng Klebsiella pneumoniae Tên môi trường nuôi cấy vi khuẩn Enzym Metallo beta lactamase ly giải carbapenem Kháng sinh Meropenem Nồng độ ức chế tối thiểu Phân loại dựa đa điểm trình tự gen New Delhi metallo-beta-lactamase-1 kháng carbapenem Enzym ly giải carbapenem metallo Ký hiệu Viết đầy đủ tiếng anh OXA- Oxacillinase- ParC PCR PFGE qacED RAPDPCR recA RFLP rpoB Topoisomerase IV Polymerase chain reaction Pulsed field gel electrophoresis Sulphonamide resistant gene Random amplified polymorphic DNA fingerprinting Recombination factor gene A Restriction fragment length polymorphism RNA polymerase subunit B SHV Sulphydryl variable SIM Seoul imipenemase SMA SME Sodium mercapto acetic acid SPM ST TEM VIM Serratia marcescens enzyme Sao Paulo metallo-betalactamase Sequence type A β-lactamase named after a Greek patient Temoneira Verona integron-encoded metallo-β-lactamase Viết giải nghĩa tiếng việt Enzym oxacillinase ly giải carbapenem EnzymTopoisomerase IV Phản ứng chuỗi Điện di xung trường Gen kháng sulphonamide Khuếch đại ngẫu nhiên đa hình đoạn ADN Gen tái tổ hợp yếu tố A Phân tích đa hình chiều dài giới hạn Tiểu đơn vị B chuỗi ARN thông tin Enzym sulphydryl ly giải kháng sinh phổ rộng Enzym ly giải imipenem đặt theo tên thủ đô Seoul Muối mercapto acetic acid Enzym Serratia marcescens ly giải carbapenem Enzym metallo-beta-lactamase-1 đặt theo tên thủ Sao Paulo Phân loại trình tự gen Tên enzym beta-lactamase đặt theo tên bệnh nhân người Hy Lạp Tiểu thể Verona mang gen mã hóa enzyme metallo-β-lactamase ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm khuẩn bệnh viện (Hospital-Acquired Infections - HAI) (NKBV) nhiễm khuẩn mà bệnh nhân mắc phải thời gian nằm viện nguyên nhân gây tỷ lệ mắc, tử vong cao cho bệnh nhân bệnh viện giới [137] NKBV thường gây nên vi khuẩn kháng đa kháng sinh, gây nhiều khó khăn cho cơng tác điều trị, kéo dài thời gian mắc bệnh, nguy tử vong cao [112] Khi vi khuẩn kháng lại kháng sinh phải thay kháng sinh hệ có giá thành cao gây nên thiệt hại lớn kinh tế Tại liên minh châu Âu, tỷ lệ tử vong hàng năm bị nhiễm chủng vi khuẩn kháng thuốc 25.000 ca Mỹ 63.000 ca, gây thiệt hại cho kinh tế bao gồm chi phí điều trị tạo sản phẩm lao động Mỗi năm châu Âu 1,5 tỉ Euro Mỹ 1,87 tỉ đô la, cao nhiều chi phí cho cơng tác phòng chống bệnh cúm [43] Từ năm 2000, lây lan nhanh chóng chủng vi khuẩn Gram âm nguyên quan trọng gây nhiễm khuẩn bệnh viện có khả sinh enzyme (extended-spectrum beta-lactamases; ESBLs) ly giải hầu hết kháng sinh phổ rộng thuộc nhóm cephalosporin ghi nhận tồn giới [103] Carbapenem nhóm kháng sinh mạnh “thuộc nhóm lựa chọn cuối cùng” sử dụng để điều trị cho trường hợp bị nhiễm khuẩn bệnh viện nặng chủng vi khuẩn Gram âm sinh enzym ESBLs Tuy nhiên sử dụng rộng rãi loại kháng sinh tạo áp lực cho vi khuẩn kháng lại carbapenem [89] Enzym ly giải carbapenem mã hóa gen KPC, IMP VIM phát khắp nơi giới [89;108] Enzym OXA-48 ly giải carbapenem tập trung chủ yếu quốc gia vùng Địa Trung Hải, châu Âu Ấn Độ [82;101;102] Đặc biệt gần vào năm 2008, giới khoa học công bố thông tin chấn động, gây quan ngại lớn cho toàn giới việc phát chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen New Delhi metallo-betalactamase-1 (NDM-1) bệnh nhân người Thụy Điển có tiền sử chữa bệnh Ấn 187 E Kết xét nghiệm Loại mẫu Ngày thu thập Thời gian kết