Đồng Nai – Gia Định là vùng đất cuối cùng mà chính quyền chúa Nguyễn ở Đàng Trong tiến hành lấn chiếm, sáp nhập vào lãnh thổ của mình. Quá trình lấn chiếm vùng đất nhiều sông nước này không giống như quá trình chiếm đất của Champa.
Các hoạt động quân sự diễn ra ít hơn, thay vào đó là những quan hệ ngoại giao thân thiện với Chân Lạp. Nhà nước can thiệp để chính quyền Chân Lạp cho phép lưu dân người Việt được tới sinh sống và khai khẩn trên vùng đất hoang vu mà Chân Lạp vẫn chưa thực sự kiểm soát được. Khi những lưu dân của mình đã từng bước có được cuộc sống ổn định, cư trú thành những vùng đông đúc, chúa Nguyễn mới tiến hành can thiệp vào chính quyền Chân Lạp để có thể cai quản, bảo vệ cho cư dân của mình, rồi từng
bước hợp thức hóa các vùng đất mà cư dân của mình đã tới sinh sống vào lãnh thổ Đàng Trong. Các cuộc chiến tranh vẫn diễn ra những chủ yếu là để duy trì và bảo vệ an ninh của cư dân trên vùng đất này, và những tranh chấp tranh giành ảnh hưởng giữa chính quyền chúa Nguyễn và những tham vọng của nước Xiêm La.
Qua những tài liệu sử học, công trình nghiên cứu về vùng đất Nam Bộ, có thể nhận thấy rằng, đến trước thế kỉ XVI vùng đất phía Nam vẫn còn rất ít dân cư sinh sống. Những lưu dân người Việt không phải là những cư dân đầu tiên tới sinh sống ở vùng đất này, nhưng chính họ là những người đầu tiên mang lại bộ mặt mới cho vùng đất mà nơi thấp trũng nhiều hơn chỗ cao này. Kể từ khi lưu dân người Việt tới sinh sống thì vùng đất nơi là nơi sinh sống của một số dân tộc ít người, trong đó có những người Khmer là chủ yếu. Với những tài liệu khảo cổ học thì vào những thế kỉ đầu công nguyên thì vùng đất này đã có cư dân tới sinh sống và phát triển thành một trung tâm kinh tế lớn của Đông Nam Á trong khoảng 6 thế kỉ đầu công nguyên. Đó chính là những cư dân Nam Đảo. Họ tới sinh sống và lập nên một quốc gia hùng mạnh trong 6 thế kỉ đầu - vương quốc cổ Phù Nam. Một vương quốc mà bao gồm một phần lãnh thổ của Campuchia ngày này và vùng Tứ giác Long Xuyên, vùng U Minh Thượng (Việt Nam)….và sáng tạo nên nền văn minh Óc Eo – Ba Thê. Trong những thế kỉ đầu công nguyên, Óc Eo trở thành một trung tâm kinh tế buôn bán sầm uất nhất của Đông Nam Á lúc bấy giờ. Vương quốc cổ Phù Nam trở thành một trong những quốc gia lớn mạnh nhất lúc bấy giờ. Những cư dân của nền văn hóa Óc Eo vẫn chủ yếu sinh sống bằng nghề trồng trọt, trồng lúa nước. Trong đó có cả phát triển buôn bán, đời sống gắn với kinh tế biển.
Trong giai đoạn phát triển thịnh vượng, chúng ta cũng chưa thể biết phạm vi và quy mô khai thác vùng đất Nam Bộ của những cư dân văn hoá Óc Eo tới đâu nhưng với những tài liệu khảo cổ học có thể biết được những cư dân của văn hóa Óc Eo đã tới sinh sống tận vùng Đồng Tháp Mười, mặc dù dân cư vẫn còn thưa thớt ở vùng Đồng Bằng sông Cửu Long. Họ sống chủ yếu vẫn bằng trồng trọt, sản xuất nông nghiệp, nhưng rất thạo những nghề thủ công.
Kể từ sau khi vương quốc Phù Nam bị sụp đổ bởi những cuộc tấn công của những người Khmer nước Chân Lạp vào thế kỷ VI cho đến thế kỷ XVI, người Khmer là cư dân chủ yếu ở miền Tây và một phần miền Đông lan tới lưu vực sông Bên Nghé (nay là sông Sài Gòn). Họ sống rải rác trên các giồng đất cao. Nhưng những người Khmer chỉ dừng lại ở đó mà không tiến sâu xuống phương Nam. Cho đến khi Chân Lạp bị phân chia thành
Lục Chân Lạp và Thủy Chân Lạp thì vùng đất Thủy Chân Lạp ở phía Nam vẫn còn rất hoang vu, dân cư thưa thớt, trong đó có những vùng đất chưa có dấu chân của con người. Còn ở lưu vực sông Đồng Nai thì có một số dân tộc ít người sinh sống trên vùng đồi núi. Chắc chắn là lớp cư dân thứ hai này tiếp tục khai phá đất đai để làm ăn sinh sống.
