Vùng đất Thuận Hóa, là nơi khởi nghiệp của các chúa Nguyễn, nơi chúa Tiên Nguyễn Hoàng đã bắt đầu gây dựng cơ đồ cho họ Nguyễn sau này. Những công lao đầu tiên thuộc về Nguyễn Hoàng. Năm 1558, Nguyễn Hoàng được cử vào làm trấn thủ Thuận Hóa.Thuận Hóa lúc bấy giờ là vùng đất mới mở mang nhưng dân cư vẫn còn ít và chưa đáp ứng được nhu cầu khai khẩn, một nhu cầu bức thiết và quan trọng nhất của chúa Nguyễn lúc bấy giờ. Thuận Hóa vẫn còn trong cảnh hoang vu, chưa được khai thác nhiều, đời sống dân cư còn nhiều khó khăn. Hơn nữa lúc bấy giờ đây lại đang là nơi mà những dư đảng của nhà Mạc vẫn còn hoạt động và thường xuyên quấy phá nhân dân, chống lại chính quyền của vua Lê. Thuận Hóa là một vùng quan trọng ở phía Nam, lại có nhiều tài nguyên, điều kiện thuận lợi cho phát triển kinh tế nhưng yếu tố về con người còn hạn chế. Trước những lời cầu xin của Nguyễn Hoàng, Trịnh Kiểm đã xin vua Lê cho Nguyễn Hoàng được vào trấn thủ Thuận Hóa với mục đích có thể lợi dụng những dư đảng họ Mạc để dẹp bỏ được ông. “Thuận Hóa là nơi quan trọng, quân và của do đấy
mà ra, buổi quốc sơ nhờ đấy mà nên nghiệp lớn. Nay lòng dân hãy còn giáo giở, nhiều kẻ vượt biển theo họ Mạc, sợ có kẻ dẫn giặc về cướp, ví không được tướng tài trấn thủ vỗ yên thì không thể xong. Đoan quận công là con nhà tướng, có tài trí mưu lược, có thể sai đi trấn chỗ ấy, để cùng với tướng trấn thủ Quảng Nam cùng nhau giúp sức thì mới để lo đến miền Nam” [2, tr.92]. Lê Quý Đôn cũng ghi lại sự kiện này trong Phủ biên tạp lục như sau:
“Anh Tông, năm Chính trị thứ 1 (1558), Mậu Ngọ, Thế Tổ Thái vương (Trịnh Kiểm) sai
Đoan quận công Nguyễn Hoàng đem quân bản dinh đi trấn thủ Thuận Hóa để phòng giữ giặc phía đông, cùng với trấn thủ Quảng Nam Trấn quốc công (Bùi Tá Hán) cứu giúp lẫn nhau, việc địa phương không cứ lớn nhỏ, quân dân thuế khóa đều giao cho cả. Họ Nguyễn có đất Thuận Hóa từ đấy” [8, tr.47].
Nhờ đó mà Nguyễn Hoàng được vào Nam làm trấn thủ vùng Thuận Hóa. Không lâu sau đó ông được kiêm luôn chức trấn thủ Quảng Nam (1570). Sự kiện này cũng được Lê Quý Đôn chép lại trong Phủ biên tạp lục như sau: “Năm thứ 11(1568), Mậu Thìn, Trấn
Quýnh lên thay. Năm thứ 13, triệu Bá Quýnh về, sai Đoan quận công kiêm hành chức thống suất tổng trấn tướng quân hai xứ Thuận Quảng, cầm binh voi và thuyền để trấn thủ dân địa phương. Họ Nguyễn gồm có hai xứ tự bấy giờ”[ 9, tr.49-50]. Vùng Thuận
Hóa lúc bấy giờ gồm có hai phủ là phủ Tân Bình và phủ Triệu Phong. Phủ Tân Bình có 3 huyện là Khang Lộc, Lệ Thủy, Minh Linh và 1 châu Bố Chính. Phủ Triệu Phong gồm có 6 huyện: Vũ Xương, Hải Lăng, Quảng Điền, Hương Trà, Phú Vang, Điện Bàn và 2 châu Thuận Bình và Sa Bồn. Còn đạo Quảng Nam gồm có 3 phủ là Thăng Hoa, Tư nghĩa và Hoài Nhân. Phủ Thăng Hoa có 3 huyện: Lê Giang, Hà Đông, Hy Giang. Phủ Tư Nghĩa gồm các huyện Bình Sơn, Mộ Hoa, Nghĩa Giang. Phủ Hoài Nhân có 3 huyện là Bồng Sơn, Phù Ly, Tuy Viễn.
