Bản chất của NSNN là mối quan hệ kinh tế về lợi ích giữa Nhà nước với các chủ thể khác trong nền kinh tế, vì vậy quản lý NSNN đòi hỏi phải hết sức minh bạch, công khai, đảm bảo hài hòa các mối quan hệ lợi ích. Đây là lĩnh vực nhạy cảm và nóng bỏng, dễ xảy ra các tiêu cực trong tất cả các khâu, vì vậy cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý và nhân tố con người là yếu tố quan trọng có ảnh hưởng trực tiếp và có ý nghĩa quyết định đến hiệu quả, chất lượng công tác quản lý NSNN.
Trong cơ cấu tổ chức bộ máy phải quy định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của từng bộ phận, mối quan hệ và phân cấp quản lý giữa các bộ phận trong bộ máy. Tránh sự chống chéo, không rõ ràng, gây khó khăn cho công tác quản lý và dễ dẫn đến tình trạng thiếu trách nhiệm, lạm dụng quyền hành trong công việc. Bộ máy quản lý phải tinh gọn, không được cồng kềnh, dư thừa gây lãng phí ngân sách, đồng thời dẫn đến đùn đẩy trách nhiệm công việc, làm giảm hiệu quả quản lý NSNN. Nếu công tác tổ chức bộ máy quản lý NSNN tốt; quy chế làm việc rõ ràng, gắn trách nhiệm với quyền lợi cụ thể; đội ngũ cán bộ quản lý ngân sách có năng lực, trình độ chuyên môn nghiệp vụ; có ý thức chấp hành kỷ cương, pháp luật và tinh thần phối kết hợp giữa các cấp, giữa các đơn vị sẽ tạo nên sức mạnh tập thể, tạo nên khối đoàn kết, đồng lòng, vì mục đích chung của địa phương.
Ngược lại nếu năng lực, trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ quản lý tài chính thấp, không nắm vững quy định của pháp luật về tài chính, ngân sách, sẽ dẫn đến tình trạng quản lý không chặt chẽ, dễ xảy ra hiện tượng tiêu cực như tham ô, tham nhũng, biển thủ công quỹ… Hiệu quả quản lý NSNN sẽ không được phát huy, không những không thực hiện được các mục tiêu phát triển KT- XH do Nhà nước đề ra, mà còn làm mất lòng tin trong nhân dân, gây bất ổn định
trong đời sống chính trị - kinh tế - xã hội.