XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2.PGS.TS.BS. Nguyễn Thị Băng Sương.Trưởng khoa Xét nghiệm.BV Đại học Y Dược TP.HCM

XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 PGS.TS.BS Nguyễn Thị Băng Sương Trưởng khoa Xét nghiệm BV Đại học Y Dược TP.HCM UNIVERSITY MEDICAL CENTER NỘI DUNG TỔNG QUAN XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 ID NOW TRONG CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 UNIVERSITY MEDICAL CENTER TỔNG QUAN Phân họ Coronavirus gồm bốn chi: Alpha, Beta (động vật có vú); Gamma Delta Coronavirus (chim) loại lây nhiễm cho người (HCoV) là: 229E (alpha coronavirus) NL63 (alpha coronavirus) OC43 (beta coronavirus) HKU1 (beta coronavirus) SARS-CoV - SARS, 2002 (beta coronavirus) MERS-CoV - Hội chứng hô hấp Trung Đông, 2012 (beta coronavirus) SARS-CoV-2, COVID-19, 2019 (beta coronavirus) UNIVERSITY MEDICAL CENTER Cấu trúc virus SARS-CoV-2 • Virus hình cầu, đường kính ~ 125 nm • Chứa protein cấu trúc chính; protein gai (S-spike) bề mặt, protein màng (M), protein vỏ (E), nucleocapsid (N) • Thay đổi protein gai dẫn đến thay đổi khả lây truyền vi rút hay mức độ nghiệm trọng bệnh • Các kit xét nghiệm kháng thể thị trường thiết kế để tìm protein S/N • Hầu hết loại vaccine thị trường tạo kháng thể kháng protein S UNIVERSITY MEDICAL CENTER THỜI GIAN Ủ BỆNH ‒ Khoảng thời gian ủ bệnh: 2-14 ngày Virus ‒ Thời gian ủ bệnh trung bình: Incubation Period (typical cases) Novel Coronavirus (COVID-19) 2-14 or 0-24 days * ‒ Đã có báo cáo cho thấy SARS 2-7 days, as long as 10 days thời gian ủ bệnh kéo dài tới 27 MERS days (range: 2-14) ngày Swine Flu 5-7 ngày Thời gian ủ bệnh kéo dài tạo Seasonal Flu 1-4 days, as long as days days (1-4 range) điều kiện tăng khả lây lan bệnh dịch Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV) - CDC https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/index.html Coronavirus incubation could be as long as 27 days, Chinese provincial government says - Reuters, Feb 22, 2020 UNIVERSITY MEDICAL CENTER Lây truyền nhiễm trùng - Giọt bắn đường hô hấp xâm nhập vào thể qua mũi, miệng mắt - Gắn vào tế bào đường hô hấp qua ACE2: + Lây nhiễm vào tế bào cách hợp màng với màng tế bào + Sử dụng tế bào thể, tổng hợp vi rút giải phóng hàng triệu - Biểu lâm sàng: + Trường hợp nhẹ đến trung bình (81%): triệu chứng nhẹ đến viêm phổi nhẹ + Trường hợp nặng (14%): Khó thở, thiếu oxy > 50% tổn thương phổi X.quang + Trường hợp nghiêm trọng (5%): suy hô hấp, sốc, rối loạn hệ thống đa quan - Đối tượng có nguy cao: Người cao tuổi, Bệnh tim mạch, Tiểu đường, Tăng huyết áp https://www.nytimes.com/interactive/2020/03/11/science/how-coronavirus-hijacks-your-cells.html? https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/prepare/transmission.html https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/clinical-guidance-management-patients.html UNIVERSITY MEDICAL CENTER CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 UNIVERSITY MEDICAL CENTER CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 UNIVERSITY MEDICAL CENTER KỸ THUẬT SHPT CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 UNIVERSITY MEDICAL CENTER Xét nghiệm real time RT-PCR RT-PCR = Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (Phản