Sau khi được cử vào Nam giữ chức trấn thủ Thuận Hóa, Nguyễn Hoàng đã chọn Sa Khư ở làng Ái Tử thuộc huyện Võ Xương để đóng dinh. Sau khi được kiêm luôn chức trấn thủ Quảng Nam, Nguyễn Hoàng đã cho lập Dinh Trấn mới tại xã Cần Húc huyện Duy Xuyên (tức thôn Thanh Chiêm, huyện Điện Bàn ngày nay). Đây là vùng đất giàu tài nguyên và có vị trí quan trọng đối với chính quyền chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Sau đó khoảng 3 năm, ông đã cho tách huyện Điện Bàn ra khỏi trấn Thuận Hóa, chia làm 5 huyện: Tân Phước, An Nông, Hòa Vang, Diên Khánh và Phủ Châu thuộc dinh Quảng Nam. Ông cũng cho đổi phủ Hoài Nhân thành phủ Quy Nhơn trực thuộc dinh Quảng Nam. Về sau ông đã giao cho hoàng tử thứ sáu của mình là Nguyễn Phúc Nguyên làm trấn thủ Quảng Nam. Về sự kiện này Giáo sư Phan Khoang đã ghi như sau: “…Sau khi ở
Đông Đô về (1600), Đoan quận công dời Dinh sang phía Đông dinh Ái Tử trước kia, bấy giờ gọi là Dinh Cát, rồi nhận thấy trấn Quảng Nam đất tốt, dân đông, sản vật giàu có, số thuế thu vào nhiều hơn đất Thuận Hóa mà số quân thì cũng bằng quá nữa, nên có ý kinh doanh đất này. Hoằng định năm thứ III (1602), chúa đi chơi núi Hải Vân, thấy núi non hiểm trở, phán rằng: Chổ này là đất yết hầu của miền Thuận Quảng. Chúa lại vượt qua núi xem hình thế sai lập dinh ở xã Cần Húc, xây kho tàng, chứa lương thực, rồi sai Công tử thứ sáu là Nguyễn Phước Nguyên trấn giữ” [13, tr.161].
Như vậy, Nguyễn Hoàng đã nhận thấy được tầm quan trọng và những ưu thế của vùng đất này. Đó có lẽ là thứ mà trong buổi đầu gây dựng cơ nghiệp chúa Tiên Nguyễn Hoàng cần nhất. Thứ nhất đây là nơi có đủ tài nguyên, vật lực để có thể chặn đứng được các cuộc tấn công của họ Trịnh ở phía Bắc xuống, hơn nữa đây vừa là nơi có thể tạo bàn đạp cho cuộc Nam tiến mở rộng lãnh thổ xuống phía Nam.
Và sự phát triển của Quảng Nam và dinh trấn Thanh Chiêm sau này đã cho thấy tầm nhìn xa trông rộng của Nguyễn Hoàng. Và có lẽ ngay ban đầu khi vào Nam lập nghiệp Nguyễn Hoàng chưa có ý định xây dựng cho mình một giang sơn riêng chống lại vua Lê và họ Trịnh ở Đàng Ngoài. Ông vẫn tôn phò vua Lê và giữ cống nạp thuế khóa, sản vật hàng năm. Mãi cho tới khi họ Trịnh vẫn muốn đuổi cùng giết tận, ông mới có ý đồ xây dựng một giang sơn riêng để chống lại họ Trịnh. Tâm nguyện của ông đã được truyền lại cho Công tử thứ 6 là Nguyễn Phước Nguyên. Nguyễn Phước Nguyên đã không phụ lòng tin của cha, thực hiện trọn vẹn những gì mà chúa Tiên Nguyễn Hoàng trông đợi và ủy thác. Cũng từ đó là Dinh trấn Quảng Nam đóng một vai trò quan trọng, là bàn đạp cho cuộc Nam tiến của Đàng Trong quảng thời gian sau đó.
