Công ty cổ phần Dược phẩm Ninh Bình đã áp dụng phương pháp phân tích báo cáo tài chính là khá đơn giản, về cơ bản Công ty chủ yếu áp dụng là phương pháp so sánh (so sánh ngang, so sánh dọc dưới dạng số tuyệt đối và số tương đối) như đã trình bày ở chương 3, mục 3.3,. Tuy nhiên, Công ty chủ yếu dừng lại so sách giữa các chỉ tiêu phân tích của năm phân tích với năm trước, một số chỉ tiêu có liên hệ so sánh với các năm trước nữa nhưng rất hạn chế, giữa số thực hiện và kế hoạch. Vì vậy, kết quả phân tích có phần hạn chế không đánh giá được xu hướng các chỉ tiêu theo thời gian. So sánh chủ yếu ở dạng đơn giản, chưa tập trung so sánh liên hệ giữa các chỉ tiêu, do vậy chưa thể hiện bản chất của đối tượng phân tích. Chính từ việc Công ty chỉ căn cứ vào kết quả so sánh đơn giản nêu trên để đưa ra những nhận định, đánh giá về tình hình hoạt động sản xuất kinh doanh của mình dẫn đến thông tin phân tích đưa ra thường mang tính chủ quan nên chưa thực sự mang lại nhiều giá trị cho những người có nhu cầu thông tin đặc biệt là các cổ đông (hiện tại và tương lai) của Công ty.
Ngoài ra, Công ty không tiến hành so sánh với các chỉ tiêu của bình quân của ngành. Việc so sánh với các chỉ tiêu bình quân ngành sẽ cung cấp cho Công ty cơ sở vững chắc hơn để có bức tranh khách quan và chính xác hơn về tình hình tài chính cũng như hoạt động của Công ty. Đây là một nguyên nhân phần nhiều mang tính khác quan bởi các số liệu thống kê bình quân ngành dược hiện nay chưa thực
sự đáng tin cậy, do vậy Công ty chưa có căn cứ để so sánh, đánh giá mức độ phù hợp của các chỉ tiêu đạt được tại chính Công ty
Nhìn chung các phương pháp phân tích báo cáo tài chính tại Công ty cổ phần Dược phẩm Ninh Bình đều là phương pháp truyền thống, mặc dù Công ty đã sử dụng tương đối linh hoạt. Tuy nhiên, để kết quả phân tích đạt chất lượng tốt nhất thì bộ phân phân tích cũng cần quan tâm đến các phương pháp hiện đại như phương pháp phân tích chi tiết chỉ tiêu phân tích, phương pháp Dupont, phương pháp đồ thị,... có như vậy kết quả phân tích mới sâu sắc và thể hiện được chiều sâu của thông tin.