ứng Chuỗi Polymerase Sao chép Ngược) Phát vật liệu di truyền SARS-CoV-2 mẫu bệnh phẩm, cho thấy người bị nhiễm vi rút Là tiêu chuẩn vàng để chẩn đoán Nature Materials | VOL 20 | May 2021 | 593–605 | www.nature.com/naturematerials UNIVERSITY MEDICAL CENTER ID NOW™ COVID-19 • Gen đích RdRp (RNA dependent RNA polymerase) • Gen chọn bảo tồn 100 trình tự gen có sẵn thời điểm thiết kế ban đầu • Gen bảo tồn  khó có khả đột biến • Gen RdRp phổ biến tất chủng SARS-COV-2 biết, đặc trưng cho SARS-COV-2 • Giới hạn phát (LoD): 125 Genome Equivalents/mL UNIVERSITY MEDICAL CENTER ID NOW COVID-19: Các nghiên cứu lâm sàng Study Performance Link Urgent care clinic study ≥94.7% positive agreement (sensitivity) https://abbott.mediaroom.com/2020-05-21-Abbott-ReleasesInterim-Clinical-Study-Data-on-ID-NOW-COVID-19-Rapid-TestShowing-Strong-Agreement-to-Lab-Based-Molecular-PCR-Tests Everett Clinic study 91.3% positive 100% agreement negative (sensitivity) agreement https://abbott.mediaroom.com/2020-05-21-Abbott-ReleasesInterim-Clinical-Study-Data-on-ID-NOW-COVID-19-Rapid-TestShowing-Strong-Agreement-to-Lab-Based-Molecular-PCR-Tests OhioHealth 91% sensitivity https://academic.oup.com/ajcp/advancearticle/doi/10.1093/ajcp/aqaa097/5848026 Austin cardiology center study 97.8% accuracy https://tcaheart.com/ Rhoads, et al (JCM) Apr 17, 2020 94% positive agreement https://jcm.asm.org/content/early/2020/04/17/JCM.00760-20 Detroit study 98% accuracy https://detroitmi.gov/sites/detroitmi.localhost/files/202005/abbot_verification_summary_report.pdf ≥98.6% negative agreement (specificity) 100% specificity UNIVERSITY MEDICAL CENTER Reagent Overview Influenza A & B Sample Type • Nasal Swab • Nasopharyngeal (NP) Swab • Nasal or NP Swab with VTM Sample Storage Direct Swabs: • • Hours at Room Temperature Up to 24 hours at 2-8oC VTM: • • hours at Room Temperature 72 hours at 2-8oC The ID NOW Influenza A & B assay will show results in as little as minutes for positive result1, 13 minutes for a negative result Moore N, et al Evaluation of the Alere™ i Influenza A & B Assay 2018 ASM Clinical Virology Symposium, West Palm Beach, FL Poster 27 Reagent Overview Strep A Sample Type • Throat Swab Sample Storage Direct Swabs: • Up to 72 hours at Room Temperature or at 2-8oC Transport Media: • Throat swab in BBL™ CultureSwab™ Liquid Amies transport media system: Room Temp or 2-8°C up to hrs The ID NOW Strep A assay will show results in as little as minutes for positive result1, minutes for a negative result ID NOW™ Strep A clinical trial data, held on file 28 Reagent Overview RSV Sample Type • Nasopharyngeal (NP) Swab • NP Swab with VTM Sample Storage Direct Swabs: • • Hours at Room Temperature Up to 24 hours at 2-8oC VTM: • • hours at room temperature 72 hours at 2-8oC The ID NOW RSV assay will show results in as little as 13 minutes 29 ID NOW: New Technology Xét nghiệm Influenza A&B Strep A RSV COVID-19 • Ngốy mũi • Ngốy họng • Ngốy tỵ hầu • Dịch mũi/ tỵ hầu VTM • Ngốy tỵ hầu • Dịch tỵ hầu VTM • Ngốy mũi • Ngốy tỵ hầu • Ngốy họng • Nhiệt độ phịng: hrs • 2-8°C: 24 hrs • Nhiệt độ phịng 28°C: 72 hours • Nhiệt độ phịng: hrs • 2-8°C: 24 hrs • Nhiệt độ phịng: hrs • 2-8°C: 24 hrs Bảo quản mẫu (VTM) • Nhiệt độ phịng: hrs • 