thúc điều tra (24h): Kết giờ, ngày / _/201 Tên người điều tra: Chữ ký người điều tra: 188 PHỤ LỤC 6: Trang thiết bị, sinh phẩm dụng cụ tiêu hao - Tủ an toàn sinh học cấp 2, lị xấy khơ, lị hấp ướt, tủ ấm 370C, tủ lạnh, tủ âm sâu - Máy ly tâm, ủ nhiệt, máy tập trung mẫu (Eppendorf, Đức) - Pipet định mức loại - Máy luân nhiệt PCR Applied Biosystem-veriti (Mỹ) - Máy giải trình tự gen Applied Biosystem ABI-3130 (Mỹ) - Hệ thống điện di CHEF-DR III (Bio-Rad laboratories, Richmond, Calif, Mỹ) - Hệ thống chuyển màng Biometra-analytic (hãng Jena, Pháp) - Lò lai ADN UPV HL-2000 HybriLinker (Đức) - Hệ thống điện di ngang ENDURTM GEL XL (Mỹ) - Bộ chụp ảnh gen UPV (Đức) Môi trường sinh phẩm dụng cụ tiêu hao - Thạch MacConkey (hãng Bio-Rad, Pháp) - Thạnh LB (Hãng invitrogen, Mỹ) - Canh thang LB (hãng invitrogen, Mỹ) - Thạch Mueller-Hinton (hãng Merck, Đức) - Thanh định danh API-20E (Bio-Merieux, Pháp) - Khoanh giấy kháng sinh (Bio-Merieux, Pháp): Imipenem (IMP), Meropenem (CTX), (MEM), Ceftazidime (CAZ), Cefotaxime Ciprofloxacin (CIP), Gentamicin (GM) Amikacin (AK) Colistin (CS) - Kháng sinh bột (hãng Sigma, Mỹ): Imipenem (IMP), Meropenem (MEM), Ceftazidime (CAZ), Cefotaxime (CTX), Ciprofloxacin (CIP), Gentamicin (GM) Amikacin (AK) Colistin (CS) - Bộ kít sodium mercaptoacetate (SMA) (Eiken Co., Tokyo-Nhật Bản) 189 - Thanh E-test MBL EDTA-Imipenem (AB bioMerieux- Nc) - Kít tinh ADN kít tách chiết plasmid Miniprep (QIAGEN, Mỹ) - 2X Go-taq Master-Mix (GoTaq® DNA Polymerase, Promega) - Bigdye 3.1v kít (Applied Biosystem, Mỹ) - Bigdye XTeminator kít, HiDi - Thang chuẩn ADN: 100bp, 1kb - Dung dịch TE, dung dịch ly giải tế bào - Thạch điện di, thạch Seakem gold - Dung dịch đệm chạy điện di: TAE, TBE - Enzyme giới hạn XbaI, ApaI S1 - Dung dịch nhuộm ethidium bromide - Dung dịch SSC 20X - Dung dịch HCL 0,25 M - Dung dịch biến tính (1.5 M NaCl, 0.5 M NaOH) - Dung dịch trung hòa (1.0 M Tris-HCl, 1.5 M NaCl, pH 7.5) - Kít đánh dấu đoạn dị ADN: Direct Nucleic Acid Labelling and Detection system (Hãng ECLTM Amersham) - Gold hybridization buffer (Hãng ECLTM Amersham) - Kít phát ADN: nucleic acid ditection system (Hãng ECLTM Amersham) - Film Hyper (Hãng ECLTM Amersham) - Các chủng chuẩn: E coli ATCC 25922 (thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh), S braenderup H9812 làm thang chuẩn ADN, E coli J53 thử nghiệm khả truyền plasmid mang gen NDM-1… - Tăm lấy bệnh phẩm, que cấy, hộp lồng 9cm, pipet nhựa … - Đầu côn, tube PCR, 1,5ml, phiến nhựa 96 giếng chạy sequence… 190 DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 1.1 Phân loại nhiễm khuẩn bệnh viện 1.2 Sự phát triển đề kháng kháng sinh vi khuẩn 1.3 Một số đặc tính enzym ly giải carbapenem chủng vi khuẩn Gram âm 18 1.4 Mức độ kháng carbapenem P aeruginosa A baumannii bệnh viện năm 2008 22 1.5 So sánh ranh giới phát điểm gãy kháng sinh nhóm carbapenem với chủng vi khuẩn đường ruột 25 1.6 Các kỹ thuật phát metallo-beta-lactamase 26 2.1 Plasmid mang gen kháng kháng sinh 28 3.1 Một số đặc điễm tuổi giới đối tượng nghiên cứu 65 3.2 Chẩn đoán bệnh lúc nhập viện 65 3.3 Mức độ thực phẫu thuật thủ thuật xâm nhập 66 3.4 Phân bố ca bệnh bị nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 theo khoa điều trị 70 3.5 Một số yếu tố nguy liên quan đến nhiễm khuẩn vi khuẩn mang gen NDM-1 phân tích đơn biến 73 3.5 (tiếp