Sự kiện năm 1693, đánh dấu một mốc rất quan trọng, Champa đã không còn tồn tại với tư cách là một quốc gia riêng biệt mà trở thành một phần lãnh thổ của chính quyền Đàng Trong, trở thành một trấn, sau đó trở thành một tỉnh của nước Việt Nam sau này. Những gì còn lại của Champa chỉ là một tước hiệu Phiên Vương, nhưng mọi công việc luôn có một viên quan của chính quyền Đàng Trong theo dõi, kiểm soát. Một bộ phận
quý tộc người Chăm đã dẫn theo người thân và ít dân cư di chuyển vào sinh sống ở vùng hạ lưu và trung lưu sông Cửu Long. Một bộ phận khác do những hậu duệ trực tiếp của vua Champa di chuyển lên vùng thượng nguyên sinh sống, dựa vào các mối quan hệ từ trước với cố gắng duy trì hình bóng của cha ông họ qua những di vật còn lại.
Tuy nhiên một bộ phận đáng kể người Chăm vẫn ở lại sinh sống trên mãnh đất đã gắn bó với họ lâu nay. Cuộc sống của họ dần hòa nhập với những cư dân người Việt tới sinh sống tại đây, và duy trì cho đến ngày hôm nay với tư cách là một dân tộc thiểu số trong cộng đồng các dân tộc Việt Nam. Các chúa Nguyễn sau khi chiếm được vùng đất cuối cùng của người Chăm đã thực hiện nhiều chính sách nhằm xoa dịu những mâu thuẫn với những người Chăm còn lại, giao các chức cai quản trong vùng cho người Chăm trong coi, đồng thời cũng tạo điều kiện cho những cư dân Chăm ổn định cuộc sống của mình. Những chính sách đó giống như những ân huệ và tỏ rõ thái độ tôn trọng của chính quyền Đàng Trong với những hậu duệ cuối cùng của vương quốc Champa. Chính quyền chúa Nguyễn cũng muốn đồng hóa những người dân Chăm còn lại. Đồng thời các chúa Nguyễn cũng từng bước đưa dân cư người Việt vào sinh sống trên vùng đất này và ổn định cuộc sống của nhân dân tại nơi đây. Những cư dân người Việt được đưa vào đây chủ yếu là những người lao động nghèo khổ, tù binh đã nhanh chóng hòa nhập với những lưu dân người Việt có mặt từ trước và những cư dân Champa ổn định cuộc sống của mình. Những cư dân Chăm thì vẫn tiếp tục cuộc sống hàng ngày của mình với những công việc truyền thống như sản xuất nông nghiệp và làm các nghành nghề truyền thống như làm gốm, nghề rèn, dệt chiếu. Đặc biệt là nghề dệt vải vẫn được gìn giữ và duy trì, phát triển. Nó không chỉ phục vụ cho nhu cầu của người dân Chăm mà còn là những món hàng mà các thương nhân trong và ngoài nước rất ưa thích. Có lẽ những người Việt sinh sống trên mãnh đất này cũng đã chịu ảnh hưởng rất nhiều từ yếu tố văn hóa của người Chăm, mà chiếc áo dài là một điển hình. Đời sống vật chất và văn hóa tinh thần của người Chăm đã có ảnh hưởng và tác động không nhỏ đến đời sống của cư dân người Việt và góp phần làm cho kho tàng văn hóa chung của dân tộc ta trở nên phong phú và đa dạng.
Người Chăm vẫn không cam chịu những thất bại của họ, không cam chịu thần phục Đại Việt, họ vẫn muốn giành lại những gì vốn thuộc về họ. Những vương hầu cũ của Chiêm Thành vẫn thường xuyên xúi dục dân chúng nổi dậy chống đối lại chính quyền chúa Nguyễn. Để đề phòng sự chống đối của người Chăm, chúa Nguyễn đã sai cai đội Nguyễn
Trí Thắng đem quân trấn giữ ở Phố Hài, Cai Cơ Nguyễn Tân Lễ coi giữ ở Phan Rí và Cai Đội trông coi vùng Phan Rang.
Đến tháng 8 năm 1693 đã cho đổi trấn Thuận Thành thành phủ Bình Thuận. Chúa Nguyễn đã bổ nhiệm viên quan cũ của Champa là Kế Bà Tử làm quan cai trị nhưng phải mặc theo đồng phục của người Việt. Nhưng các cuộc nổi dậy chống đối của người Chiêm vẫn diễn ra. Tiêu biểu là các cuộc nổi dậy của viên quan người Chiêm cũ là Ốc Nha Thác liên kết với một người gốc Hoa là Ngô Lãng đã hô hào dân Chiêm nổi dậy chống đối. Làm náo loạn cả một vùng Phan Rí, Phan Rang và gây ra nhiều tổn thất cho chúa Nguyễn. Chúa Nguyễn đã phải sai Cai Cơ Nguyễn Thắng Hổ đem quân vào đánh mới dẹp yên được. Sau sự kiện này chúa Nguyễn vẫn tiếp tục để Kế Bà Tử làm quan cai trị, với chức Tả Đô Đốc và thực hiện nhiều chính sách thông thoáng hơn với người Chiêm, sau này còn phong cho Kế Bà Tử làm Phiên Vương và định lệ cống nạp hàng năm cho chúa Nguyễn. Đến năm 1697, đã đặt thành phủ Bình Thuận, lấy vùng đất từ Phan Rí, Phan Rang trở về phía Tây chia thành huyện là An Phước và Hòa Đa, và cho đặt ra những điều lệ quy định rõ ràng để cai trị những người dân Chiêm và cư dân Việt trên vùng đất này. “Phàm những người Việt kiện nhau hoặc kiện với dân Thuận Thành thì do
Phiên vương và Cai bộ, Ký lục xử đoán, dân Thuận Thành kiện nhau thì một mình Thiên vương xử đoán” [13, tr.302].
Về sau các cuộc nổi dậy chống đối của dân Chăm vẫn thỉnh thoảng diễn ra nhưng không lớn và nhanh chóng bị chính quyền chúa Nguyễn dập tắt. Cuộc sống của những cư dân người Chăm và người Việt trên vùng đất này dần ổn định cho đến khi phong trào Tây Sơn nổ ra.