Những bất cập, yếu kém nói trên của Hệ thống đổi mới quốc gia ở Việt Nam có thể xuất phát từ nhiều nguyên nhân, trong đó có một số nguyên nhân cơ bản sau:
Thứ nhất, nền kinh tế nƣớc ta còn đang trong thời kỳ chuyển đổi sang cơ chế thị trƣờng trong đó có Hệ thống đổi mới quốc gia. Sự chậm đổi mới trong một số lĩnh vực cũng có ảnh hƣởng đến quá trình xây dựng và phát triển của NIS. Chẳng hạn việc chậm thực thi các biện pháp cải cách doanh nghiệp theo xu hƣớng đổi mới và duy trì quyền bảo hộ, các viện nghiên cứu chƣa chuyển đổi sang hình thức kinh doanh nhƣ một doanh nghiệp KH&CN. Với cơ chế hiện nay, nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp Nhà nƣớc và
các viện nghiên cứu muốn tìm kiếm những ƣu đãi của Nhà nƣớc thay vì phải đổi mới công nghệ để nâng cao năng lực cạnh tranh. Một số doanh nghiệp trong NIS chƣa thấy đƣợc vai trò của hệ thống, chƣa liên kết với các trƣờng đại học, viện nghiên cứu trong nƣớc mà thiên về nhập khẩu công nghệ nƣớc ngoài.
Thứ hai, cách tiếp cận về NIS ở Việt Nam còn khá mới mẻ, chƣa đƣợc phổ biến rộng rãi đã cản trở quá trình phát triển NIS. Khi chuyển sang cách tiếp cận NIS, chúng ta chƣa kịp đổi mới tƣ duy, phƣơng pháp quản lý của Nhà nƣớc cũng nhƣ cách thức liên kết của doanh nghiệp với các trƣờng đại học, viện nghiên cứu. Một mặt, chƣa làm rõ vai trò, chức năng của các thành phần trong hệ thống đối với việc đối mới và nâng cấp công nghệ; mặt khác đối với nhiều lĩnh vực nghiên cứu ứng dụng và công nghệ cần và có thể vận dụng cơ chế thị trƣờng thì lại chƣa mạnh dạn áp dụng. Chƣa xác định rõ vai trò và mối quan hệ gắn bó giữa các cơ quan quản lý KH&CN, các tổ chức, cá nhân hoạt động KH&CN và cộng đồng doanh nghiệp. Tƣ tƣởng quản lý quan liêu bao cấp vẫn còn đậm nét trong những chính sách, cơ chế quản lý KH&CN. Cơ quan quản lý Nhà nƣớc trực tiếp tham gia hoạt động KH&CN mà chƣa coi trọng việc tạo môi trƣờng, điều kiện khuyến khích các doanh nghiệp, trƣờng đại học, viện nghiên cứu cùng tham gia.
Thứ ba, các chính sách xây dựng và phát triển NIS trong thời gian qua chậm đƣợc cụ thể hoá, triển khai thiếu kiên quyết, hiệu lực kém nên kết quả bị hạn chế. Thí dụ, việc chuyển đổi các tổ chức KH&CN về doanh nghiệp thông qua biện pháp hành chính không đem lại kết quả nhƣ mong muốn do chƣa gắn với những cơ chế mở rộng quyền hạn của tổ chức này và với trách nhiệm của các bộ, ngành. Hay ý tƣởng thành lập Quỹ hỗ trợ cho hoạt động đổi mới công nghệ đã đƣợc thể chế hoá bằng việc ban hành quy định thành lập Quỹ hỗ trợ
phát triển KH&CN của các Bộ, tỉnh nhƣng cho đến nay hình thức tài trợ cho hoạt động KH&CN thông qua quỹ vẫn chƣa thực hiện hiệu quả.
Thứ tư, nguồn vốn đầu tƣ cho phát triển NIS còn hạn hẹp, việc quản lý việc sử dụng vốn còn yếu kém. Trong những năm qua luôn có một nhận thức không đúng là vốn đầu tƣ cho đổi mới công nghệ là do Nhà nƣớc bao cấp, khu vực doanh nghiệp trong nƣớc đầu tƣ cho đổi mới công nghệ còn quá thấp so với tổng đầu tƣ cho KH&CN. Chi NSNN cho các nội dung đổi mới và nâng cấp công nghệ còn nhiều bất cập. Điển hình là việc chi cho bộ máy còn chiếm tỷ lệ lớn, do đó mà thu hẹp vốn cho đầu tƣ và phát triển NIS. Bên cạnh đó, mức chi cho đào tạo cán bộ KH&CN ở nƣớc ta còn rất thấp, chi lƣơng cho cán bộ hoạt động KH&CN cũng chƣa thoả đáng, do đó chƣa thể tạo động lực cho cá nhân hoạt động KH&CN cống hiến hết mình làm việc và sáng tạo.
Tóm lại, trong thời gian qua, cùng với việc đổi mới tƣ duy hoạt động KH&CN và cách tiếp cận NIS ở Việt Nam đã có nhiều thay đổi. Tuy nhiên, vẫn còn tồn tại nhiều yếu kém làm cho NIS chƣa thực sự là động lực thúc đẩy KH&CN phát triển.