Lịch sử Đàng Trong gắn liền với quá trình hình thành và phát triển thế lực của chính quyền các chúa Nguyễn. Từ một thế lực cát cứ nhỏ bé so với Đàng Ngoài, Đàng Trong đã vươn lên lớn mạnh, tiếp tục di dân khẩn hoang, mở mang lãnh thổ, can thiệp ảnh hưởng ở Chân Lạp, đối trọng với Xiêm La…Trong nhiều hoạt động của Đàng Trong , người Hoa đã tham gia ngay từ đầu như những lực lượng đóng góp quan trọng. Ngược lại, Đàng Trong với những đặc điểm khá riêng biệt đã thu hút mạnh mẽ những người Trung Hoa di cư đến làm ăn sinh sống, cư ngụ lâu dài như vùng đất được coi là đất lành chim đậu này.
Lịch sử quá trình di cư của người Hoa vào Đàng Trong gắn liền với tiến trình lịch sử phát triển của Đàng Trong và tình hình vùng duyên hải Nam Trung Hoa. Đó là khoảng thời gian vào khoảng giữa cuối thế kỷ XVII, tình hình Trung Quốc có nhiều biến động. Năm 1644, với sự cộng tác giúp đỡ của viên tướng đã phản bội lại nhà Minh là Ngô Tam
Quế, quân đội Mãn Thanh đã chiếm được Bắc Kinh. Một năm sau đó, Nam Kinh cũng thất thủ. Đến đây thì về cơ bản, Mãn Thanh đã thống trị toàn Trung Hoa từ đó.
Tuy nhiên, ở vùng Hoa Nam, tình hình vẫn còn hỗn loạn bởi các cuộc nổi dậy đấu tranh của những thế lực cũ của nhà Minh. Cuộc kháng chiến của các đại diện tôn thất nhà Minh vẫn tiếp tục, mặc dù yếu ớt. Ba vua nhà Minh là Lỗ vương kháng chiến ở Chiết Giang, Đường vương ở Phúc Kiến và Quế vương ở Quảng Đông. Họ đều có hùng tâm, được dân chúng ủng hộ nhưng thực tế yếu ớt, nên lần lượt thất bại. Quế vương chống cự lâu hơn cả, bị quân Thanh truy đuổi phải chạy sang trú ở Miến Điện. Ngô Tam Quế đem quân sang ép vua Miến Điện phải giao nộp Quế vương và giết chết ông năm 1662. Một viên tướng của Đường vương là Trịnh Thành Công đã tiếp tục kháng chiến, hô hào
“Phản Thanh phục Minh”. Sau khi bị thất bại ở đất liền, Trịnh Thành Công đã kéo quân
ra chiếm đảo Đài Loan làm cứ điểm kháng chiến lâu dài, làm chủ cả vùng duyên hải đông nam Trung Hoa trong suốt mấy chục năm sau đó. Năm 1662, Trịnh Thành Công mất, con là Trịnh Kinh thay, tiếp tục chiến đấu chống lại nhà Thanh. Năm 1681, Trịnh Kinh cũng mất, con là Trịnh Khắc Sản thay thế, nhưng không đủ tài năng để lãnh đạo. Hai năm sau, quân Mãn Thanh tấn công Đài Loan, Trịnh Khắc Sản đầu hàng quân Thanh. Triều đình Mãn Thanh thu phục được Đài Loan.
Mãn Thanh nhanh chóng đánh bại được nhà Minh một phần nhờ sự giúp sức của các hàng tướng nhà Minh. Sau khi bình định xong Trung Hoa, Mãn Thanh phong tước cho các hàng tướng có công, cử họ đem quân trấn giữ các tỉnh phía Nam: Ngô Tam Quế giữ Vân Nam, Thượng Khả Hỉ ở Quảng Đông, Cảnh Kế Mậu ở Phúc Kiến. Người đời thường gọi họ là Tam Phiên vương. Ba người này nhân lúc thế lực Mãn Thanh chưa vững vàng ở phương Nam, đã xây dựng lực lượng, dần dần ly khai, chống lại Mãn Thanh. Quân Thanh phải đem quân đánh dẹp. Trong Tam Phiên, Ngô Tam Quế có lực lượng mạnh nhất, đã từng xưng đế, đặt tên nước là Đại Chu (1678), nhưng chỉ được ba năm sau thì bị nhà Thanh tiêu diệt. Cũng trong khoảng thời gian gần 40 năm sau khi quân Thanh chiếm được Nam Kinh, và cơ bản thiết lập được hệ thống cai trị Trung Hoa, vùng Hoa Nam trở thành bãi chiến trường khốc liệt giữa Mãn Thanh và các lực lượng chống đối theo xu hướng chính trị khác nhau. Trong đó nổi bật là cuộc kháng chiến của lực lượng “Phản Thanh phục Minh”. Ách thống trị của triều đại phong kiến Mãn Thanh và hậu quả của các cuộc chiến tranh xảy ra liên miên đã làm cho cuộc sống của nhân dân trong vùng trở nên điêu đứng, khổ cực. Trong bối cảnh đó đã có nhiều đợt di cư của
người Hoa ra nước ngoài, xa lánh ách thống trị của Mãn Thanh. Tiêu biểu là đợt di cư của Trần Thượng Xuyên, Dương Ngạn Địch và nhóm của Mạc Cửu đã di cư xuống phía Nam và xin nương nhờ chúa Nguyễn.
