Các pin nhiên liệu vi sinh vật đƣợc thiết kế, chế tạo trong nghiên cứu. Bốn nhóm mẫu vi sinh vật đƣợc thu thập phục vụ cho nghiên cứu này là: - Mẫu bùn tự nhiên lấy dƣới độ sâu 20cm tại một con suối có màu nƣớc vàng ố đặc trƣng của khu vực có nhiều sắt tại xã Đồng Tân, huyện Ứng Hòa, thành phố Hà Nội.
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
vật - Viện Vi sinh vật và Công nghệ Sinh học, Đại học Quốc gia Hà Nội. - Mẫu dịch lấy từ khoang anode của các MFC trong quá trình hoạt động. - Mẫu điện cực than chì trong khoang anode của MFC đã hoạt động ổn định.
Các mẫu để sử dụng làm nguồn vi sinh vật cho các MFC đƣợc bảo quản ở nhiệt độ 4oC cho đến khi tiến hành các thí nghiệm tiếp theo.
Các mẫu để sử dụng cho các thí nghiệm sinh học phân tử đƣợc bảo quản trong glycerol (15%) ở -20oC cho đến khi tiến hành các thí nghiệm tiếp theo.
2.3.2. Hóa chất, thiết bị và dụng cụ
Nghiên cứu này đƣợc thực hiện tại Phòng thí nghiệm bộ môn Vi sinh vật học - Khoa Sinh học, Trƣờng ĐH Khoa học Tự nhiên, sử dụng các máy móc, thiết bị chuyên môn dùng trong nghiên cứu vi sinh vật học, Sinh học phân tử đạt tiêu chuẩn:
- Máy PCR 9700 (Applied Biosystems, Mỹ). - Máy ly tâm 5417R (Eppendorf, Đức)
- Máy điện di ngang (BioRad, Mỹ)
- Máy DGGE K-2401 (C.B.S Scientific, Mỹ) - Bàn soi gel LMW-20 UVP (UK).
- Kính hiển vi quang học (Zeiss, Đức)
Ngoài ra, nghiên cứu còn đƣợc sự trợ giúp về máy móc thiết bị của Phòng Sinh thái Vi sinh vật, Viện Vi sinh vật và Công nghệ Sinh học trong thí nghiệm FISH. Một số thiết bị cần thiết khác đƣợc sử dụng trong quá trình hoạt động của pin nhiên liệu vi sinh vật nhƣ bình khí Nito, bình Duran nút cao su, hệ thống dây dẫn silicon, đồng hồ vạn năng (Honeytek, Hàn Quốc).
Hóa chất sử dụng cho nuôi cấy vi sinh vật: Các muối (NaCl, MgSO4...), nguyên tố vi lƣợng(H3BO3, CoCl2.6H2O...), ammonium ferric citrat, ... Trừ một số hóa chất thông thƣờng không dùng cho các thí nghiệm sinh học phân tử (ví dụ NaCl) có xuất xứ Trung Quốc, các hóa chất quan trọng đều đƣợc
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
cung cấp bởi các hãng lớn nhƣ Merck, Sigma.
Hoá chất sử dụng trong phƣơng pháp điện di gel biến tính DGGE: Acrylamide, Bis-AA, 50x TAE buffer, Formamide, TEMED (tetramethyl ethylenediamine), APS (Ammonium persulfate) do hãng Affymetric (USB, Mỹ) cung cấp.
Hoá chất sử dụng trong các thí nghiệm Sinh học phân tử: Bộ hóa chất sử dụng tách ADN (Glycogen 20mg/ml, Ethanol 100%, Ammonium acetate) , phản ứng PCR (USB Taq PCR Master Mix 2x), điện di kiểm tra sản phẩm PCR (HydraGreen Safe ADN Stain 20 000x, Loading Dye 6x, GeneRuler 1kb ADN Ladder), tinh sạch sản phẩm PCR (ExoSAP-IT PCR Product Cleanup). Tất cả đều đƣợc cung cấp bởi Affymetric USB, Merck và Fermentas (Mỹ).
Hóa chất sử dụng trong phƣơng pháp lai huỳnh quang tại chỗ FISH: Formaldehyde 37 %, NaCl, EDTA (Ethylene diamine tetra aceticacid), Formamide, PBS (Phosphate buffered saline), Tris-HCl, SDS (Sodium dodecyl sulfate), DAPI (4’6-diamidino-2-phenylindole). Các hóa chất này đều đƣợc cung cấp bởi các hãng tin cậy (Sigma, Merck, Promega).