Các bệnh viện đã tổ chức được quy trình cấp phát thuốc phù hợp, kịp thời đáp ứng nhu cầu điều trị, tuy nhiên vẫn còn nhiều bệnh viện, đặc biệt là ở tuyến tỉnh, quản lý việc cấp phát thuốc còn mang tính thủ công và chưa áp dụng được công nghệ thông tin vào hoạt động cấp phát. Ở một số bệnh viện tuyến trung ương, việc ứng dụng công nghệ thông tin và xây dựng hệ thống mạng nội bộ trong quản lý công tác xuất nhập kho và theo dõi việc kê đơn của bác sỹ đã phần nào giúp giảm thiểu được sai sót trong cấp phát thuốc, kiểm soát được chủng loại và số lượng thuốc trong kho cũng như góp phần nâng cao hiệu quả của hoạt động giám sát kê đơn thuốc. Theo Cục Quản lý Khám chữa bệnh, 80% khoa dược của bệnh viện tuyến trung ương đã có phần mềm quản lý thuốc kết nối với khoa khám bệnh để kê đơn và phát thuốc cho bệnh nhân ngoại trú. Việc nhập thuốc và bảo quản thuốc được thực hiện theo đúng quy định hiện hành, đặc biệt là công tác quản lý thuốc gây nghiện và hướng tâm thần. Tuy nhiên cơ sở vật chất kho tàng bảo quản thuốc vẫn còn chưa đủ so với quy định chung, số lượng cán bộ dược vẫn còn thiếu so với nhu cầu, dẫn đến công việc cấp phát chiếm hầu hết thời gian và nhân lực [35]. Theo số liệu kiểm tra 932 trên tổng số 1.062 bệnh viện trong cả nước vào năm 2008, số lượng nhân lực dược là 9.432 cán bộ, chỉ chiếm trung bình khoảng 5,5% số
lượng nhân sự của các bệnh viện nhưng lại đảm đương việc cấp phát thuốc cho hơn 20.6 triệu lượt điều trị nội trú và ngoại trú[26], [34].
Triển khai Chỉ thị số 05/2004/CT-BYT, khoa dược một số bệnh viện đã tổ chức cung ứng thuốc tới tận khoa lâm sàng, nâng cao được trách nhiệm phục vụ bệnh nhân. Tuy nhiên, để thực hiện và duy trì tốt công tác này đòi hỏi một lượng lớn nhân lực dược nên trên thực tế việc triển khai không được đầy đủ. Do vậy, Thông tư 22/2011/TT-BYT ghi rõ “Khoa Dược đưa thuốc đến các khoa lâm sàng hoặc khoa lâm sàng nhận thuốc tại khoa Dược theo quy định của Giám đốc bệnh viện”. Hiện nay, hầu hết các bệnh viện vẫn tổ chức cho khoa lâm sàng tới lĩnh thuốc cho bệnh nhân nội trú tại khoa Dược [11], [14], [27].