theo) Một số yếu tố nguy liên quan đến nhiễm khuẩn vi khuẩn mang gen NDM-1 phân tích đơn biến 74 3.6 Một số yếu tố nguy liên quan đến nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 phân tích đa biến 75 3.7 Tỷ lệ phát vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 môi trường bệnh viện Việt đức 76 3.8 Kết phát phát vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 theo loại mẫu xét nghiệm 77 3.9 Phân bố mẫu môi trường dương tính theo khoa điều trị 78 3.10 Phân bố mẫu mơi trường dương tính với NDM-1 theo khoa điều trị loại vi khuẩn 78 191 Tên bảng Trang 79 Bảng 3.11 Mức độ nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn mang gen NDM-1 3.12 Tỷ lệ vi khuẩn gram âm mang gen NDM-1 84 3.13 Mức độ nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn mang gen NDM-1 86 3.14 Khả ức chế enzym New Delhi metallo-beta-lactamase chủng vi khuẩn mang gen NDM-1 88 3.15 Kết truyền plasmid mang gen NDM-1 sang E coli J53 96 3.16 Tỷ lệ gen kháng kháng sinh plasmid mang gen NDM-1 Việt Nam giới 99 192 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Tên hình Trang 1.1 Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện nước có thu nhập cao 1.2 Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện nước có thu nhập thấp trung bình 1.3 Cấu trúc phân tử carbapenem 1.4 Đặc điểm vùng mang gen kháng kháng sinh plasmid tách chiết từ chủng K pneumoniae 34 1.5 So sánh mối liên hệ trình tự amino acid NDM-1 với enzym metallo-beta-lactamase 35 1.6 Tỷ lệ phân bố vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 giới 36 1.7 Kết Southern-blotting plasmid mang gen NDM-1 chủng vi khuẩn phân lập Anh 40 17 Cây phả hệ chủng K pneumoniae kháng carbapenem mang gen NDM-1 phân lập quốc gia phân tích kỹ thuật MLS 42 3.1 Tỷ lệ phát bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem 64 3.2 Tỷ lệ phát bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 67 3.3 Tỷ lệ số lượng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 phát bệnh nhân 68 3.4 Tỷ lệ phân lập vi khuẩn mang gen NDM-1 theo giới 3.5 Tỷ lệ phân lập vi khuẩn mang gen NDM-1 theo nhóm tuổi 69 3.6 Phân bố ca bệnh nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 phát khoa điều trị theo thời gian 71 3.7 Phân bố ca bệnh bị nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 theo tháng 72 1.8 3.8 Kết đại diện phát gen NDM-1 kháng carbapenem chủng vi khuẩn gram âm phân lập môi trường bệnh viện Việt Đức 69 76 193 Hình Tên hình Trang 81 3.9 Tỷ lệ phân bố vi khuẩn gram âm kháng carbapenem 3.10 Kết PCR đại diện phát gen NDM-1 3.11 Kết đại diện so sánh giải trình tự gen NDM-1 với trình tự gen chuẩn 82 3.12 Tỷ lệ phân bố loại vi khuẩn mang gen NDM-1 83 3.13 Tỷ lệ phân lập vi khuẩn mang gen NDM-1 theo mẫu bệnh phẩm 3.14 Hình ảnh ức chế enzym New Delhi metallo-beta-lactamase C freundii mang gen NDM-1 87 3.15 Hình ảnh kiểu gen PFGE chủng E coli mang gen NDM-1 89 3.16 Hình ảnh kiểu gen PFGE chủng Enterobacter spp mang gen NDM-1 90 3.17 Kiểu gen PFGE chủng K pneumoniae mang gen NDM-1 3.18 Kiểu gen PFGE chủng Acinetobacter mang gen NDM-1 91 3.19 Kiểu gen PFGE chủng C freundii mang gen NDM-1 92 3.20 Kết đại diện phát số lượng plasmid từ số chủng vi khuẩn mang gen NDM-1 93 3.21 Kết đại diện phát plasmid mang gen NDM-1 số chủng vi khuẩn phân lập bệnh viện Việt Đức 94 3.22 Kết truyền plasmid