Trong ứng dụng này của thủy vân, thủy vân sẽ ghi lại một hoặc nhiều giao dịch đã được thực hiện trong quá trình sao chép tác phẩm có gắn thủy vân. Ví dụ, thủy vân sẽ ghi lại người nhận trong mỗi lần bán hoặc phân phối hợp pháp của tác phẩm. Người chủ sở hữu hoặc người tạo ra tác phẩm sẽ đặt một thủy vân khác biệt ở trong mỗi bản sao chép. Nếu tác phẩm bị sử dụng sai mục đích thường xuyên (dò gỉ cho báo chí hoặc tái phân phối bất hợp pháp), người chủ sở hữu có thể tìm ra ai là người chịu trách nhiệm.
Giám sát giao dịch cũng thường được gọi là truy tìm dấu vân tay vì mỗi bản sao của sản phẩm có thể được xác định duy nhất bằng thủy vân cũng giống như mỗi người có một vân tay duy nhất. Tuy nhiên, dấu vân tay thường được sử dụng cho việc truy tìm và nhận dạng vân tay của con người. Và kỹ thuật truy tìm vân tay đồng thời cũng được sử dụng để ám chỉ tới việc xác định thụ động tác phẩm (chẳng hạn như giám sát băng thông). Để tránh những nhầm lẫn chúng ta sẽ sử dụng thuật ngữ giám sát giao dịch.
Trong giám sát giao dịch có một vài kỹ thuật không phù hợp với định nghĩa về thủy vân. Một kỹ thuật thay thế thủy vân là sử dụng các dấu hiệu hiện hữu. Ví dụ đối với các tài liệu kinh tế có độ nhạy cảm cao như kế hoạch kinh doanh thường được in trên giấy có nền số ẩn màu ghi xám. Các báo cáo sau đó sẽ được giữ lại và chỉ rõ người nào có bản sao nào. Dấu hiệu này cũng được gọi là thủy vân bởi vì nó có một dấu hiệu cơ học liên quan đến thủy vân trên giấy. Dầu vậy, chúng không phải là thủy vân trong hoàn cảnh sử dụng thuật ngữ này của chúng ta, vì chúng ta quan tâm đến tính không thể nhận biết được là một đặc điểm nhận dạng. Dĩ nhiên, các thủy vân không thể nhận dạng thường được đánh giá cao hơn các dấu hiệu được nhận dạng cũng giống như thủy vân được đánh giá cao hơn các bản thông báo bản quyền bằng giấy.
Hình 2.2. Ví dụ về bộ mã xác định riêng biệt được in chìm làm nền văn bản ký tự.
Một ví dụ về giám sát giao dịch là trong việc phân phối các bản phôi in báo hàng ngày. Trong suốt quá trình làm phôi, phôi in thường được phân phối tới nhiều người liên quan đến quá trình sản xuất. Nhật báo hàng ngày thường được bảo mật cao bởi thường xuyên xảy ra việc một nhật báo có thể rò rỉ tin tức cho các tờ báo khác. Khi việc này xảy ra, các phòng có trách nhiệm sẽ nhanh chóng tìm ra nguồn rò rỉ. Họ có thể sử dụng một dòng chữ có thể nhìn được ở mép của khuôn phôi để xác định mỗi một bản sao của nhật báo.