Chúa Nguyễn đã cho họ nương nhờ trên lãnh thổ của mình và phần lãnh thổ của nước Chân Lạp, những nơi mà dân cư còn hoang vắng thưa thớt. Tiêu biểu trong số đó là những người Hoa đi theo Mạc Cửu vào khai phá ở vùng đất Hà Tiên, nhóm người của Trần Thượng Xuyên, Dương Ngạn Địch, Hoàng Tiến, Trần An Bình…khai phá vùng đất Biên Hòa, Mỹ Tho. Đó là những sự kiện xảy ra vào năm 1679. Những nhóm người Hoa này đã đóng góp công lớn vào công cuộc khai phá và bảo vệ vùng đất mới của chúa Nguyễn. Những gì mà họ Mạc làm được cho chúa Nguyễn đã được trình bày ở trên, dưới đây xin được nói thêm về nhóm người Hoa của Trần Thượng Xuyên, Dương Ngạn Địch…những nhóm người đã có công lớn trong việc khai phá vùng đất Biên Hòa, Mỹ Tho, góp phần làm thay đổi bộ mặt của Đàng Trong với những khu kinh tế phát triển. Nhưng có lẽ trước khi nhóm người Hoa do những tướng cũ của nhà Minh cầm đầu sang xin cư trú trên lãnh thổ của chúa Nguyễn thì trước đó những người Hoa đã di cư sang sinh sống và xây dựng được cho mình những trung tâm mang dấu ấn riêng của mình, hình thành những cộng đồng riêng của người Hoa. Đó chính là thương cảng Hội An, đây chính là nơi đầu tiên mà người Hoa đã xây dựng nên cộng đồng người Hoa đầu tiên trên lãnh thổ của Đàng Trong. Lịch sử di cư của người Hoa vào Đàng Trong có thể chia thành 4 giai đoạn chính:
Giai đoạn I: (Từ cuối thế kỷ XVI đến trước năm 1645) có hai sự kiện chính: năm 1567, Minh Mục Tông xuống lệnh cho phép thường dân được xuất dương buôn bán sau gần 200 năm duy trì lệnh cấm “Thốn bản bất hạ hải” (ban hành năm 1370) của Minh Thái Tổ; sự kiện thứ hai là năm 1600, Nguyễn Hoàng về lại Thuận - Quảng, bắt đầu thực hiện ý đồ ly khai, cát cứ. Cửa đã mở từ Trung Quốc để người Hoa có thể ra đi hợp pháp.
Những chính sách mở của của Nguyễn Phúc Nguyên đã tạo điều kiện cho các cảng biển ở Thuận Quảng mở cửa đón người Hoa đến vì chúa Nguyễn đang cố gắng phát triển ngoại thương để thoả mãn các nhu cầu của Đàng Trong. Nhiều thương thuyền Trung Hoa đã đến buôn bán với Thuận Quảng, nhiều người trong số họ đã ở lại Đàng Trong làm ăn lâu dài, nhất là ở hai trung tâm Hội An và Thuận Hoá. Thuận An nhanh chóng trở thành một trung tâm trao đổi buôn bán lớn ở Đàng Trong lúc bấy giờ, trong đó những người Hoa có những đóng góp quan trọng.
Giai đoạn II (Từ 1645 đến 1678): Từ 1645, khi Mãn Thanh chiếm được Trung Hoa và thiết lập chế độ cai trị đến năm 1678, khi nhà Thanh hạ lệnh “Thiên giới”, buộc dân
duyên hải phải dời vào nội địa và cấm giao thông hải ngoại. Sự kiện đáng lưu ý trong thời gian này là tháng 8 năm 1645, triều đình Mãn Thanh ra lệnh “chi phát nghiêm
chỉnh”, bắt dân cắt tóc và theo tục người Thanh bím tóc đuôi sam, đồng thời thi hành các
chính sách cai trị độc đoán, hà khắc. Nhiều người Hoa xem lệnh cắt tóc là xúc phạm văn hoá, đồng thời bất mãn với chế độ cai trị Mãn Thanh đã rời bỏ đất nước ra đi, tìm đất sống ở các nơi khác, trong đó có Đàng Trong. Tiêu biểu cho nhóm dân di cư lần này là trường hợp của Mạc Cửu và Trịnh Hội.