mang gen NDM-1 từ chủng vi khuẩn mang gen NDM-1 sang chủng E.coli J53 95 3.23 So sánh plasmid mang gen NDM-1 chủng vi khuẩn phân lập bệnh viện Việt Đức từ chủng vi khuẩn số quốc gia giới 81 85 91 97 194 MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Nhiễm khuẩn bệnh viện 1.2 Kháng sinh đề kháng kháng sinh vi khuẩn 1.2.1 Lịch sử phát triển kháng sinh 1.2.2 Sự đề kháng kháng sinh vi khuẩn 1.2.2.1 Sự phát triển đặc tính kháng kháng sinh vi khuẩn 1.2.2.2 Phân loại đề kháng 10 1.2.3 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 11 1.2.3.1 Làm thay đổi đích tác động 11 1.2.3.2 Tạo enzym 11 1.2.3.3 Làm giảm tính thấm màng nguyên sinh chất 12 1.2.4 Các yếu tố nguy gây kháng kháng sinh 12 1.2.4.1 Lạm dụng sử dụng kháng sinh cộng đồng 12 1.2.4.2 Sử dụng kháng sinh bệnh viện 13 1.2.4.3 Sử dụng kháng sinh chăn nuôi 14 1.2.4.4 Do bác sỹ 15 1.2.4.5 Chất lượng kháng sinh 15 1.2.4.6 Gia tăng lại quốc tế 15 1.2.4.7 Hệ thống giám sát kháng sinh 15 1.3 Kháng sinh nhóm carbapenem 16 Phân loại enzym ly giải kháng sinh nhóm carbapenem 17 1.4 Tình hình vi khuẩn kháng carbapenem giới 19 1.4.1 Kháng carbapenem enzym carbapenemase nhóm A 19 1.4.2 Kháng carbapenem enzym nhóm B 20 1.4.3 Enzym nhóm D 21 195 1.5.Tình hình kháng carbapenem Việt Nam 22 1.6 Tác động vi khuẩn kháng kháng sinh 23 1.7 Các kỹ thuật phát vi khuẩn kháng carbapenem 23 1.7.1 Kỹ thuật thử nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh 23 1.7.1.1 Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán thạch 23 1.7.1.2 Kỹ thuật xác định nồng độ tối thiểu kháng sinh 24 1.7.1.3 Kỹ thuật E-test 24 1.7.2 Kỹ thuật phát vi khuẩn sinh carbapenemase 24 1.8 Các kỹ thuật sinh học phân tử nghiên cứu vi khuẩn kháng kháng sinh 27 1.8.1 Phân tích plasmid 27 1.8.1.1 Tách chiết plasmid 28 1.8.1.2 Phân loại plasmid 28 1.8.1.3 Kỹ thuật Southern blotting phát plasmid mang gen kháng kháng sinh 29 1.8.1.4 Nghiên cứu khả truyền plasmid kháng kháng sinh 29 1.8.2 Kỹ thuật PCR phát gen kháng kháng sinh 30 1.8.3 Kỹ thuật RAPD-PCR 30 1.8.4 Kỹ thuật điện di xung trường 31 1.8.5 Kỹ thuật Southern blot phân tích hệ gen vi khuẩn 31 1.8.5.1 Kỹ thuật Ribotyping 31 1.8.5.2 Kỹ thuật phân tích đa hình chiều dài giới hạn 32 1.8.6 Kỹ thuật Multi Locus Sequence Typing 32 1.8.7 Kỹ thuật giải trình tự gen 32 1.9 Vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 33 1.9.1 Tình hình nghiên cứu ngồi nước 33 1.9.1.1 Đặc điểm dịch tễ ca bệnh nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 36 196 1.9.1.2 Đặc điểm lâm sàng ca bệnh nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 39 1.9.1.3 Đặc tính sinh học phân tử vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 39 1.9.2 Vi khuẩn mang gen NDM-1 Việt Nam 43 1.9.3 Các vấn đề tồn cần tập trung nghiên cứu Việt Nam 43 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 46 2.1 Địa điểm nghiên cứu: 46 2.2 Thiết kế nghiên cứu: Dịch tễ học mô tả phân tích 46 2.3 Thời gian nghiên cứu 46 2.4 Đối tượng nghiên cứu 47 2.4.1 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 47 2.4.2 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 47 2.4.3 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 48 2.5 Cỡ mẫu Nghiên cứu 48 2.5.1 Cỡ mẫu mục tiêu 1: 48 2.5.2 Cỡ mẫu mục tiêu 2: 49 2.5.3 Cỡ mẫu mục tiêu 3: 49 2.6 Lấy mẫu bệnh phẩm kỹ thuật xét nghiệm 49 2.6.1 Lấy mẫu