Nhưng chúng ta vẫn chưa thể biết rõ họ khai thác và sinh sống như thế nào, nhưng có lẽ cuộc sống của họ vẫn gắn liền với trồng trọt và sinh sống ở những nơi có nhiều điều kiện thuận lợi. Tuy nhiên có thể khẳng định một điều là do số lượng cư dân ít ỏi cùng với trình độ kỹ thuật thấp kém, nên kết quả mở mang khai phá đất đai của họ còn rất hạn chế, nhất là đối với những vùng trũng thấp, sình lầy. Cũng như lớp cư dân đầu tiên, trong lớp cư dân thứ hai này, cá biệt có thể đã có người khai phá, những khu đất trũng để trồng lúa nước hoặc lên liếp lập vườn trồng cây ăn quả, nhưng số này không nhiều. Họ cũng khai thác các nguồn lợi về rừng núi, sông hồ, làm nghề săn bắn, đánh cá và hái lượm. Qua những ghi chép của Châu Đạt Quan về Chân Lạp chúng ta cũng có thể nhận thấy được phần nào về quang cảnh của vùng đất đồng bằng sông Cửu Long trong khoảng thời gian này.
Nhưng bước sang thế kỉ XVII, bộ mặt của vùng Nam Bộ dần được thay đổi và khoác lên mình nó bộ mặt mới bởi sự xuất hiện của những lưu dân người Việt tới sinh sống. Những cư dân người Việt tới sinh sống, hội tụ trên vùng đất mới này thuộc nhiều thành phần khác nhau trong xã hội Đại Việt lúc bấy giờ. Trong số những lưu người Việt di cư hồi tụ tập về đây, thành phần chủ yếu chính là những người nông dân và thợ thủ công nghèo khổ ở các tỉnh phía ngoài (vùng Quảng Bình, Quảng Trị, Nghệ An - nơi chiến sự giữa Đàng Trong và Đàng Ngoài thường xuyên diễn ra), đời sống bị cùng cực, điêu đứng vì tai họa chiến tranh, vì bị giai cấp phong kiến áp bức bóc lột tàn bạo, không thể sống nổi, buộc lòng họ phải rời bỏ quê hương làng xóm của mình. Những người nghèo khổ này rời bỏ quê hương họ đi một mình hoặc đem theo cả vợ con, hoặc cùng với bạn bè, làng xóm láng giềng di cư vào các vùng đất mới xa xôi để tìm con đường sống.
Lịch sử đã cho chúng ta biết rằng kể từ thế kỷ XVI trên đất nước Việt Nam đã diễn ra một cuộc tranh chấp quyết liệt giữa hai tập đoàn phong kiến họ Trịnh ở Đàng Ngoài và họ Nguyễn ở Đàng Trong. Cuộc giao tranh này đã kéo dài suốt 175 năm trời, trong đó có 45 năm (1627 – 1672) đã diễn ra liên tiếp 7 trận đánh lớn. Để phục vụ cho những nhu cầu của cuộc chiến tranh giành giật này, các tập đoàn phong kiến Trịnh – Nguyễn đã thi nhau vơ vét cùng kiệt nhân tài, vật lực của dân chúng, gây nên cảnh đói khổ lầm than phổ biến
khắp nơi. Và trong những lần chúa Nguyễn đánh ra Đàng Ngoài, sau khi rút về đã bắt theo những người dân nghèo nơi đó di cư vào Nam. Trong đó có cả việc bắt lính trong nhân dân phục vụ cho mục đích chiến tranh.
Để có được một lực lượng quân sự hùng hậu đủ sức chống chọi với đối phương, các tập đoàn phong kiến họ Nguyễn cũng như họ Trịnh đã tiến hành việc bắt lính một cách ráo riết và tràn lan, và việc bắt lính vì thế trở thành một tai nạn chung cho mọi người, nhất là những người nông dân và thợ thủ công nghèo khổ, không có thế lực và điều kiện để trốn tránh. Theo lời kể của Thích Đại Sán một nhà sư người Quảng Đông – Trung Quốc đã đến Thuận Hóa, thì “cứ mỗi năm vào khoảng tháng 3, tháng 4, quân nhân ra
các làng bắt dân 16 tuổi trở lên, thể chất cường tráng, xiềng cổ bằng một cái gông tre….đem về sung quân, cho học một nghề chuyên môn, học thành nghề rồi phân bắt vào đội chiến thuyền để luyện tập, lúc hữu sự ra trận để đánh giặc, vô sự bắt làm công dịch trong quan phủ, chưa được 60 tuổi, chưa cho về làng, vì thế dân còn lại đều ốm yếu, tàn tật, ít có người tráng kiện”, và “dân trong nước, một lúc đã biên tên vào sổ lính, trọn năm phải phục dịch cửa quan, chẳng được về làng, thăm viếng vợ con cha mẹ” [21,
tr.43]. Pierre Poivre một thương nhân đã đến đất Thuận Hóa vào đầu thế kỷ XVIII cũng có nhận xét tương tự: “Nhà vua hiện nay chỉ có binh lính bằng cách sử dụng bạo lực” [16, tr.13].