Một trong những vấn đề quan trọng mà các chúa Nguyễn thực hiện ở vùng đất Thuận Quảng là thiết lập hệ thống chính quyền, và thực hiện việc di dân tới khai phá vùng đất này. Sau khi lập Dinh trấn Quảng Nam xong, Nguyễn Hoàng đã tiến hành xây dựng, đặt tên lại các khu vực hành chính ở vùng Thuận Hóa và Quảng Nam. Trong đó các cơ quan hành chính vẫn cơ bản giữ theo cách tổ chức của nhà Lê. “…Huyện Điện Bàn vốn thuộc phủ Triệu Phong được thăng làm Phủ và cho lệ thuộc vào Quảng Nam dinh lãnh quản 5 huyện là: Tân Phước, An Nông, Hòa Vinh, Diên Khánh, Phước Châu. Huyện Lệ Giang thuộc phủ Thăng Hoa (nay là Thăng Bình) được cải tên thành huyện Lễ Dương. Huyện Hi Giang được cải tổ thành huyện Duy Xuyên…”[13, tr.70]. Đặc biệt
dưới thời chúa Sãi Nguyễn Phước Nguyên, ông đã cho cải tổ lại bộ máy chính quyền ở Đàng Trong, tất cả các cơ quan hành chính được duy trì theo nhà Lê và dưới thời chúa Tiên cũng bị xóa bỏ và được xây dựng lại theo cách của chúa Sãi. Các chức quan do triều đình vua Lê bổ nhiệm cũng bị bãi bỏ. “…Nguyên vào đời Lê, ở mỗi đạo Thừa Tuyên có
đặt 3 ty là Đô Ty, Thừa Ty, Hiến Ty. Chúa Sãi cho đổi thành 3 Ty: Xá Sai, Tướng Thần Lại và Lệnh Sử. Ở xứ Thuận Hóa, chúa cho đặt các dinh Quảng Bình, dinh Bố Chính (1630). Khu vực có dinh chúa đóng gọi là Chính dinh, dinh chúa đổi thành Phủ Chúa. Khu vực đóng trụ sở trước kia- huyện Đăng Xương, huyện Hải Lăng (Quảng Trị ngày nay) được đặt làm Cựu dinh. Còn phủ Phú Yên, gồm hai huyện Đồng Xuân và Tuy Hòa được đổi thành dinh Trấn Biên (1629). Riêng dinh Quảng Nam vẫn giữ nguyên như cũ, vẫn gồm 4 phủ và một huyện: Bốn phủ là: Điện Bàn, Thăng Hoa, Quảng Ngãi và Hoài Nhân. Hai phủ Điện Bàn và Thăng Hoa gồm 8 huyện: 5 huyện thuộc Điện Bàn phủ là:
Tân Phước, An Nông, Hòa Vang, Diên Khánh và Phú Châu. 3 huyện thuộc Thăng Hoa phủ là: Lễ Dương, Hà Đông và Duy Xuyên” [13, tr.78].
Ở Đô ty thì có chức Tổng binh, Phó tổng binh chuyên coi giữ việc binh. Ở Thừa ty có các chức Thừa chánh sứ, Thừa phó sứ coi về hộ tịch, tiền bạc, thóc, kiện tụng. Hiến ty có chức Hiến sát sứ, Hiến sát phó sứ coi giữ các việc khám xét, kiểm soát, tuần hành. Cùng với việc tổ chức bộ máy hành chính, chúa Sãi còn thực hiện nhiều cải tổ trong quân đội, tăng cường việc huấn luyện, thiết lập kỷ luật, tập luyện và trang bị vũ khí cho quân đội. “Quân đội dưới thời Thụy công gồm khoảng ba vạn. Ngoài các lực lượng bộ và thủy còn
có tượng binh. Quân đội được chia thành Dinh, Cơ, Đội, Thuyền…Cơ gồm có nhiều thuyền hoặc nhiều đội. Số thuyền hay đội không nhất định. Số lính của mỗi cơ cũng không nhất định, hoặc 260, hoặc 300 hay 500 cũng có khi lên tới 2.700” [13, tr.82].
