4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.3.Kết quả so sánh trình tự nucleotide của ựoạn ge nH của các chủng virus
chủng virus Care nghiên cứu và chủng virus vacxin
Trong quá trình nghiên cứu các ựặc tắnh sinh học phân tử của 3 chủng virus Care phân lập ựược từ chó nuôi tại Hà Nội và vùng phụ cận, chúng tôi ựồng thời tiến hành giải trình tự ựoạn gen H chủng virus vacxin Onderstepoort ựể xác ựịnh sự tương ựồng về nucleotide giữa các chủng virus Care phân lập ựược và chủng virus vacxin. Qua ựó thấy ựược cụ thể hơn mức ựộ biến ựổi thành phần nucleotide cũng như mối quan hệ giữa các chủng virus Care phân lập ựược từ chó nuôi tại Hà Nội và vùng phụ cận và các chủng virus ựược sử dụng làm vacxin.
Chuỗi gen mà chúng tôi tiến hành giải trình tự thành công có kắch thước 1824bp ựược dùng làm chuỗi truy cập trong chương trình BLAST của ngân hàng gen quốc tế nhằm tìm kiếm các chuỗi ựắch ựã ựược ựăng ký trong ngân hàng gen dựa vào mức ựộ tương ứng về nucleotide. Kết quả so sánh trình tự của nucleotide của 3 chủng virus nghiên cứu và chủng virus vacxin ựược thể hiện ở hình 4.17
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 52
Hình 4.17. So sánh trình tự nucleotide của ựoạn gen H của các chủng virus Care nghiên cứu
Ghi chú: Sai khác về nucleotide của các chủng Care ựược biểu thị bằng kắ hiệu dấu (.), biểu thị (*) là giống nhau về nucleotide
Kết quả bảng so sánh về thành phần nucleotide cho thấy các chủng virus Care giải trình tự ựược ựều có sự sai khác tương ựối về thành phần nucleotide với nhau và với chủng virus vacxin. Trong ựó, ựoạn gen H của 3 chủng virus
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 53 Care nghiên cứu ựều có cùng số lượng nucleotide là 1824bp và cùng số lượng nucleotide với chủng virus vacxin. Các chủng virus Care phân lập ở Hà Nội và vùng phụ cận có 51 sai khác về nucleotide với nhau ở các vị trắ nucleotide sau:
6 (T<->C), 15 (G<->A), 139 (G<->A), 190 (A<->T), 222 (A<->G), 237 (G<->A), 243 (G<->A), 267 (A<->G), 282(T<->G), 369 (T <->G), 396 (C<- >T), 462 (C<->T), 511 (A<->C), 531 (T<->C), 591 (G<->A), 711 (T<->A), 726 (A<->G), 854 (T<->C), 864 (C<->T), 868 (T<->C), 872 (G<->C), 876 (G<->A), 892 (G<->C), 937 (G<->A), 1009 (G<->A), 1053 (C<->T), 1094 (C<->T), 1140 (G<->T), 1182 (A<->T), 1362 (C<->T),1450 (C<->A), 1452 ( G<->A), 1476 (A<- >G), 1485 (G<->A), 1488 (C<->A), 1545 (A<->C), 1556 (A<->G), 1557 (A<->G), 1584 (T<->C), 1590 (A<->C), 1608 (T<->C), 1646 (A<->C), 1667 (A<->G), 1683 (T<->C), 1687 (C<->A), 1728 (C<->T), 1740 (G<->A), 1741 (T<->G), 1781 (T<- >A), 1801 (T<->C), 1809 (T<->C).
(Giải thắch: 6 (T<->C) có nghĩa là có sự sai khác về nucleotide ở vị trắ nucleotide thứ 6 trong 1824 nucleotide theo thứ tự của trình tự thu nhận ựược trong ựó nucleotide T bị thay thể bằng nucleotide C)
So sánh cụ thể từng chủng virus Care với nhau chúng tôi thấy rằng:
+ Chủng virus CDV1P có 21 sai khác về nucleotide với chủng CDV2H ở các vị trắ nucleotide sau: 6 (T<->C), 139 (G<->A), 190 (A<->T), 222 (G<->A), 237 (G<->A), 243 (A<->G), 267 (G<->A), 369 (C<->T), 396 (C<->T), 511 (A<- >C), 868 (T<->C), 892 (C <-> G), 937 (G<->A) ,1450 (C<->A), 1485 (G<->A), 1488 (C<->A), 1556 (A<->G), 1583 (T<->C), 1741 (T<->G), 1781 (T<->A), 1801 (T<->C).
