Có nhiều nguyên nhân gây tồn dư kháng sinh trong sản phẩm ựộng vật, sau ựây là một số nguyên nhân:
Các kháng sinh thường ựược sử dụng trong nông nghiệp hiện ựại, ựồng thời dùng cho ựàn gia súc như những chât bổ sung và thức ăn nước uống cho ựộng vật nhằm tăng trọng hoặc cải thiện sự chuyển hóa thức ăn và cũng ựể phòng bệnh. Ngoài ra, tồn dư kháng sinh trong thực phẩm con người là do con người vô ý ựể tạp nhiễm [49], không tuân theo hướng dẫn trên nhãn hoặc do sự khác nhau về khả năng loại trừ thuốc của cá thể gia súc [25][45].
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 22
Việc sử dụng các loại chất thải của các ựộng vật ựang ựiều trị ựể nuôi các loại ựộng vật khác cũng có thể là nguyên nhân gây tồn dư một số nhóm kháng sinh trong thực phẩm [18][39].
Sự ựiều trị lợn bởi sulfamethazine bằng ựường miệng ựã gây nên hiện diện tồn dư trong nước tiểu, trong thận của lợn khác ựược nuôi cùng chuồng [32][39].
Các kháng sinh cũng ựược sử dụng trong ựiều trị mà không tuân thủ thời gian ngừng sử dụng thuốc kháng sinh trước khi xuất bán, do sai sót trong việc quản lý của bác sỹ thú y, của người chăn nuôi hoặc do sai sót trong việc nhận diện ựánh số các ựộng vật ựược ựiều trị [49], do sử dụng không có hiệu quả nên ựã bán chạy.
Tồn dư kháng sinh cũng có thể do sử dụng, lạm dụng các kháng sinh có trong danh sách cấm hoặc các kháng sinh ựược phép sử dụng.
Các nhà sản xuất cũng như các nhà kinh doanh ựã sử dụng kháng sinh ựể bảo quản thức ăn ựược lâu hơn và tốt hơn trước khi bán.
Ngoài ra, việc tồn dư kháng sinh còn do sử dụng các sản phẩm ở chợ ựen không rõ nguồn gốc, cho thuốc mà không có chỉ ựịnh của bác sỹ thú y, không tôn trọng liều dùng...
Từ việc sử dụng kháng sinh như vậy ựã dẫn tới vấn ựề tồn dư kháng sinh trong các sản phẩm có nguồn gốc ựộng vật và gây ô nhiễm môi trường.