- Tiết kiệm chi phí làm thủ tục: Do giảm được thời gian và nhân sự cho việc làm thủ tục và không phải tiếp xúc với nhiều bộ phận HQ như đăng ký, tính thuế, giá,
4.1.2.2. Những nguyên nhân
- Chưa có lớp đào tạo bổ sung nhân lực phục vụ hoạt động thông quan theo hình thức HQĐT trong khi nhu cầu về nguồn nhân lực lại cao.
- Hệ thống quản lý hoạt động KD XNK chưa được tin học hóa, phần mềm sử dụng cho HQĐT thiếu chức năng quản lý: Công ty chưa có hệ thống mạng dữ liệu nội bộ và chưa có sự kết nối giữa các máy tính. Phần mềm sử dụng chưa có tính năng quản lý. Phần mềm Công ty đang sử dụng là ECUS – kinh doanh phiên bản miễn phí. Đây là phần mềm sử dụng ít chức năng, chỉ đảm bảo yêu câu cơ bản là lập và gửi tờ khai đến cơ quan HQ mà chưa có chức năng giúp Công ty quản lý hoạt động nhập khẩu một cách hiện đại và có hệ thống.
- Mức độ điện tử hóa của HQ chưa hoàn thiện gây nhiều khó khăn cho doanh nghiệp khi tham gia. Hiện nay mới điện tử hóa được các chứng từ thuộc quản lý của cơ quan HQ, còn những chứng từ thuộc sự quản lý của các ngành khác như giấy phép của các Bộ, ngành, giấy chứng nhận xuất xứ nhập khẩu, giấy nộp tiền vào Kho bạc ( chứng từ nộp thuế); giấy đăng ký kiểm tra chất lượng ( Kiểm dịch động thực vật, an toàn vệ sinh thực phẩm)…vẫn chưa điện tử hóa được. Hệ quả là hồ sơ điện tử mới được hiện đại hóa một phần, kéo theo thủ tục HQĐT chưa thể hiện được đúng bản chất. Vì vậy, doanh nghiệp khi tham gia khai báo theo thủ tục HQĐT mới chỉ dừng lại ở mức nộp tờ khai qua mạng.
- Chậm trễ trong khâu chuyển khoản giữa các ngân hàng và khâu cập nhật thông tin nghĩa vụ đóng thuế trong hệ thống của HQ. Doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế bằng chuyển khoản nhưng trên chương trình nghiệp vụ của cơ quan HQ vẫn hiện thông báo doanh nghiệp có nợ thuế quá hạn. Do một số nguyên nhân chậm trễ trong quá trình tác nghiệp, lỗi đường truyền mạng hoặc chưa phối hợp kịp thời giữa cơ quan HQ, Ngân hàng, Kho bạc.. nên phát sinh một số trường hợp doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ thuế nhưng khi tra cứu trên các Chương trình nghiệp vụ của cơ quan HQ vẫn hiện thông báo Doanh nghiệp nợ thuế, dẫn đến việc người nộp thuế không được hưởng chính sách thuế ưu đãi đối với doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật về thuế theo quy định.