2-8°C: 72 hrs • Nhiệt độ phịng 2-8°C: hrs • Nhiệt độ phịng: hrs • 2-8°C: 24 hrs • Khơng áp dụng Thời gian trả kết • Kết sau 13 phút • Mẫu dương: sau phút1 • Kết sau phút • Mẫu dương: sau phút1 • Kết sau phút • Kết sau phút Loại mẫu BP Bảo quản mẫu (que lấy mẫu) UNIVERSITY MEDICAL CENTER Moore N, et al Evaluation of the Alere™ i Influenza A & B Assay 2018 ASM Clinical Virology Symposium, West Palm Beach, FL Poster ID NOW™ Strep A clinical trial data, held on file Xét nghiệm kháng nguyên • Phát protein virus Sars-CoV-2 • Hỗ trợ PCR phương pháp nhanh, rẻ tiền, hiệu • Cần xác định lại PCR trường hợp (+) (-) có triệu chứng UNIVERSITY MEDICAL CENTER Xét nghiệm kháng nguyên Test nhanh Máy MD tự động Test nhanh: phức tạp, áp dụng điểm chăm sóc có kết vịng 15-30 phút, sử dụng mẫu bệnh phẩm dịch hơ hấp Độ xác XN test nhanh kháng nguyên phụ thuộc vào chất lượng mẫu tuân thủ nghiêm ngặt quy trình xét nghiệm Khi thực xét nghiệm cần đánh giá nguy thực hành an toàn UNIVERSITY MEDICAL CENTER Figure Left (Bahadir, et al, 2016), Figure Right (http://sdbiosensor.com/xe/product/7672) Khi phát kháng nguyên SARS-CoV-2? Triệu chứng xuất Lây nhiềm hầu hết nhóm Ngưỡng phát xn nhanh KN Ngưỡng phát nuôi cấy vi rút Tải lượng vi rút Ngưỡng phát PCR Conference | Presentation title Time (days) 20 Khi phát kháng nguyên SARS-CoV-2? • • XN KN SARS-CoV-2 phải đáp ứng yêu cầu hiệu tối thiểu độ nhạy ≥ 80% độ đặc hiệu ≥ 97% so với xét nghiệm phân tử NAAT (xét nghiệm khuếch đại axit nucleic) phê duyệt Vì XN nhanh kháng nguyên SARS-CoV-2 dễ thực cho kết nhanh chóng, chúng giúp mở rộng xét nghiệm giảm chậm trễ chẩn đoán cách chuyển xét nghiệm từ phòng xét nghiệm tham chiếu sang sở lâm sàng • Đánh đổi cho đơn giản giảm độ nhạy so với xét nghiệm phân tử NAAT Những trường hợp bị bỏ sót thực XN kháng nguyên SARS-CoV-2 Antigen-detection in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection using rapid immunoassays Interim guidance – 11 September 2020 Geneva: World Health Organization; 2020 Sensitivity refers to the percentage of SARS-CoV-2 infected patients who are correctly identified as having SARS-CoV-2 infection Conference | Presentation title Xét nghiệm phát kháng thể Test nhanh ELISA CMIA /ECLIA (điện hóa phát quang) Kết vòng 15 phút Kết 2-4 tiếng Kết 15-60 phút UNIVERSITY MEDICAL CENTER Phiên giải kết xét nghiệm kháng thể Dương tính Âm tính • Đã bị nhiễm SARS-CoV-2, hệ • Cơ thể khơng bị thống miễn dịch đáp ứng với nhiễm vi rút thời điểm • Cũng nhiễm trước xảy đáp ứng • Không phát người miễn dịch chưa đủ mạnh nhiễm SARSđể tạo đủ lượng kháng CoV-2 KHÔNG dùng để thể để phát chẩn đốn tình trạng nhiễm • Hoặc chưa đủ thời gian để COVID-19 tạo kháng thể sau bị • Theo dõi hiệu phơi nhiễm vaccine?? UNIVERSITY MEDICAL CENTER Tóm tắt: Phân biệt phương pháp xét nghiệm UNIVERSITY MEDICAL CENTER KẾT LUẬN Có nhiều phươngpháp xét nghiệm chẩnđốn COVID-19  Real-time RT-PCR: xét nghiệm sàng lọc khẳng định chẩnđoán thường quy  XN phát kháng ngun: ngày hồn thiện, hữu ích cho thực tiễn lâm sàng  XN phát kháng thể: không sử dụng cho mục đích sàng lọc & chẩn đốn xác định nhiễm SARS-CoV-2, có tác dụng hỗ trợ chẩn đoán đánh giá dịch tễ học UNIVERSITY MEDICAL CENTER www.bvdaihoc.com.vn TRÂN TRỌNG CẢM ƠN UNIVERSITY MEDICAL CENTER