Giai đoạn III: (Từ 1678 đến trước năm 1685): Bối cảnh của giai đoạn này là cuộc kháng chiến “Phản Thanh phục Minh” của Trịnh Thành Công ở Đài Loan và “Loạn
Tam Phiên”. Do Mãn Thanh cấm dân duyên hải ra biển nhằm cô lập, cấm vận quân
kháng chiến ở Đài Loan nên Trịnh Thành Công phải đưa các thương thuyền đến nhiều nước ở Đông Nam Á, trong đó có Đàng Trong để mua lương thực, khí tài. Một số người Hoa trong họ đã ở lại Đàng Trong. Đến khi phong trào kháng chiến ở Đài Loan tan vỡ (1683), các di thần nhà Minh đã kéo nhau ra đi, đến Đàng Trong định cư lâu dài. Tiêu biểu là đoàn người 3000 binh lính với trên 50 chiến thuyền của Trần Thượng Xuyên, Dương Ngạn Địch.
Giai đoạn IV (Từ 1685 trở đi): Sự kiện đáng lưu ý là năm 1685, Thanh Thánh Tổ đã ban hành “Triển hải lệnh” cho phép nhân dân được vượt biển đi các nước buôn bán. Đông đảo người Hoa đã đến định cư ở Đàng Trong trong giai đoạn này. Họ chủ yếu là dân thường, di cưu vì sinh kế và các lý do khác. Nhân vật chính của di dân Trung Hoa đến Đàng Trong trong giai đoạn này không phải là nạn dân hay di thần nhà Minh nữa. Mà là những người được tự do đi buôn bán làm ăn, họ đã chọn Đàng Trong bởi ở đó đã có những có người Hoa tới sinh sống trước đó và đã phát triển ổn định, xây dựng nên những khu vực sinh sống riêng của họ. Trong các giai đoạn trên thì giai đoạn thứ ba có ý nghĩa quan trọng với cuộc di cư lớn của những tướng cũ nhà Minh và bộ hạ của mình. Thành phần người Hoa đến Đàng Trong ở các giai đoạn có sự khác biệt khá rõ rệt: ở giai đoạn đầu chủ yếu là thương nhân; giai đoạn thứ hai chủ yếu là nạn nhân của chế độ cai trị của chế độ phong kiến Mãn Thanh và và hậu quả của các cuộc chiến tranh gây ra, trong đó có thể có một số ít thương nhân và các sĩ phu; giai đoạn thứ ba chủ yếu là di thần nhà Minh, trong đó đông đảo là binh lính; giai đoạn cuối thành phần đa dạng hơn
bao gồm cả thương gia, trí thức Nho giáo, các nhà sư… Đại đa số người Hoa đã đến Đàng Trong bằng đường biển, điều đó có nghĩa là đa số trong họ là những cư dân ở các vùng duyên hải phía nam Trung Quốc. Họ là những người có hiểu biết về biển, giỏi về giao thương trên biển, về kỹ thuật đóng thuyền, kỹ thuật thuỷ chiến, có kinh nghiệm trong việc giao lưu tiếp xúc, giao nhận, kiểm kê hàng hoá ở các cảng biển… Các chúa Nguyễn đã chú ý khai thác các khả năng đó của họ, đã sử dụng họ vào nhiều công việc khác nhau, phục vụ đắc lực cho bộ máy chính quyền ở Đàng Trong.
