Luật doanh nghiệp đã luật hóa việc dùng mã số thuế làm mã số doanh nghiệp, chuyển đổi doanh nghiệp tư nhân thành công ty TNHH, tăng cường việc bảo vệ cổ đông nhỏ (cổ đông, nhóm cổ đông sở hữu ít nhất 1% số cổ phần phổ thông liên tục trong thời hạn 06 tháng có quyền tự mình hoặc nhân danh công ty khởi kiện...). Được thể hiện rõ tại điểm 3.3 Mục 3 Phần I Thông tư số 85/2007/TT-BTC ngày 17/8/2007 của Bộ Tài Chính hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế về việc đăng ký thuế quy định: “ Người nộp thuế chỉ được cấp một mã số thuế duy nhất để sử dụng trong suốt quá trình hoạt động từ khi đăng ký thuế cho đến khi không còn tồn tại. Mã số thuế được dùng để kê khai nộp thuế cho tất cả các loại thuế mà người nộp thuế phải nộp, kể cả trường hợp người nộp thuế kinh doanh nhiều ngành nghề khác nhau hoặc hoạt động sản xuất kinh doanh tại các
địa bàn khác nhau… Riêng mã số thuế đã cấp cho người nộp thuế là chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ hộ kinh doanh hoặc một cá nhân không thay đổi trong suốt cuộc đời của cá nhân đó, kể cả trường hợp đã ngừng hoạt động kinh doanh sau đó kinh doanh trở lại”.
Căn cứ các quy định nêu trên, đối với người nộp thuế là DNTN cơ quan thuế đang thực hiện cấp một mã số thuế duy nhất để chủ DNTN kê khai, nộp thuế cho DNTN; đồng thời kê khai, nộp thuế TNCN của chủ DNTN (đối với những thu nhập khác không liên quan đến hoạt động của DNTN). Việc này dẫn đến không tách biệt được nghĩa vụ kê khai thuế TNCN của bản thân chủ DNTN với nghĩa vụ kê khai khấu trừ thuế TNCN cho người lao động thuộc doanh nghiệp khi thực hiện quyết toán thuế theo quy định của Luật thuế TNCN.
Tuy nhiên, việc được cấp một mã số thuế duy nhất nên việc chuyển đổi từ DNTN sang công ty TNHH hay chuyển đổi chủ sở hữu từ chủ DNTN này sang chủ DNTN khác (trong trường hợp bán DNTN) sẽ không được giữ nguyên mã số thuế cũ. Điều này gây khó khăn cho quá trình giao dịch của doanh nghiệp cũng như việc hợp nhất mã số đăng ký kinh doanh với mã số thuế của doanh nghiệp.
Để tháo gỡ các vướng mắc nêu trên, Bộ Tài chính hướng dẫn việc cấp mã số thuế đối với DNTN và mã số thuế TNCN của chủ DNTN theo hướng tách riêng mã số thuế của 2 đối tượng này như sau:
− Mỗi DNTN được cấp một mã số thuế duy nhất làm mã số doanh nghiệp theo tinh thần chỉ đạo tại Nghị quyết số 59/2007/NQ-CP của Chính Phủ, để sử dụng trong suốt quá trình hoạt động kinh doanh, kể cả trường hợp mua bán DNTN và chuyển đổi thành loại hình doanh nghiệp khác. DNTN sử
dụng mã số thuế này để kê khai, nộp thuế của doanh nghiệp và kê khai khấu trừ thuế TNCN đối với người lao động thuộc doanh nghiệp.
− Chủ DNTN được cấp riêng một mã số thuế TNCN để kê khai nghĩa vụ thuế của cá nhân chủ DNTN.Để không làm ảnh hưởng tới các giao dịch cũng như việc kê khai, nộp thuế của doanh nghiệp, DNTN được giữ nguyên mã số thuế đã được cấp để làm mã số thuế của doanh nghiệp. Đối với chủ DNTN, cơ quan Thuế quản lý trực tiếp DNTN căn cứ vào thông tin về chủ DNTN đã có trong dữ liệu đăng ký thuế của DNTN đã kê khai trước đây, có trách nhiệm cấp mã số thuế TNCN cho chủ DNTN để sử dụng trong việc kê khai nghĩa vụ thuế của cá nhân chủ DNTN (Chủ DNTN không phải kê khai thông tin đăng ký thuế TNCN).