Thách thức lớn nhất của việc xây dựng hành lang và vành đai kinh tế là huy động vốn cho xây dựng và nâng cấp hệ thống kết cấu hạ tầng, đặc biệt quan trọng là hệ thống giao thông đường bộ, đường sắt. Do công trình đòi hỏi nguồn vốn rất lớn nên rất cần có chiến lược ưu tiên thu hút đầu tư và có những cam kết tài chính ở tầm khu vực, liên quốc gia với những tổ chức tài chính lớn của quốc tế như ADB, WB, IMF...
Vùng hành lang đi qua nhiều địa phương miền núi của hai nước mà trình độ phát triển còn thấp. Sự khác nhau về trình độ phát triển cũng như về địa hình là những khó khăn cho việc xây dựng kết cấu hạ tầng của hành lang, vành đai cũng như liên kết kinh tế trên toàn tuyến. Để có một hệ thống kết cấu hạ tầng hoàn chỉnh trên toàn tuyến, hai bên cần đi đến kế hoạch thống nhất trong một dự án tổng thể về xây dựng kết cấu hạ tầng.
Mặc dù có những điểm tương đồng nhưng trong những trường hợp nhất định, mục đích khai thác hành lang chưa thực sự thống nhất giữa hai nước sẽ dễ làm nảy sinh bất đồng về lợi ích. Bên cạnh đó, trình độ phát triển của hai nước có sự khác biệt, hàng hóa và dịch vụ trao đổi mang tính cạnh tranh cao. Điều này đặt ra vấn đề là hai nước cần tiến hành nhiều cuộc trao đổi để đi đến thống nhất về quan điểm xây dựng hành lang và vành đai cho phù hợp với lợi ích mỗi bên.
103
Việc thu hút đầu tư nước ngoài vào hoạt động kinh tế dọc tuyến hành lang sẽ thu hút một lực lượng lớn lao động nước ngoài, cả lao động trình độ cao và lao động phổ thông, vào làm việc trong khu vực, tạo nên sự tranh chấp việc làm với lao động địa phương, nguy cơ gây ra những bất ổn xã hội.
Hoạt động của hành lang kinh tế ngoài việc thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội trong vùng còn kéo theo nhiều vấn đề phức tạp khác mà hai nước cần có sự phối hợp chặt chẽ để giải quyết như tình trạng tội phạm, buôn lậu, ma túy, dịch bệnh, ô nhiễm môi trường, an ninh quốc phòng. Hai nước cần tính đến các hậu quả tiêu cực mà hoạt động của hợp tác có thể gây ra, tránh những bất đồng đáng tiếc.
Mặc dù sự tin cậy lẫn nhau giữa ASEAN và Trung Quốc đang ngày càng tăng lên, nhưng sự tin cậy đó chưa sâu sắc. ASEAN vẫn chưa hoàn toàn yên tâm về thiện chí của Trung Quốc. Chính vì chưa có sự tin tưởng sâu sắc về nhau, nên ASEAN đã không phát huy được sự năng động vốn có của mình. Cho tới nay, các sáng kiến lớn nhằm thúc đẩy hợp tác giữa hai bên đều do phía Trung Quốc đề xuất. Chừng nào ASEAN còn nghi ngờ Trung Quốc, cơ hội hợp tác hai bên vẫn còn hạn chế.