Điều đó đã chứng tỏ dưới thời các chúa Nguyễn, quân đội được đặc biệt chú trọng, và luôn duy trì một lực lượng quân sự hùng mạnh để có thể đáp ứng cho những nhu cầu của mình. Bởi đây là lực lượng quan trọng trong việc bảo vệ chính quyền, lực lượng chống đối lại các cuộc tấn công của họ Trịnh ở Đàng Ngoài, đồng thời đây cũng là lực lượng góp phần quan trọng vào công cuộc Nam tiến của các chúa Nguyễn. Các chúa Nguyễn kế tiếp đã tiếp tục hoàn thiện bộ máy chính quyền của mình. Đến triều Chúa Nguyễn Võ Vương Nguyễn Phúc Khoát, bộ máy chính quyền ở Đàng Trong mới đạt đến đỉnh cao nhất. Chúa Nguyễn Phúc Khoát đã cho tổ chức lại hệ thống chính quyền trung ương: “Bộ Lại thay cho Nha ký lục ở Chánh dinh, Bộ Lễ thay cho Nha úy, Đô Tri gọi là
Bộ Hình, Cai Bộ Phó Đoán gọi là Bộ Hộ. Đặt thêm bộ binh và Bộ Công, Hàn Lâm Viện thay cho Văn Chức. Chánh Dinh đổi thành Đô Phú Xuân. Xưng là Thiên Vương với các thuộc quốc” [3, tr.284].
Nhưng lúc đạt đến đỉnh cao về quyền lực thì cũng là lúc chính quyền Đàng Trong bước vào giai đoạn khủng hoảng và suy yếu nhanh chóng ngay sau đó. Trong sự nghiệp xây dựng và phát triển xứ Đàng Trong của các chúa Nguyễn, Dinh trấn Thanh Chiêm đóng vai trò quan trọng trong sự nghiệp bảo vệ lãnh thổ và mở rộng về phương Nam. Dinh trấn Quảng Nam được chúa Nguyễn Hoàng thành lập vào năm 1602 ở xã Cần Húc (Điện Bàn), ít lâu sau đó đã rời sang Thanh Chiêm.
Đây được coi như là kinh đô thứ hai của chúa Nguyễn sau chính dinh ở Thuận Hóa. Đối với dinh Thanh Chiêm thì quan trấn thủ Quảng Nam được toàn quyền quyết định mọi vấn đề thuộc lãnh địa của mình. Đây cũng chính là nơi các thế tử của chúa Nguyễn
được bắt đầu các công việc chính sự trước khi nối ngôi chúa sau này. Vị quan trấn thủ đầu tiên của Quảng Nam dinh không ai khác chính là chúa Nguyễn Phước Nguyên, hoàng tử thứ 6 của chúa Nguyễn Hoàng. Trong buổi đầu dựng nghiệp của các chúa Nguyễn, dinh trấn Thanh Chiêm đã khẳng định được vai trò quan trọng của mình nhờ vào sự giàu có, trù phú của vùng đất Quảng Nam. Đây chính là nơi sản xuất nhiều lương thực nhất cho Đàng Trong.
Đây cũng chính là cơ quan đầu não, trực tiếp giao thiệp với người nước ngoài, kiểm soát hàng hóa xuất nhập khẩu. Các tàu buôn thương nhân ngoại quốc hay các tàu của các du khách, giáo sĩ ngoại quốc muốn được cập bến Đà Nẵng hay Hội An đều phải trình báo về dinh Chiêm và đợi lệnh của quan Trấn thủ. Trong thời gian làm trấn thủ Quảng Nam dinh, thế tử Nguyễn Phước Nguyên đã thường xuyên tổ chức nhiều hội chợ quốc tế hàng năm ở thị cảng Hội An, và góp công lớn vào việc phát triển Hội An trở thành một thị cảng, đô thị lớn của Đàng Trong lúc bấy giờ. Bên cạnh đó Dinh trấn Thanh Chiêm còn đóng vai trò quan trọng về quân sự. Dưới thời các chúa Nguyễn đây là một trong những căn cứ thủy quân quan trọng và hùng mạnh nhất trong số ba căn cứ thủy quân quan trọng ở Đàng Trong lúc bấy giờ là Chính dinh, Quảng Nam dinh và dinh Trấn Biên.