+ Chủng virus CDV1P có 44 sai khác về nucleotide với chủng CDV3P ở các vị trắ nucleotide sau: 15 (G<->A), 139 (G<->A), 190 (A<->T), 267 (G<->A), 282 (T<->G), 369 (C<->G), 462 (C<->T), 533(T<->C), 591 (A<->G), 711 (T<->A), 726 (A<->G), 854 (T<->C), 864 (C<->T), 868 (T<->C), 872 (C<->G), 876 (G
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 54 <->A), 892 (C<-> G), 937 (G<->A), 1009 (G<->A), 1053 (C<->T), 1094 (C<- >T), 1140 (G<->T), 1182 (A<->T), 1362 (C<->T), 1450 (C<->A), 1452 (C<- >A), 1476 (A<->G), 1485 (G<->A), 1488 (C<->A), 1533 (A<->G), 1536 (A<- >G), 1545 (A<->C), 1556 (A<->G), 1557 (A<->G), 1584 (T<->C), 1590 (A<- >C), 1608 (T<->C), 1646 (A<->C), 1667 (A<->G), 1687 (C<->A), 1728 (C<- >T), 1781 (T<->A), 1809 (T<->C).
+ Chủng virus CDV2H có 43 sai khác về nucleotide với chủng CDV3P ở các vị trắ nucleotide sau: 6 (T<->C), 15 (G<->A), 139 (G<->A), 190 (A<->T), 222 (G<->A), 237 (G<->A), 243 (A<->G), 267 (G<->A), 369 (C<->T), 396 (C<- >T), 462 (C <->T), 511 (A<->C), 533 (T<->C), 591 (A<->G), 711 (A<->T), 726 (A<->G), 854 (T<->C), 864 (T<->C), 876 (A<-> G), 1009 (G<->A), 1053 (C<- >T), 1094 (C<->T),1140 (G<->T), 1182(A<->T), 1362 (C<->T), 1452 (G<->A), 1476 (A<->G), 1533 (G<->A), 1536 (G<->A), 1545 (C<->A), 1557 (A<->G), 1590 (A<->C), 1608 (T<->C), 1646 (A<->C), 1667 (A<->G), 1683 (T <->C), 1687 (C<->A), 1728 (T<->C), 1740 (A<->G), 1741 (T<->G), 1781 (T<->A), 1801 (T<->C), 1809 (T<->C).
Như vậy giữa các chủng virus Care mà chúng tôi nghiên cứu chỉ sai khác về thành phần nucleotide từ 20 nucleotide ựến 45 nucleotide trên tổng số 1824 nucleotide giải trình tự. Có thể thấy rằng các chủng này có thành phần nucleotide tương ựối giống nhau (sự sai khác về nucleotide không quá 2,5% tổng số nucleotide của ựoạn gen).
Tương tự như vậy, chúng tôi tiếp tục tiến hành so sánh trình tự nucleotide của các chủng virus Care nghiên cứu với chủng virus vacxin. Kết quả thu ựược, 3 chủng virus nghiên cứu có 155 sai khác về nucleotide với chủng virus vacxin trong ựó:
+ Chủng CDV1P có 153 sai khác chiếm 8,39% so với tổng số nucleotide ựược xác ựịnh.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 55 + Chủng CDV2H có 155 sai khác chiếm 8,49% so với tổng số nucleotide ựược xác ựịnh.
+ Chủng CDV3P có 152 sai khác chiếm 8,33% so với tổng số nucleotide ựược xác ựịnh.
