Thứ nhất, nước ta vẫn đang trong quá trình phát triển toàn diện theo hướng nền kinh tế thị trường dưới sự điều tiết của Nhà nước, vì vậy nền kinh tế còn có nhiều khó khăn, bất ổn và dễ bị ảnh hưởng bởi những tác động từ bên ngoài. Do nền kinh tế thị trường vẫn chưa được định hình một cách rõ ràng, nên các hoạt động kinh tế gặp phải những khó khăn, rủi ro hoặc bất ổn trong quá trình hội nhập. Đây có thể được xem là cội nguồn của các nguyên nhân ảnh hưởng đến công tác thẩm định dự án tại các NHTM.
Thứ hai, những thông tin cần thiết cho công tác thẩm định dự án đầu tư còn khá hạn chế,thiếu tính cập nhật và độ chính xác. Ngân hàng vẫn còn phải dựa vào các nguồn thông tin từ phía khách hàng là chủ yếu mà đa số các nguồn thông tin đó đều thiếu tính khách quan và nhiều khi cán bộ thẩm định còn gặp nhiều khó khăn trong việc thẩm định lại tính chuẩn xác của các nguồn thông tin đó. Vì vậy,nội dung thẩm định không phản ánh hết tính chân thực của dự án, gây nhiều bất lợi về phía Ngân hàng.
Thứ ba, một số chủ đầu tư khi lập dự án thường chỉ luôn tập trung vào một số những nội dung chủ đạo và còn thiếu sự hợp lý cần thiết và rất chiếu lệ. Điều này là do khách hàng muốn lập dự án theo hướng có lợi, thuận lợi cho quá trình đi vay của mình, một phần là do sự thiếu hụt về thông tin cũng như sự hạn chế về công nghệ, một phần là do trình độ còn hạn chế của các cán bộ quản lý ở các Doanh nghiệp. Hạn chế này là một nguyên nhân khách quan tác động trực tiếp đến quá trình hoàn thiện công tác thẩm định dự án đầu tư của Chi nhánh.
Thứ tư, tình hình thị trường tài chính nói chung, thị trường tiền tệ nói riêng luôn tiềm ẩn những biến động đã gây ảnh hưởng xấu đến công tác thẩm định dự án đầu tư. Bên cạnh đó, việc xác định các yếu tố gây ảnh hưởng đến dòng tiền còn khá mơ hồ, chưa cụ thể. Do đó, việc thẩmđịnh tài chính dự án vẫn chưa có được một căn bản hoàn hảo để phát triển toàn diện được.
Thứ năm, do môi trường pháp lý trong lĩnh vực Ngân hàng còn nhiều bất cập. Một số quy định về luật của Ngân hàng còn tồn tại nhiều kẽ hở và tạo điều kiện cho khách hàng tạo mối quan hệ với Ngân hàng. Điều này làm mất đi yếu tố khách
quan cần thiết. Bên cạnh đó, các quy định cũng như văn bản luật không nhất quán và thường xuyên thay đổi làm cho Ngân hàng gặp nhiều khó khăn trong việc thẩm định để đưa ra được các quyết định chính xác.