- Những biến động về quản lý kinh tế xã hội khiến cho chế độ tiêu chuẩn định mức lạc hậu so với tốc độ phát triển của nền kinh tế địa phương nói riêng và cả nước nói chung đồng thời tốc độ trượt giá hàng năm cũng là một nhân tố ảnh hưởng không nhỏ việc ban hành một số định mức chi ngân sách trong thẩm quyền của địa phương đặc biệt là các định mức chi thường xuyên không còn phù hợp với tình hình thực tế gây khó khăn cho quá trình chấp hành ngân sách của các cơ quan đơn vị là đối tượng điều chỉnh. Điều này ảnh hưởng đến tiêu chí chi đúng chi đủ và chi hiệu quả trong chi ngân sách.
- Số bổ sung cân đối từ ngân sách cấp trên cho ngân sách cấp dưới được thực hiện ổn định theo số tuyệt đối trong thời kỳ ổn định ngân sách dẫn đến cân đối ngân sách địa phương rất khó khăn.
- Việc phân cấp vẫn còn mang dấu ấn của tư tưởng "cào bằng", chưa bảo đảm sự tương xứng giữa khối lượng, tính chất nhiệm vụ, quyền hạn được chuyển giao với năng lực thực tế về tài chính, cán bộ của địa phương.
- Chưa làm rõ được trách nhiệm của các cơ quan quản lý nhà nước trong công tác đảm bảo chất lượng công trình xây dựng, trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động xây dựng, quản lý, khai thác, sử dụng tài sản công
- Công tác quyết định phân bổ vốn đầu tư vẫn còn tình trạng đầu tư dàn trải, chưa đảm bảo theo mục tiêu đầu tư của Thành phố. Trong đó duyệt chủ trương đầu tư sai có thể làm tổn thất 60 - 70% số vốn đầu tư. Theo tổng hợp của Bộ KHĐT từ 97 cơ quan bộ, ngành, số dự án được quyết định đầu tư trong năm 2009 là 8.810 dự án, cao hơn số dự án dự kiến kết thúc đưa vào hoạt động là 6.598 dự án, cho thấy tình hình đầu tư vẫn rất phân tán, số dự án bố trí đầu tư không tương ứng với số dự án đi vào hoạt động.
- Do trình độ của cán bộ làm việc trong lĩnh vực ngân sách còn rất nhiều bất cập nhất là cấp xã. Do đó khi tăng quyền chủ động và tăng nguồn thu ngân sách nhưng cấp dưới không thể làm tốt hơn mà còn có thể gây nhiều lúng túng đối với những xã có nguồn thu lớn.
- Một số quận, huyện, xã, phường, thị trấn thực hiện công khai tài chính ngân sách còn mang tính chất hình thức, chưa thực hiện đầy đủ chế độ công khai theo đúng nội dung và thời gian quy định,
- Công tác thanh tra, giam sát còn tỏ ra khá lúng túng. Khó khăn chủ yếu là do vấn đề nhân lực và trình độ nên chưa bao quát được các khâu hoạt động, dẫn tới nhiều sai sót.
- Tình trạng thu, chi bằng tiền ngân sách nhà nước ở địa phương còn tùy tiện. Những sai phạm trong cách thu và sử dụng tiền ngân sách nhà nước đã dẫn tới những tồn tại đáng kể. Kết thúc cuộc kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách thời kỳ năm 2007 tại Hà Nội, kiểm toán nhà nước đã yêu cầu lãnh đạo UBND thành phố thu hồi, nộp vào ngân sách các khoản thuế tăng thêm gần 20 tỉ đồng. Đồng thời Hà Nội được yêu cầu thu hồi, nộp ngân sách các khoản chi sai chế độ và các khoản kinh phí đã hết nhiệm vụ chi số tiền trên 5,5 tỉ đồng. Những sai phạm trên dẫn đến việc nhiều địa phương không cân
triển kinh tế – xã hội của địa phương