- Cơ cấu dư nợ chưa hợp lý, chủ yếu là dư nợ ngắn hạn là do cơ cấu nguồn vốn huy động chủ yếu là ngắn hạn. Nguồn vốn của các tổ chức chiếm tỷ trọng còn cao, kỳ ngắn hạn. Do vậy, sẽ khó khăn cho Ngân hàng nếu các tổ chức này rút vốn đồng loạt. Trong khi đó, nguồn vốn từ khu vực dân cư tuy có tăng nhưng có thể sẽ giảm sút nếu chi nhánh không có các biện pháp khuyến mãi phù hợp với tình hình trên thị trường tài chính tiền tệ.
- Thời gian qua chi nhánh phải thực hiện theo chính sách thắt chặt tiền tệ của Ngân hàng Nhà nước, khống chế và điều phối cơ cấu dư nợ trong toàn chi nhánh, do vậy có những giai đoạn việc cung ứng vốn cho các doanh nghiệp gặp khó khăn và bị gián đoạn. Trước tình huống như vậy, nhiều khách hàng đã tìm đến các ngân hàng khác để vay vốn như Ngân hàng thương mại cổ phần Sacombank, Vietinbank, ngân hàng thương mại cổ phần Á Châu… Chính vì vậy, mà thị phần khách hàng cũng bị giảm sút và không ổn định.
- Nguyên nhân của các vướng mắc gặp phải trong qúa trình phát triển theo các tiêu chuẩn dịch vụ quốc tế nhằm cung ứng dịch vụ tốt hơn cho khách hàng:
Về thông tin: để đưa ra được những đánh giá và nhận định chính xác hơn về khách hàng, nhân viên cần có biện pháp tiếp cận thông tin khách hàng hợp lý và hiệu quả hơn. Điều này ảnh hưởng đến chất lượng tín dụng và giúp giảm thiểu mức độ rủi ro tín dụng của chi nhánh.
Về nhân viên: trình độ của nhân viên trong chi nhánh chưa đồng đều. Đội ngũ nhân viên có thâm niên công tác có ưu điểm là có kinh nghiệm dày dặn, khả năng phán đoán và nhận định tốt hơn những nhân viên trẻ nhưng khả năng tác nghiệp sử dụng công nghệ thông tin thì chậm hơn. Do đó, chất lượng dịch vụ cung ứng cũng không đồng đều. Mặt khác, do đối tượng khách hàng họ thường xuyên tiếp xúc tại văn phòng không chỉ là đại diện cho các doanh nghiệp mà còn rất nhiều nông dân, những người lao động phổ thông… Do vậy, việc làm thế nào để nhân viên gần gũi, thân thiện hơn với khách hàng được chi nhánh quan tâm hơn. Vì thể mà việc mặc đồng phục theo quy định đối với nhân viên tại chi nhánh không được duy trì nữa.
Về công nghệ: cuối năm 2007, hệ thống mạng hạch toán nội bộ IPCAS được đưa vào ứng dụng rộng rãi cho toàn bộ hệ thồng Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam. Hệ thống này hỗ trợ cho quá trình tác nghiệp của nhân viên được nhanh gọn, hiệu quả và chính xác hơn, qua đó chất lượng dịch vụ cung ứng cũng được nâng cao. Tuy nhiên, do hệ thống cơ sở hạ tầng tại chi nhánh nên tốc độ đường truyền mạng chưa cao, đôi lúc còn bị gián đoạn làm ảnh hưởng đến nhiều bộ phận tác nghiệp khác nhau, thời gian xử lý thông tin bị chậm lại, mất đi tính kịp thời của quá trình cung ứng dịch vụ.