4.4. Kết quả so sánh trình tự axit amin của ựoạn gen H của các chủng virus nghiên cứu với chủng virus vacxin
Từ các trình tự nucleotide của ựoạn gen thu ựược, tiến hành xác ựịnh trình tự axit amin của ựoạn gen H. Sau ựó, chúng tôi so sánh trình tự axit amin của ựoạn gen H của các chủng virus Care nghiên cứu và chủng virus vacxin. Kết quả so sánh ựược trình bày ở hình 4.18.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 56
Hình 4.18. So sánh trình tự axitamin của ựoạn gen H của các chủng virus Care nghiên cứu
Những sai khác về trình tự nucleotide của bộ ba mã hóa có thể dẫn ựến những sai khác về thành phần axit amin (cứ 3 nucleotide mã hóa cho một axit amin- 3 nucleotide này ựược gọi là bộ 3 mã hóa) tuy nhiên cũng có những sự thay ựổi về nucleotide mà không dẫn ựến sự thay ựổi về axit amin do một số axit amin có thể do nhiều bộ ba nucleotide cùng mã hóa. Chắnh vì vậy ựôi khi sự sai khác về nucleotide lại không dẫn ựến sự sai khác về axit amin nên không làm thay ựổi cấu trúc của protein ựược mã hóa bởi gen. Tuy nhiên có những sai khác về nucleotide sẽ dẫn ựến những sai khác trong bộ 3 mã hóa và hệ quả là sự sai khác axit amin và có thể thay ựổi cả tắnh chất của protein ựược tạo ra bởi axit amin này và ựây là nguyên nhân phát sinh các biến dị di truyền làm thay ựổi tắnh gây bệnh của virus. để nghiên cứu toàn diện về ựặc tắnh sinh học phân tử của các chủng virus Care nghiên cứu, sau khi xác ựịnh ựược trình tự nucleotide cần xác ựịnh tiếp thành phần axit amin của ựoạn gen ựó ựể có kết quả chắnh xác về sự biến ựổi ở mức ựộ phân tử của các chủng virus Care phân lập. Kết quả so sánh trình tự axit amin của chuỗi gen giải trình tự cho thấy: Trình tự axit amin
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 57 giữa các chủng virus nghiên cứu và chủng virus vacxin ựều có sự sai khác tương ựối, trong ựó:
Giữa các chủng Care nghiên cứu nếu có 51 vị trắ sai khác về nucleotide thì có tới 33 vị trắ sai khác về axit amin, ựó là các vị trắ: 47, 64, 23, 78, 237, 289, 290, 291, 292, 297, 310, 333, 348, 376, 390, 447, 448, 476, 477, 485, 488, 502, 503, 506, 509, 517, 546, 547, 559, 563, 573, 580, 582
(Giải thắch: 47 có nghĩa là có sự sai khác về axit amin ở vị trắ axit amin thứ 47 trong trình tự 586 axit amin theo thứ tự của trình tự axit amin thu nhận ựược)
Trong ựó:
+ Chủng virus CDV 1P có 10 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus CDV2H ở các vị trắ: 47, 64, 89, 171, 197, 190, 476, 488, 489, 517. Chủng virus này có 28 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus CDV 3P ở các vị trắ: 47, 64, 89, 123, 178, 237, 289, 290, 291, 292, 297, 310, 333, 348, 376, 390, 447, 448, 476, 477, 485, 488, 489, 502, 503, 506, 509, 517. Tuy nhiên, chủng virus CDV 1P có tới 98 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus vacxin.
+ Chủng virus CDV2H có 21 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus CDV3P ở các vị trắ: 123, 171, 178, 237, 289, 290, 291, 292, 310, 333, 348, 376, 390, 447, 448, 477, 485, 502, 503, 506, 509. Chủng virus CDV2H có tới 93 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus vacxin trong khi chỉ có 155 vị trắ sai khác về nucleotide (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
+ Chủng virus CDV3P có 96 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus vacxin
Như vậy, kết quả so sánh về axit amin cho thấy các chủng virus phân lập ựược có 93 Ờ 98 vị trắ sai khác về axit amin với chủng virus vacxin trong tổng số 586 axit amin ựược mã hóa. Có sự khác biệt khá lớn trong chuỗi axit amin của ựoạn gen H giữa chủng virus phân lập ựược và chủng virus vacxin. Bên cạnh ựó,
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 58 giữa các chủng virus phân lập ựược cũng có từ 10 Ờ 28 vị trắ sai khác về axit amin. Chuỗi axit amin của ựoạn gen H của 3 chủng virus phân lập ựược cũng có những sai khác nhất ựịnh.