Hiện nay tổ chức và hoạt động của Chính phủ được điều chỉnh trong Hiến pháp, Luật tổ chức Chính phủ năm 2001, Quy chế làm việc của Chính phủ; hàng loạt các Nghị định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các Quyết định của Thủ tướng Chính phủ về các Hội đồng, Ủy ban tư vấn liên ngành, các tổ chức lâm thời và về các đơn vị thuộc Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ. Những văn bản này là
cơ sở pháp lý quan trọng cho tổ chức và hoạt động của các cơ quan thuộc hệ thống hành pháp. Các văn bản được ban hành gần đây đã thể hiện tư tưởng tăng cường hiệu quả của bộ máy hành pháp như tinh thần cải cách hành chính, phân công và phân cấp quản lý Nhà nước, tăng cường chế độ trách nhiệm của các chủ thể quản lý Nhà nước. Tuy nhiên các văn bản chủ đạo là căn cứ cho hoạt động hành chính còn có một số hạn chế nhất định:
Về Hiến pháp: một số quy định của Hiến pháp 1992 được sửa đổi, bổ sung một cách khiên cưỡng, thiếu toàn diện và thiếu sự thuyết phục dưới góc độ khoa học. Liên quan đến Chính phủ, Điều 2 của đạo luật cơ bản có nhắc tới “quyền hành pháp”. Tuy nhiên, các quy định tiếp theo của Hiến pháp hoàn toàn thoát ly với thuật ngữ nói trên. Việc sửa đổi, bổ sung Hiến pháp mới đạt mục đích là tăng cường trách nhiệm của Chính phủ trước cơ quan cao nhất của quyền lực Nhà nước mà chưa thể hiện được tính độc lập tương đối vốn có của “quyền hành pháp”.
Về Luật Tổ chức Chính phủ: tương tự như Nghị quyết sửa đổi, bổ sung Hiến pháp, ngoài những điểm có tính cải cách và tiến bộ, Luật Tổ chức Chính phủ 2001 còn bộc lộ rõ một số lúng túng trong cách quy định. Đây là kết quả của sự nóng vội và sự thiếu đầy đủ của luận cứ khoa học về quản lý hành chính Nhà nước. Cụ thể:
- Về địa vị pháp lý của Chính phủ: trong mối quan hệ với Quốc hội, Hiến pháp và Luật Tổ chức Chính phủ giữ một khuôn mẫu truyền thống là Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chịu trách nhiệm trước Quốc hội và báo cáo công tác với Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội. Riêng đối với Thủ tướng Chính phủ, với tinh thần công khai hóa hoạt động hành chính, Luật còn quy định trách nhiệm báo cáo trước nhân dân (Điều 20). Tuy nhiên, những vấn đề có tính lý luận về chế độ chịu trách nhiệm của tập thể Chính phủ, của Thủ tướng Chính phủ với tư cách cá nhân và của các thành viên Chính phủ chưa
được tiên lượng hết và chưa thể hiện rõ ràng, gây khó khăn cho việc thực hiện. Cơ chế bỏ phiếu tín nhiệm của Quốc hội đối với người do Quốc hội bầu hoặc phê chuẩn (trong đó có các thành viên Chính phủ) cũng còn những điểm thiếu rõ ràng và chưa toát lên vai trò, ý nghĩa cần thiết để giải quyết mối quan hệ giữa Quốc hội và Chính phủ trong cơ chế tổ chức quyền lực đặc thù như ở nước ta là toàn bộ hoạt động của Nhà nước đặt dưới sự lãnh đạo của một chính đảng duy nhất là Đảng Cộng sản Việt Nam.
- Về tổ chức của Chính phủ: trong lần cải cách cơ cấu Chính phủ vừa qua, có hàng loạt vấn đề mà Luật chưa giải quyết một cách thấu đáo và có phần nóng vội do thiếu căn cứ lý luận và thực tiễn.
Luật chưa thể chế hóa một cách cơ bản chủ trương và định hướng của Đảng về thành lập Bộ đa ngành, đa lĩnh vực. Bản thân nội hàm của “Bộ đa ngành, đa lĩnh vực” chưa được lý giải chính xác và nhất quán dưới góc độ chính thống. Từ đây, dẫn đến việc sáp nhập vội vàng một số cơ quan thuộc Chính phủ vào Bộ nhưng kết quả là do quá tải về điều hành nên những cơ quan thuộc Chính phủ “bị sáp nhập” vẫn được trao quy chế độc lập gần như một chủ thể quản lý Nhà nước trước đây. Điều này gây ra sự thiếu nhất quán và thiếu triệt để trong cải cách.