Sau khi Nguyễn Hoàng vào trấn thủ Thuận Hóa, ông đã cho lập dinh trấn Thanh Chiêm, đặt trên bờ sông Thu Bồn cách Hội An về phía Tây khoảng 9km. Với việc đặt dinh trấn tại Thanh Chiêm đã góp phần tạo điều kiện thuận lợi cho Hội An sớm trở thành một trung tâm kinh tế, một cửa ngõ giao thương quan trọng của xứ Quảng Nam. Nhưng người có vai trò quan trọng trong việc phát triển Hội An thành một thương cảng lớn và quan trọng của Đàng Trong là Nguyễn Phúc Nguyên. Nguyễn Phúc Nguyên đã thực hiện một loạt chính sách mở cửa để đẩy nhanh tốc độ phát triển kinh tế không chỉ cho riêng Hội An mà cho cả vùng, với ý đồ xây dựng được một tiềm lực kinh tế, quân sự đủ sức đương đầu với họ Trịnh ở Đàng Ngoài, trong trường hợp bị tấn công. Nhờ đó mà trong các thế kỉ XVI-XVII thương cảng Hội An đã trở thành một trong những thương cảng lớn và quan trọng bậc nhất ở Đàng Trong. Việc buôn bán, hoạt động mậu dịch buôn bán với thương nhân nước ngoài phát triển mạnh mẽ, sầm uất, lôi cuốn được nhiều thương nhân Bồ Đào Nha, Anh, Pháp thường xuyên tới trao đổi buôn bán. Sự phát triển của Hội An lúc bấy giờ đã được Cristoporo Borri mô tả trong cuốn Xứ Đàng Trong năm 1621 như sau: “Thành phố này gọi là Faifo, một thành phố lớn đến độ người ta có thể nói là hai
thành phố, một phố người Tàu và một phố người Nhật. Mỗi phố có khu vực riêng, có quan cai trị riêng và sống theo phong tục riêng. Người Tàu có luật lệ và phong tục của người Tàu và người Nhật cũng vậy” [2, tr.92].
Nhưng kể từ khi chính phủ Nhật ban hành lệnh cấm xuất ngoại (1636), đã làm cho quan hệ buôn bán của người Nhật với Hội An sa sút nhanh chóng. Đồng thời lúc đó những người Hoa di cư đến đây ngày một đông, nhất là sau sự kiện nhà Minh sụp đổ (1664), thì những làn sóng di cư của người Hoa xuống Đông Nam Á ngày một lớn. Hội An lúc bấy giờ đang là một trong những trung tâm buôn bán lớn đã có sức hút lớn đối với những người Hoa này.
Với những người có nhiều kinh nghiệm trong buôn bán đã giúp những người Hoa nhanh chóng khẳng định được vị trí và chổ đứng của mình. Họ được chúa Nguyễn cho thoải mái trong việc thuê nhà ở, xây dựng kho bãi, chọn địa điểm lập phố để cư trú. Chính quyền Đàng Trong còn sử dụng những người Hoa trong các công việc như phiên dịch, cân đong, tính thuế hàng hóa nhập khẩu. Đó chính là điều kiện cho sự ra đời của Minh Hương ở Hội An vào khoảng giữa thế kỉ XVII.
Xã Minh Hương là một trong 6 xã hợp thành cảng thị Hội An thời ấy (Minh Hương, Hội An, Cổ Trai, Đông An, Diêm Hộ, Hoa Phố). Người Hoa ở đây đều không nhất thiết tập trung ở xã Minh Hương, bởi họ chiếm một số lượng rất đông. Họ cư trú ở những địa điểm thuận lợi nhất cho việc kinh doanh, buôn bán. Họ không chỉ tập trung ở Hội An, mà còn có mặt ở các thị tứ, chợ đầu mối, bến thuyền lớn khắp các nơi trong xứ Quảng.
Theo Piere Poivre một thương nhân phương Tây nhiều lần đến Hội An, thì vào thời phồn thịnh nhất của thương cảng này giữa thế kỉ XVIII, số người Hoa ở đây đạt con số kỷ lục 6000 người. Họ là những lái buôn lớn nhất. Họ lấy vợ người địa phương và đóng thuế nhiều nhất cho họ Nguyễn”. Qua đó có thể thấy được vai trò quan trọng của người Hoa trong việc phát triển thương cảng Hội An như thế nào, góp công lớn vào sự phát triển phồn thịnh của các thương cảng ở Đàng Trong trên vùng đất mới.
Một làn sóng di cư lớn thứ hai của người Hoa là sự kiện xảy ra năm Kỷ Mùi (1679), khi các tướng cũ của nhà Minh là Dương Ngạn Địch và phó tướng Hoàng Tiến, Trần Thượng Xuyên và phó tướng Trần An Bình đã đem hơn 3000 quân và hơn 50 chiến thuyền đậu dọc bờ biển từ cửa Tư Hiền đến Đà Nẵng để xin thần phục chúa Nguyễn. Sau khi bàn bạc, cân nhắc thiệt hơn, chúa Nguyễn Phước Hiền đã ban quan tước cho họ và sai người đem thư đến trao cho vua Chân Lạp, yêu cầu chia, cấp đất đai cho họ để họ khai khẩn làm ăn. Sự kiện này cũng cho thấy sự ảnh hưởng của chính quyền chúa Nguyễn trên lãnh thổ của Chân Lạp đã được tiến xa như thế nào. Như vậy trên danh nghĩa họ Dương, họ Trần đã nhận quan tước và nhiệm vụ của chúa Nguyễn và khai phá ở vùng đất Đồng Nai - Gia Định chứ không phải đơn thuần chỉ là những cư dân tị nạn nữa.