bệnh phẩm 49 2.6.1.1 Bệnh phẩm mục tiêu 49 2.6.1.2 Bệnh phẩm mục tiêu 49 2.6.1.3 Mẫu cho mục tiêu 3: 50 2.6.2 Kỹ thuật xét nghiệm: 50 2.6.2.1 Xác định bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 50 2.6.2.1.1 Nuôi cấy phân lập vi khuẩn 50 2.6.2.1.2 Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán 50 197 2.6.2.1.3 Kỹ thuật ức chế nồng độ kháng sinh tối thiểu 51 2.6.2.1.4 PCR phát gen NDM-1 51 2.6.2.1.5 Giải trình tự xác định gen NDM-1 52 2.6.2.2 Xác định vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 môi trường 53 2.6.2.3 Phân tích đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 53 2.6.2.3.1 Thử nghiệm khả sinh enzym New Delhi metallo-betalactamase 53 2.6.2.3.2 Phân tích mối liên hệ kiểu gen kỹ thuật PFGE 54 2.6.2.3.3 Phân tích số lượng plasmid phát plasmid mang gen NDM-1 54 2.6.2.3.3.1 Phân tích số lượng plasmid vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 54 2.6.2.3.3.2 Phát plasmid mang gen NDM-1 kỹ thuật SouthernBlotting 55 2.6.2.3.3.3 Thử nghiệm khả truyền plasmid mang gen NDM-1 55 2.6.2.3.4.4 Phân tích plasmid mang gen NDM-1 55 2.7 Vật liệu nghiên cứu 55 2.8 Chỉ tiêu nghiên cứu 55 2.8.1 Chỉ tiêu nghiên cứu cho mục tiêu 55 2.8.2 Chỉ tiêu nghiên cứu cho mục tiêu 56 2.8.3 Chỉ tiêu nghiên cứu cho mục tiêu 57 2.9 Phương pháp thu thập thông tin 57 2.10 Xử lý phân tích số liệu: 58 2.11 Kiểm soát sai số xảy q trình nghiên cứu 58 2.12 Đạo đức nghiên cứu 60 198 2.13 Sơ đồ nghiên cứu 61 Sơ đồ Tóm tắt bước nghiên cứu đơn vị thực mục tiêu 61 Sơ đồ Tóm tắt bước nghiên cứu đơn vị thực mục tiêu 62 Sơ đồ Tóm tắt bước nghiên cứu đơn vị thực mục tiêu 63 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 64 3.1 Một số đặc điểm dịch tễ học bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh viện vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 phân lập bệnh viện Việt Đức-Hà Nội 64 3.1.1 Một số đặc điểm chung bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem nghiên cứu 64 3.1.2 Một số đặc điểm dịch tễ học 35 bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh viện vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 bệnh viện Việt Đức - Hà Nội 67 3.1.2.1 Một số đặc điểm 35 bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 67 3.1.2.2 Một số yếu tố nguy nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 73 3.2 Tình trạng nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 môi trường bệnh viện Việt Đức 76 3.3 Một số đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 80 3.3.1 Một số đặc điểm chung chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 80 3.3.1.1 Tỷ lệ phân bố chủng vi khuẩn gram âm kháng carbapenem 80 3.3.1.2 Kết phát gen NDM-1 kháng carbapenem kỹ thuật sinh học phân tử 81 199 3.3.1.3 Tỷ lệ phân bố chủng vi khuẩn gram âm kháng carbapenem mang gen NDM-1 83 3.3.1.4 Mức độ nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 85 3.3.1.5 Khả sinh enzym metallo-beta-lactamase vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 87 3.3.2 Một số đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 89 3.3.2.1 Kiểu gen PFGE vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 89 3.3.2.2 Số lượng plasmid chủng vi khuẩn mang gen NDM-1 93 3.3.2.3 Phát plasmid mang gen NDM-1 94 3.3.2.4 Thử nghiệm khả truyền plasmid mang gen NDM-1 95 3.3.2.5 Phân tích plasmid mang gen NDM-1 