Luật được xây dựng theo hướng làm lu mờ vai trò của các cơ quan thuộc Chính phủ. Thật khó lý giải khi một chủ thể quản lý Nhà nước lại không có thẩm quyền ban hành văn bản quy phạm pháp luật là một nội dung quan trọng của quản lý Nhà nước.
Luật bổ sung chức năng của các Bộ về quản lý Nhà nước các dịch vụ công thuộc ngành, lĩnh vực (Điều 22). Tuy nhiên, “dịch vụ công” là vấn đề cho đến nay vẫn còn chưa có cách hiểu thống nhất;
- Về quy định chức năng, nhiệm vu, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Bộ, cơ quan ngang Bộ trong cơ cấu Chính phủ vẫn còn một số tồn tại:
Thứ nhất, Nghị quyết của Quốc hội về việc phê chuẩn danh sách các Bộ, cơ quan ngang Bộ đã cho phép các Nghị định của Chính phủ có thể quy định trái các luật, pháp lệnh hiện hành. Trong quá trình soạn thảo các Nghị định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, quy định nói trên đã bị lạm dụng ở mức báo động;
Thứ hai, thời gian qua, Ban Chỉ đạo cải cách hành chính của Chính phủ đã hoạt động tích cực để giúp Chính phủ khắc phục sự chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ của các Bộ, cơ quan ngang Bộ (theo số lượng không chính thức, đã phát hiện tới hơn 100 vấn đề chồng chéo). Tuy nhiên, các Nghị định mới được ban hành chưa giải quyết triệt để những mâu thuẫn đó xuất phát từ nhiều nguyên nhân khác nhau;
Thứ ba, chức năng, nhiệm vụ của một số Bộ còn thiếu khoa học và không hợp lý. Chẳng hạn như phân định nhiệm vụ quản lý sở hữu trí tuệ giữa Bộ Khoa học và Công nghệ với Bộ Thương mại …;
Ngoài ra, cũng cần nói thêm rằng, việc cải cách dường như chỉ nhằm vào các Bộ “dân sự” và có ngoại lệ rõ ràng với các Bộ “quân sự” là Bộ Quốc phòng, Bộ Công an. Điều này gây ra sự thiếu đồng bộ và nhất quán trong cải cách bộ máy các cơ quan thuộc cơ cấu Chính phủ.
Luật Tổ chức Chính phủ (Điều 32) quy định: “Chính phủ làm việc theo chế độ kết hợp trách nhiệm tập thể với việc đề cao quyền hạn và trách nhiệm cá nhân của Thủ tướng Chính phủ và mỗi thành viên Chính phủ”. Luật cũng quy định những vấn đề mà Chính phủ phải thảo luận tập thể và biểu quyết theo đa số. Tuy nhiên, trên thực tế, nguyên tắc làm việc tập thể của Chính phủ không được tuân thủ nghiêm ngặt hoặc bị “biến tướng” bằng hình thức thảo luận qua Phiếu xin ý kiến của thành viên Chính phủ. Các câu hỏi trong Phiếu xin ý kiến, đôi khi, thiếu tính khoa học và chưa thể hiện một cách thực chất những vấn đề cần được tập thể Chính phủ giải quyết. Có Phiếu chỉ ghi một
câu hỏi duy nhất là “Đồng chí có đồng ý với việc ban hành văn bản hay không?”
Một vấn đề khác cần được khắc phục hiện nay là sự vi phạm quy trình giải quyết công việc của Chính phủ nói chung và quy trình thông qua văn bản của Chính phủ nói riêng. Những biểu hiện cụ thể trong đó là: không thành lập Ban soạn thảo theo quy định của pháp luật; một số văn bản được phó thác cho một cơ quan chủ trì nên thể hiện tính cục bộ rõ nét; một số văn bản không được gửi thẩm định, không được gửi lấy ý kiến theo quy định nhưng vẫn được trình lên Chính phủ, Thủ tưởng Chính phủ.