Chất lƣợng quy hoạch chƣa tốt, công tác lập quy hoạch còn chậm, thiếu quy hoạch phân khu, quy hoạch chi tiết và việc điều chỉnh quy hoạch còn chƣa phù hợp. Công tác quản lý xây dựng theo quy hoạch còn yếu, thiếu kết nối hạ tầng giữa các dự án đô thị, dẫn đến tình trạng ùn tắc giao thông vẫn xảy ra thƣờng xuyên. Bên cạnh đó, công tác quản lý nhà nƣớc về phát triển đô thị còn thiếu thống nhất, năng lực triển khai đầu tƣ xây dựng đô thị hạn chế. Kết cấu hạ tầng kỹ thuật, xã hội đô thị tại các địa phƣơng còn thiếu đồng bộ, gây ô nhiễm môi trƣờng, đặc biệt trong vấn đề xử lý rác thải vẫn còn mang tính cục bộ địa phƣơng, gây cản trở cho sự phát triển kinh tế – xã hội chung của vùng đô thị. Ví dụ nhƣ chính sách quy hoạch các cụm công nghiệp để đƣa các cơ sở sản xuất về một mối của Hà Nội là nhằm hạn chế ô nhiễm và xây dựng một nền công nghiệp tập trung. Nhƣng ngƣời dân trong các cụm công nghiệp không những không có lợi mà họ còn phải đối mặt với nhiều vấn đề về ô nhiễm môi trƣờng. Thực tế ở Hà Nội đang thành lập cụm công nghiệp ở Hoài Đức và Chƣơng Mỹ, các cụm công nghiệp nằm giữa khu dân cƣ, không đƣợc đầu tƣ hoàn chỉnh nên chẳng khác nào gom ô nhiễm từ các nơi đem về một chỗ.
Công tác lãnh đạo, chỉ đạo và tổ chức thực hiện các chủ trƣơng, pháp luật của Nhà nƣớc chƣa đƣợc thƣờng xuyên, đồng bộ. Công tác phối hợp giữa các ban, ngành của thành phố với các địa phƣơng và các chủ đầu tƣ để thực hiện chức năng quản lý Nhà nƣớc về đất đai đối với các dự án còn yếu và
chƣa thƣờng xuyên. Do vậy, hiệu quả sử dụng đất của các dự án chƣa cao; các địa phƣơng chƣa thu hút đƣợc nhiều dự án đầu tƣ có quy mô lớn, dự án có công nghệ cao, công nghệ sạch.
Công tác quản lý thực hiện quy hoạch còn nhiều hạn chế, bất cập về cơ chế, nhiều nơi bị buông lỏng, thiếu sự phân cấp, phân công hợp lý về chức năng đối với các sở chuyên ngành nhƣ xây dựng, quy hoạch – kiến trúc và ủy ban nhân dân các quận, huyện trong quản lý, theo dõi việc lập, thẩm định, trình duyệt và thực hiện quy hoạch. Lực lƣợng cán bộ chuyên trách cho công tác này còn nhiều hạn chế về năng lực. Công tác quản lý, kiểm tra, giám sát chƣa chặt chẽ, thƣờng xuyên dẫn tới tình trạng vi phạm quy hoạch diễn ra phổ biến, khó xử lý và gây thiệt hại không nhỏ về kinh tế.
Việc phân cấp quản lý cũng có sự hạn chế. Hiện nay có một số quy hoạch đƣợc giao cho ủy ban nhân dân cấp huyện quản lý, nhƣng năng lực, trình độ, lực lƣợng của cấp chính quyền này còn thiếu và yếu. Hay việc quản lý hệ thống hạ tầng kỹ thuật trên địa bàn của huyện còn chƣa có sự kết nối với hệ thống chung của thành phố. Thực tế cho thấy mặc dù Hà Nội đã ban hành quyết định phê duyệt quy hoạch cụm công nghiệp, nhƣng trên thực tế các quận, huyện lại không đầu tƣ, quản lý đúng theo quy hoạch. Do phát triển thiếu kiểm soát, không theo quy hoạch nên nhà máy, cơ sở sản xuất nằm xen lẫn với khu dân cƣ. Các cụm công nghiệp vẫn phát triển theo kiểu tự phát, nhu cầu đầu tƣ đến đâu sẽ đƣợc giải tỏa mặt bằng đến đó. Hạ tầng kỹ thuật từ đƣờng giao thông, hệ thống thoát nƣớc chƣa đƣợc đầu tƣ đồng bộ, đúng mức. Hầu nhƣ các cụm công nghiệp đều chƣa đƣợc đầu tƣ xây dựng hệ thống xử lý nƣớc thải, chất thải tập trung. Hạ tầng kỹ thuật cụm công nghiệp thiếu, chƣa hoàn chỉnh là nguyên nhân dẫn đến cụm công nghiệp gây ô nhiễm cho khu dân cƣ, ảnh hƣởng trực tiếp đến cuộc sống của ngƣời dân.
Ngoài ra các cơ quan chậm trả lời tham vấn về chỉ giới quy hoạch, hành lang giao thông, thoát lũ, đê điều, đƣờng điện, hành lang bảo vệ các công trình an ninh, quốc phòng, văn hóa, xác định công trình xây dựng phù hợp với quy hoạch, không có tranh chấp cũng là nguyên nhân làm chậm tiến độ cấp
giấy phép xây dựng, Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất.