Khi đất nước hoàn toàn độc lập và thống nhất, nền kinh tế chuyển đổi từ bao cấp sang thị trường đã có những khởi sắc nhất định, cũng là lúc các giao dịch về chuyển nhượng QSDĐ ở Việt Nam gia tăng. Từ thực tiễn đó đòi hỏi chúng ta phải có một sự quản lý Nhà nước về ĐĐ, khuyến khích sử dụng đất có hiệu quả và động viên được một phần thu nhập của người chuyển QSDĐ vào NSNN. Bởi thế, ngày 22/06/1994, Quốc hội đã thông qua Luật thuế CQSDĐ và đến năm 1999, chúng ta tiếp tục ban hành Luật sửa đổi, bổ sung luật thuế CQSDĐ.
Theo quy định của Luật thuế CQSDĐ năm 1994 và Luật sửa đổi, bổ sung năm 1999, mức thu thuế chuyển QSDĐ là quá cao: mức thuế CQSDĐ là 2% đối với đất sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản, làm muối; và 4% đối với đất ở, đất xây dựng công trình và các loại đất khác (Điều 7 Luật thuế sửa đổi, bổ sung 1999). Nếu hộ gia đình, cá nhân chuyển nhượng một mảnh đất làm nhà ở với diện tích 100m2 với giá trung bình tại thành phố Hồ Chí Minh là 30 triệu đồng/m2 thì mức thuế phải nộp CQSDĐ là 120 triệu. Điều này càng trở nên bất hợp lý hơn khi chuyển nhượng đất không nhằm mục đích kinh doanh mà đơn thuần chỉ là thay thế chỗ ở mới. Do thuế CQSDĐ quá cao như vậy nên người dân sẵn sàng mua bán trao tay, không làm thủ tục pháp lý để chuyển nhượng, dẫn đến việc NSNN bị thất thu thuế, cơ quan Nhà nước có thẩm quyền khó khăn trong việc NSNN bị thất thu thuế, cơ quan Nhà nước có thẩm quyền khó khăn trong việc quản lý nhà, đất và nhất là tạo môi trường cho những tiêu cực phát sinh. Mặt khác, tính thuế theo tỷ lệ % trên toàn bộ giá trị đất chuyển nhượng, sắc thuế chưa tính đến thu nhập phát sinh cao hơn hay thấp hơn qua mỗi lần chuyển nhượng nên chưa tạo được sự công bằng, chưa làm tốt vai trò điều tiết thu nhập phát sinh do CQSDĐ.
Thuế CQSDĐ là loại thuế thu vào khoản thu nhập có được từ việc chuyển QSDĐ, cho nên, về mặt bản chất, nó có thể được coi là một loại thuế thu nhập. Do đó, khi tách biệt nó ra thành một sắc thuế riêng biệt và độc lập với thuế thu nhập sẽ dẫn đến sự lạc hậu, không khách quan và phù hợp với tình hình thực tế. Nhận thức được điều này, trong chương trình cải cách thuế đến năm 2010, Đảng và Nhà nước đã dần dần chuyển thuế CQSDĐ vào trong thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân. Do vậy, từ ngày 1/1/2009, Luật thuế thu nhập cá nhân chính thức có hiệu lực thay thế Luật thuế chuyển QSDĐ để điều tiết thu nhập của người sử dụng đất khi chuyển QSDĐ nhằm khắc phục các khiếm khuyết trong thu thuế thu nhập như đã phân tích ở trên.