Cùng với đó là chế độ thuế khóa nặng nề, sự nhũng nhiểu của quan lại đã gây ra cho nhân dân nhiều khổ cực trong cuộc sống.
Năm 1672, cuộc chiến tranh Trịnh – Nguyễn kết thúc mà không phân được thắng bại. Hai bên đã thỏa thuận lấy con sông Gianh làm giới tuyến chia cắt đất nước làm hai miền: Đàng Trong và Đàng Ngoài. Chính quyền của Chúa Nguyễn ở Đàng Trong đã ra sức xây dựng và củng cố chính quyền của mình, đồng thời tiến hành cuộc Nam tiến mở rộng lãnh thổ về phía Nam, từng bước xâm chiếm và sáp nhập vùng đất của nước Champa và Thủy Chân Lạp vào lãnh thổ của Đàng Trong.
Trên những vùng đất mới ở phía nam lúc bấy giờ, sự có mặt của người Việt đến sinh sống lập nghiệp ngày một nhiều. Những lưu dân đó thuộc nhiều thành phần khác nhau và di cư vào vùng đất mới theo nhiều cách khác nhau. Đó là những người nông dân nghèo khổ, bỏ vùng đất cũ, tự phát di cư tới những vùng đất hoang vắng khai hoang, sinh sống. Họ rời bỏ mảnh đất quê hương một phần do những chính sách cai trị của chính
quyền chúa Nguyễn, đời sống của họ nghèo khổ, họ đã bỏ trốn vào vùng đất ở phía nam để làm ăn.
Tình trạng này đã được Nguyễn Cư Trinh phản ánh trong bức thư dâng lên chúa Nguyễn Phúc Khoát năm 1751, nói về tình hình đói khổ của dân chúng Quãng Ngãi, mà cũng là tình trạng chung của các Thuận Quảng và xứ Đàng Trong: “Dân Quảng Nghĩa
chịu thống thuộc nhiều nơi, đã chịu lệnh của nha trường sai dư, lại chịu lệnh của nha trường điền tô, lại chịu lệnh các nha biệt tải, biệt nạp, lại chịu lệnh của các nha sai viên, vi tử, lại chịu lệnh các nha sai viên đầu nguồn, lại chịu lệnh bản phủ, lại chịu lệnh quan lại nha môn, lại chịu lệnh các sai nhân, lại chịu lệnh người đi săn ngang dọc, há chẳng phải 10 con trâu đến 9 người chăn? Nghèo khổ, thất nghiệp thật là đáng thương” [16,
tr.20].
Những người Việt di cư vào phía nam chủ yếu là tự phát, họ thường đi lẻ tẻ, từng người một hoặc có khi mang cả gia đình, dòng họ cùng di cư. Phần lớn những người dân xiêu tán đó tiến vào vùng đất phương Nam theo hai con đường là đường biển và đường bộ, trong đó thì theo đường biển là chủ yếu. Trong Hải ngoại ký sự, nhà sư Thích Đại Sán đã viết: “…Đất nước Đại Việt chỉ là một dải núi dọc theo mé biển, các đô ấp đều tựa
núi quay mặt ra biển, núi cao sông hiểm, cây rừng rậm rạp, nhiều tê tượng hùm beo, các phủ không có đường lối thông nhau, mỗi phủ đều do một cửa biển đi vào; muốn đi từ phủ này qua phủ khác tất do đường biển, thuyền đi biển khó đi gần bờ vì gặp sóng lớn; gặp gió xuôi đi chừng một ngày, nếu ngược không chừng mười ngày, nữa tháng mới có thể thông từ cửa này qua cửa khác…Núi cao nắng gắt, trèo qua rất khó, nên đi thuyền theo đường biển tiện hơn” [21, tr23]. Điều đó đã lý giải cho chúng ta thấy, trong buổi
đầu, những lưu dân di cư vào sinh sống trên vùng đất Nam Bộ chủ yếu đi lại bằng thuyền, họ đi theo từng nhóm nhỏ. Bộ phận đi bằng đường bộ rất hạn chế.
