Thử nghiệm kiểm soát chỉ được thực hiện khi HTKSNB có hiệu lực. Khi đó thử nghiệm kiểm soát được tiến hành với mục đắch là thu thập bằng chứng kiểm toán về thiết kế và vận hành của HTKSNB ở mỗi đơn vị. Trong chu trình tiền lương và nhân viên, các chứng từ ban đầu là các chứng từ nội bộ doanh nghiệp. Hơn thế nữa, chắnh sách tiền lương ở mỗi đơn vị có đặc điểm khác nhau và cũng khác nhau ở mỗi loại hình tiền lương trong từng đơn vị. Do đó việc tìm hiểu HTKSNB là hết sức quan trọng. Nó được thực hiện theo các chức năng của chu trình tiền lương và nhân viên.
Đối với chức năng tổ chức nhân sự: KTV tiến hành tìm hiểu về việc tuyển dụng, thuê mướn lao động, phê chuẩn mức lương và tắnh độc lập giữa bộ phận nhân sự với bộ phận theo dõi thời gian làm việc cũng như hạch toán, thanh toán tiền lương cho người lao động.
Đối với công tác theo dõi thời gian lao động, khối lượng sản phẩm hoàn thành, lập bảng trắch lương và các khoản trắch theo lương: Đây là chức năng quan trọng nhất trong chu trình tiền lương và nhân viên. Nó ảnh hưởng trực tiếp đến hạch toán ghi Sổ các chi phắ về tiền lương cũng như các khoản trắch theo lương tại doanh nghiệp. KTV cần xem xét đánh giá các quá trình kiểm soát được thiết kế trong doanh nghiệp nhằm ngăn ngừa và phát hiện các sai sót trong chấm công, xác nhận công việc hoàn thành, hạch toán và ghi sổ các khoản thanh toán về tiền lương, BHXH, BHYT, KPCĐ, BHTN.
Để đạt được những mục tiêu trên, KTV cần thực hiện:
- Xem xét hệ thống tổ chức chấm công lao động hoặc kiểm nhận sản phẩm hoàn thành về tắnh thường xuyên cũng như mức độ tin cậy của những người được giao trách nhiệm.
- Kiểm tra các thủ tục kiểm soát tại doanh nghiệp đối với việc kê khai, chấm công tại từng đơn vị sản xuất.
- Kiểm tra thủ tục kiểm soát liên quan tới việc phê chuẩn, quyết định các mức lương, thưởng, thanh toán làm thêm giờẦ
Đối với công tác thanh toán tiền lương và các khoản trắch theo lương: Để xác định HTKSNB của doanh nghiệp có hiệu quả trong việc phát hiện và ngăn ngừa các hành vi gian lận tài sản thông qua việc thanh toán lương, KTV xem xét tắnh độc lập trong việc phân công công việc giữa người tắnh lương, người chi trả lương và người theo dõi chấm công. Ngoài ra, KTV đánh giá việc tổ chức chi trả, đặc biệt đối với các khoản tiền lương chưa
thanh toán được theo dõi như thế nào trong khi nhân viên đi vắng. Với các khoản trắch theo lương, KTV quan tâm đến việc trắch lập đúng theo tỷ lệ và thời gian quy định.
Trên cơ sở các thông tin thu thập được về HTKSNB, KTV sẽ hình dung ra khối lượng các thử nghiệm cơ bản cần áp dụng để đạt được mục tiêu kiểm toán đã đề ra (mục tiêu này chắnh là mức rủi ro kiểm toán có thể chấp nhận được là quan trọng nhất, tiếp theo là thời gian tiến hành cuộc kiểm toán, mức độ trọng yếu của chu trình hay khoản mục).