Để nghiên cứu một hệ vi sinh vật, các biện pháp truyền thống là phân lập và xác định số lƣợng vi sinh vật phân lập đƣợc. Ngoài phƣơng pháp đêm
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
trực tiếp bằng kính hiển vi, còn có thể sử dụng phƣơng pháp các định giá trị xác suất cực đại (MPN, hay phƣơng pháp pha loãng). Mẫu đƣợc pha loãng ở các nồng độ khác nhau (thƣờng phải làm tới 5 độ pha loãng), sau đó đƣợc cấy vào môi trƣờng dịch thể, sau một thời gian nuôi cấy nhất định tùy thuộc đặc điểm nuôi cấy của mỗi loài, quan sát tình trạng sinh trƣởng của chúng ở các độ pha loãng khác nhau. Căn cứ vào số lƣợng những ống nghiệm có vi sinh vật sinh trƣởng, ngƣời ta có thể dùng phƣơng pháp thống kê để tìm ra số lƣợng vi sinh vật [40].
Có thể đếm số lƣợng vi sinh vật sống thông qua việc xác định số khuẩn lạc xuất hiện trên môi trƣờng thạch đĩa. Mỗi khuẩn lạc có thể do một hoặc một vài tế bào vi sinh vật đứng cạnh nhau tạo thành nên có khái niệm Đơn vị hình thành khuẩn lạc (colony forming units, CFU) [40]. Dựa trên đặc điểm này, tỷ lệ phần trăm các chủng vi sinh vật có trong mẫu có thể đƣợc xác định.
Các phƣơng pháp truyền thống này chỉ có thể xác định sự có mặt và số lƣợng của những vi sinh vật có thể nuôi cấy, mà đa số vi sinh vật trong tự nhiên hiện nay vẫn chƣa thể nuôi cấy đƣợc trong phòng thí nghiệm (Pace, 1996) - số lƣợng các vi sinh vật có thể nuôi cấy đƣợc có thể chỉ đạt 1% tổng số vi sinh vật có trong tự nhiên. Bởi vậy, để nghiên cứu hệ vi sinh vật chính xác hơn thì ngoài các phƣơng pháp truyền thống cần phải sử dụng các phƣơng pháp sinh học phân tử.
Các kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại đã đƣợc ứng dụng trong nghiên cứu Sinh thái học nói chung và Sinh thái học vi sinh vật nói riêng giúp khắc phục những khiếm khuyết của các phƣơng pháp truyền thống, giúp trực tiếp khám phá cấu trúc quần thể vi sinh vật trong tự nhiên và mối quan hệ giữa chúng với môi trƣờng. Một số kỹ thuật sinh học phân tử đƣợc ứng dụng trong Sinh thái học vi sinh vật phải kể đến là các phƣơng pháp phân tích đa hình ADN sử dụng PCR và các enzyme giới hạn, phƣơng pháp điện di gel gradient biến tính (DGGE), phƣơng pháp lai huỳnh quang tại chỗ (FISH), ...
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/