Họ men theo đường biển bằng những ghe thuyền nhỏ, họ đặt chân đến vùng đất mới với biết bao ngỡ ngàng, sự hoang vắng dân cư ở vùng đất mà chổ trũng nhiều hơn chổ khô ráo. Nhưng thuận lợi đối với họ là họ có thể tự do khai phá, mở rộng đất đai để sản suất, sinh sống mà không gặp phải sự hăm dọa, chiếm đoạt nào. Người dân lưu tán khi đến một vùng nào đó tự tiện lựa chọn nơi ở, lựa chọn khu vực đất đai để khai phá với số lượng nhiều ít tùy theo khả năng của bản thân và gia đình. Bởi vì lúc bấy giờ nơi đây còn ở trong tình trạng đất rộng người thưa, mà đất đai hầu hết đều chưa được khai phá, cho nên ai có sức bao nhiều thì khẩn khoang bấy nhiêu, không bị ngăn trở hoặc hạn chế gì.
Theo ghi chép của Trịnh Hoài Đức thì dân chúng tới đây được tự do chọn địa điểm cư trú, sinh sống. Họ muốn khai hoang, sản xuất chổ nào cũng được, mà không bị chính quyền can thiệp hay ngăn cấm. Chính quyền chúa Nguyễn cũng không can thiệp vào công việc khẩn hoang của người dân mà để cho họ được tự do thoải mái trong việc chọn đất sinh sống.
Không những vậy, chính quyền chúa Nguyễn còn thực hiện nhiều chính sách nhằm bảo vệ cho việc khai phá vùng đất mới của những lưu dân. Đặt chân vào vùng đất mới mà hầu khắp là rừng hoang cỏ rậm, kênh rạch chằng chịt, những người lưu dân đi khai phá thời kỳ này thường chọn những khu đất cao ráo, tương đối dễ làm, có đủ nước ngọt dùng cho người, gia súc và cây trồng để khai phá trước. Những khu đất này lúc ban đầu thường nằm lọt vào giữa một vùng rộng chưa được khai phá. Những khu đất được khai phá đầu tiên ấy sẽ được mở rộng dần và càng về sau khoảng cách giữa chúng càng thu hẹp để rồi đến một lúc nào đó nối liền lại với nhau thành một cánh đồng liền khoảng. Trong quá trình khẩn hoang vùng đất Biên Hòa, Gia Định, những lưu dân người Việt chủ yếu dùng trâu cày cấy trên các vùng ruộng thấp. Ở những vùng thấp hơn như Hà Tiên, Vĩnh Thanh, dân cư tiến hành phát quang các khóm cỏ lác, cào cỏ đắp thành bờ để gieo lúa. Họ củng tiến hành đào các hệ thống kênh mương để dẫn nước vào ruộng. Đối với vùng đất có nhiều chổ trũng, chổ cao này, hệ thống kênh mương có ý nghĩa quan trọng đối với hoạt động sản xuất nông nghiệp. Trong buổi đầu, hoạt động sản xuất của người dân còn phân tán, dân cư thưa thớt nên hệ thống kênh mương có ý nghĩa quan trọng đối với các hoạt động sản xuất nông nghiệp. Ở nơi đất cao như vùng đất từ Bà Rịa đến Thủ
Dầu Một, trong khoảng cuối thế kỷ XVIII rất phổ biến việc lập ruộng dọc các con suối. Trong các thế kỷ XVII, XVIII chính quyền họ Nguyễn đã cho đào một số kênh như Bảo Định (1765), kênh Thương Mãi vào năm 1785 nối liền sông Vàm Cỏ Tây với sông Tiền
[22, tr.137]. Nhưng tác dụng của các con kênh này về mặt thủy lợi đối với hoạt động sản xuất củng rất hạn chế.
Về quy mô khẩn hoang của những lưu dân thời kỳ này, chủ yếu khai khẩn theo quy mô nhỏ theo từng nhóm người, gia đình hay dòng họ. Đó là những người nông dân nghèo khổ. Nhóm người này do bị thiếu thốn đủ mọi thứ như lương thực, vốn liếng, nông cụ, trâu bò… cho nên họ chỉ có thể khai phá trên những diện tích không lớn lắm. Lẽ dĩ nhiên vì không có khả năng thâm canh và vì đất hoang còn nhiều, nên những người này thường tận lực khai phá để có được một diện tích canh tác tương đối nào đó, lấy quảng canh thay
thế cho thâm canh. Chủ yếu là tận dụng những mảnh đất thuận lợi cho sản xuất trồng lúa nước, không phải tốn nhiều công sức trong khai phá. Thực tiễn khai phá giúp người dân lưu tán nhận thức ra rằng bước đầu canh tác trên diện tích càng rộng càng tốt, vì mặt đất