Cùng với việc xây dựng và củng cố bộ máy chính quyền, các chúa Nguyễn còn đẩy mạnh việc khai phá, khuyến khích dân cư tới sinh sống, lập nghiệp trên vùng đất này. Trong đó có cả những bộ phận dân cư bị chính quyền chúa Nguyễn bắt ép phải di cư vào Nam, qua những lần tấn công ra lãnh thổ Đàng Ngoài. Nguyễn Hoàng và các vị chúa Nguyễn kế nghiệp đã cố gắng ra sức xây dựng cho mình một cơ nghiệp riêng ở vùng đất mới. Thực hiện nhiều chính sách di dân, khuyến khích, vỗ về dân chúng vào khai phá, lập nghiệp trên vùng đất Thuận Quảng. Chúa Tiên Nguyễn Hoàng đã thực hiện nhiều chính sách để vỗ về an dân, thu dùng những người hào kiệt tài giỏi trong vùng, giảm nhẹ sưu thuế cho nhân dân. Nguyễn Hoàng còn tiến hành nhiều biện pháp để trấn áp, dẹp yên cướp bóc trong vùng và đánh bại được những dư đảng của nhà họ Mạc, bảo vệ cuộc sống bình yên cho nhân dân trong vùng.
Những chính sách của chúa Nguyễn Hoàng đã tạo điều kiện cho nhân dân tới sinh cư, lập nghiệp trên vùng đất này nhanh chóng có được cuộc sống ổn định, vùng Thuận Hóa nhanh chóng trở thành một địa bàn phát triển trù phú, dân cư sinh sống đông đúc. “Năm thứ 14, Tân Mùi, người xã Hành Phổ huyện Khang Lộc là Mỹ quận công mưu hại
yên. Thổ tướng Quảng Nam cướp giết lẫn nhau. Đoan quận công giết cả đi, giao cho tỳ tướng là Dũng quận công lưu thủ Quảng Nam để thu phục dân chúng…chính sự khoan hòa, việc gì cũng thường làm ơn cho dân, dùng phép công bằng, răn giữ bản hộ, cấm đoán kẻ hung dữ. Quân dân hai xứ thân yêu tín phục, cảm nhân mến đức, dời đổi phong tục, chợ không bán hai giá, người không ai trộm cướp, cửa ngoài không phải đóng, thuyền buôn ngoại quốc đều đến mua bán, đổi chác phải giá, quân lệnh nghiêm trang, ai cũng cố gắng, trong cõi đều an cư lạc nghiệp” [8, tr.50]. Sự phát triển hưng thịnh của hai
xứ Thuận Hóa - Quảng Nam từ nữa sau thế kỉ XVI tới nữa đầu thế kỉ XVII và sau này gắn liền với vai trò đặc biệt quan trọng của chúa Tiên Nguyễn Hoàng và chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên.
Những người Việt siêng năng cần cù, chịu khó trong lao động sản xuất, đã biến bộ mặt vùng Thuận Hóa – Quảng Nam thay đổi nhanh chóng. Cư dân tập trung sinh sống ngày một đông đúc, việc buôn bán trong vùng và với thương nhân nước ngoài ngày càng phát triển. Với những chính sách của các chúa Nguyễn, vùng đất Thuận Quảng đã nhanh chóng phát triển thành một vùng đất hứa với nhiều thay đổi. Cuộc sống của người dân đã từng bước thay đổi. Không chỉ phát triển sản xuất nông nghiệp, cư dân nơi đây còn phát triển nhiều ngành nghề khác nhau như đánh cá, đóng thuyền, buôn bán. Các sản phẩm địa phương trở nên giàu có và phong phú, trở thành những sản phẩm hàng hóa dùng trong việc trao đổi buôn bán với các thương nhân nước ngoài. Sự phát triển của vùng đất này được Lê Quý Đôn miêu tả cụ thể trong Phủ biên tạp lục như sau: “Châu Bắc Bố
Chính, dân ở nước làm nghề chài cá, nên quen lên thượng lưu lấy ván đóng thuyền, có phường Đáy Võng, phường Giáp Ba, phường Cương Gián, giáp Trung Hòa hạ. Ruộng đất châu Bắc Bố Chính tốt màu, một mẫu bằng bốn mẫu xứ khác là bởi xứ khác lấy đồng