Kiểm soát sao chép dẫn tới hàng loạt các ứng dụng và một trong số đó là điều khiển thiết bị. Có một vài các ứng dụng khác nhau trong đó thiết bị phản ứng lại các thủy vân mà chúng giải mã được trong nội dung. Từ cái nhìn của người sử dụng, rất nhiều trong số chúng khác biệt so với việc kiểm soát sao chép bởi chúng tăng thêm giá trị vào nội dung hơn là ngăn chặn việc sử dụng nó.
Một ứng dụng của thủy vân trong việc kiểm soát được đưa ra trong quy tắc của Ray Dolby vào năm 1981. Vào thời điểm đó rất nhiều trạm thu phát sóng FM phát nhạc và sử dụng kỹ thuật làm giảm nhiễu gọi tên là Dolby FM. Khi sử dụng kỹ thuật này, trạm thu sóng cần có một bộ giải mã tương thích. Thính giả phải dò các tần sóng để quyết định xem tần sóng nào đang phát tín hiệu để họ có thể bật bộ lọc sóng radio. Vì thế Dolby đã đưa ra ý tưởng các trạm thu phát sóng có thể tự động bật các bộ giải mã để tạo ra một tần số phát thanh trùng với mọi tần số dò sóng của khán giả. Và tần số này có thể được coi là một dạng thủy vân đơn giản.
Ứng dụng gần đây nhất của thủy vân đối với kiểm soát thiết bị là việc ứng dụng cho hệ thống điện thoại cầm tay của Digimarc được đính kèm một thủy vân đặc biệt nhằm in và phân phối các hình ảnh, chẳng hạn như quảng cáo trên tạp chí, bao bì, vé … Sau khi hình ảnh được chụp bởi camera của máy điện thoại cầm tay, thủy vân trong bức ảnh đó được đọc bởi phần mềm trong điện thoại và bộ xác định trong điện thoại sẽ được kết nối trực tiếp tới máy chủ để liên kết với các website hỗ trợ.