97 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 101 4.1 Đặc điểm dịch tễ học bệnh nhân bị nhiễm khuẩn vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 101 4.1.1 Một số đặc điểm bệnh nhân bị nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 101 4.1.2 Một số yếu tố nguy liên quan đến nhiễm khuẩn vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 104 4.2 Tình trạng nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 môi trường bệnh viện Việt Đức 106 Một số đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 108 4.3.1 Một số đặc điểm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 108 200 4.3.1.1 Tỷ lệ phát vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 108 4.3.1.2 Mức độ nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 110 4.3.1.3 Khả sinh enzym metallo-beta-lactamase vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 112 4.3.2 Kiểu gen PFGE vi khuẩn mang gen NDM-1 113 4.3.3 Phân tích plasmid chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 115 4.3.3.1 Số lượng plasmid vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 115 4.3.3.2 Phát plasmid mang gen NDM-1 115 4.3.3.3 Khả truyền plasmid mang gen NDM-1 vi khuẩn 116 4.3.3.4 Phân tích plasmid mang gen NDM-1 117 4.4 Bàn luận hướng nghiên cứu 118 KẾT LUẬN 121 Đặc điểm dịch tễ học bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh viện vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 bệnh viện Việt Đức 121 Tình trạng nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 môi trường bệnh viện Việt Đức 121 Một số đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 122 3.1 Một số đặc điểm chung vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 122 3.2 Một số đặc điểm sinh học phân tử chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 122 201 KIẾN NGHỊ 123 NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN 124 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 125 TÀI LIỆU THAM KHẢO 126 PHỤ LỤC 1: DANH SÁCH BỆNH NHÂN TRONG NGHIÊN CỨU 145 PHỤ LỤC CÁC QUI TRÌNH KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM 152 PCR phát gen NDM-1 152 Phân tích mối liên hệ kiểu gen kỹ thuật PFGE 154 Phát plasmid mang gen NDM-1 kỹ thuật Southern-Blotting156 Thử nghiệm khả truyền plasmid mang gen NDM-1 158 PHỤ LỤC 3: Kết hình ảnh giải trình tự gen NDM-1 chủng vi khuẩn phân lập bệnh viện Việt Đức 160 PHỤ LỤC 4: PHIẾU CUNG CẤP THÔNG TIN NGHIÊN CỨU 179 BẢN THỎA THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU 183 PHỤ LỤC 5: Phiếu điều tra 184 PHỤ LỤC 6: Trang thiết bị, sinh phẩm dụng cụ tiêu hao 188 ... vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM- 1 bệnh vi? ??n Vi? ??t Đức -Hà Nội, 2 010 -2 011 ” với mục tiêu cụ thể sau Mô tả số đặc điểm dịch tễ học bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh vi? ??n vi khuẩn kháng carbapenem mang. .. TẾ VI? ??N VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG * - TRẦN HUY HOÀNG MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA NHIỄM KHUẨN BỆNH VI? ??N DO VI KHUẨN KHÁNG CARBAPENEM MANG GEN NDM- 1 TẠI BỆNH VI? ??N VI? ??T ĐỨC-HÀ... mang gen NDM- 1 phân lập bệnh vi? ??n Vi? ??t ĐứcHà Nội Mô tả tình trạng nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM- 1 số mẫu môi trường bệnh vi? ??n Vi? ??t Đức Xác định số đặc điểm sinh học phân tử số chủng