- Trong điều kiện hội nhập kinh tế quốc tế, sự mở cửa thị trường phần mềm trong nước, các tập đoàn phần mềm nổi tiếng sẽ đầu tư vào Việt Nam, với ưu thế cả về sản phẩm đóng gói hoàn thiện đến trình độ quản lý, thâm niên hoạt động trong ngành, khả năng tài chính. Bên cạnh đó, các doanh nghiệp nước ngoài hoạt động trong lĩnh vực công nghiệp phần mềm có lợi thế hơn nhiều so với doanh nghiệp Việt Nam về thương hiệu, tiềm lực tài chính, sự quan tâm của công chúng... sẽ là một thách thức rất lớn với các doanh nghiệp phần mềm Việt Nam.
- Khủng hoảng kinh tế thế giới trong năm 2007, 2008 vừa qua và những ảnh hưởng nhất định của nó tới nền kinh tế Việt Nam đang là thách thức to lớn và đe doạ trực tiếp đến việc thực hiện các mục tiêu phát triển ngành công nghiệp phần mềm đến năm 2010 và 2015. Ngành công nghiệp phần mềm sẽ phải đối diện với những khó khăn toàn diện, công nghiệp nội dung có thể sẽ bị ảnh hưởng trầm trọng trong thời gian tới, việc gia công phần mềm gặp nhiều khó khăn do khách hàng không có khả năng thanh toán, sẽ ký kết được ít hợp đồng hơn, đội ngũ công nhân phần mềm sẽ ít việc làm…
- Thị trường gia công phần mềm của Việt Nam: đã có thời gian dài các bên thuê gia công như Nhật Bản tìm đến thị trường Việt Nam, tuy nhiên, cùng với sự phát triển chung của một số nền kinh tế mới nổi, các doanh nghiệp phần mềm Việt Nam đang mất dần lợi thế thu hút gia công về các doanh nghiệp phần mềm Trung Quốc.
- Tới nay, các quy định của Luật pháp Việt Nam đôi khi còn nhiều bất cập, cụ thể những quy định về bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ và bản quyền tác giả, gây ra những lo ngại và nguy cơ rủi ro cao đối với các doanh nghiệp phần mềm.