Trong điều kiện chuyển từ cơ chế kế hoạch hoá tập trung quan liêu bao cấp sang cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước, chức năng quản lý Nhà nước của Chính phủ và bộ máy hành chính Nhà nước mang những nội dung mới mẻ, phức tạp, đòi hỏi phải chuyển biến nhận thức và hoạt động quản lý cho phù hợp. Muốn đất nước mạnh phải có hệ thống các cơ quan hành pháp hay hành chính mạnh. Hành pháp là chấp hành pháp luật, là chỉ huy, điều hành công việc và quản lý đất nước, hành pháp phải có thực quyền, hành pháp mạnh là hành pháp có bộ máy tinh gọn, hoạt động có hiệu lực, hiệu quả cao, nhanh nhạy, thông suốt, đủ sức đương đầu với những thách thức và vận hội của đất nước, biết tận dụng thời cơ đưa đất nước tiến lên. Do đó Chính
phủ phải có quyền hạn rộng rãi và thực sự làm chủ quyền hành pháp trên toàn bộ lãnh thổ quốc gia. Quyền hành pháp được tập trung và thống nhất trong tay Chính phủ và Chính phủ đứng đầu là Thủ tướng, phải chịu trách nhiệm trước nhân dân về việc thực thi quyền hành pháp của mình.
Về mặt lý luận, tương ứng với mỗi hình thức và loại hoạt động là một phương thức tiến hành hoạt động đó. Đổi mới phương thức hoạt động của Chính phủ là nhằm đạt được mục đích bảo đảm tính nhân dân, tính công khai, minh bạch của nền hành chính Nhà nước.
Để thực hiện các chức năng và thẩm quyền của mình, các cơ quan hành chính Nhà nước tiến hành các hoạt động của mình dưới những hình thức chủ yếu sau đây:
- Chuẩn bị, thông qua và tổ chức thực hiện các quyết định hành chính;
- Điều hòa hoạt động của các cơ quan trong cùng hệ thống;
- Các hoạt động mang tính tổ chức, hoạt động đăng ký, cấp phép;
- Thống kê, phân tích, kế hoạch hóa và dự báo;
- Giữ mối quan hệ với các cơ quan khác trong bộ máy Nhà nước;
- Bảo đảm và cung cấp thông tin cho các chủ thể trong hệ thống hành chính;
- Hoạt động kiểm tra, thanh tra.
Về hoạt động chuẩn bị, ban hành quyết định hành chính: liên quan đến hình thức hoạt động này cần lưu ý ba vấn đề: phân biệt ranh giới giữa lập pháp và lập quy; ủy quyền ban hành quyết định hành chính; quy trình ban hành quyết định hành chính để bảo đảm tính công khai, minh bạch, tính lường trước của văn bản hành chính.
Trong điều kiện thực tế của Việt Nam, không thể lý tưởng hóa khả năng quản lý Nhà nước “bằng luật” và phải thừa nhận ở chừng mực nhất định thẩm
quyền lập quy của Chính phủ là điều cũng đang diễn ra ở nhiều nước khác. Tuy nhiên để đảm bảo chất lượng Nghị định của Chính phủ, cần lưu ý một số điểm sau đây: từ chối phương thức hoạt động hình thức của các Ban soạn thảo; công khai hóa hoạt động xây dựng văn bản của Chính phủ bằng các hình thức đa dạng, trong đó quan trọng nhất là tham khảo ý kiến của những người chịu sự tác động của văn bản; thực hiện đúng quy định về việc thảo luận tập thể và biểu quyết theo đa số các văn bản quy phạm pháp luật của Chính phủ; tránh việc thảo luận bằng phiếu ý kiến; tăng cường trách nhiệm chính trị của các thành viên Chính phủ trước Quốc hội và trước nhân dân về chất lượng của dự thảo văn bản do Chính phủ trình và do Chính phủ ban hành.
Về các văn bản của người đứng đầu Chính phủ, cần chấm dứt việc ủy quyền cho Phó Thủ tướng ký thay. Tương tự như vậy với người đứng đầu các cơ quan hành chính Nhà nước khác.
Đến nay, ngay cả khi Luật Ban hành văn bản mới được sửa đổi ban hành thì cách hiểu văn bản quy phạm pháp luật của chúng ta vẫn là quá rộng. Để bảo đảm hiệu quả hoạt động quản lý, cần thay đổi cách nhìn nhận về khái niệm văn bản quy phạm pháp luật. Nếu vẫn giữ định nghĩa như hiện nay về văn bản đó thì cần duy trì ban hành văn bản quy phạm pháp luật của các cơ quan thuộc Chính phủ.
Liên quan đến quy trình ban hành quyết định hành chính, không thể không đề cập đến mối quan hệ giữa thẩm quyền của Chính phủ và của Bộ. Hiện nay, có một số ý kiến cho rằng, Bộ là “Chính phủ” thu nhỏ khi quyết định vấn đề thuộc một lĩnh vực nhất định. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng, Chính phủ là một cơ quan hoạt động theo chế độ tập thể. Một số vấn đề, theo quy định của Luật, phải được Chính phủ thảo luận tập thể và biểu quyết theo đa số. Trách nhiệm của Bộ trưởng, có chăng chỉ thể hiện ở những vấn đề còn lại, khi Luật không trao cho tập thể Chính phủ và cá nhân Thủ tướng Chính phủ.
Như vậy, không thể đồng nhất thẩm quyền của Chính phủ và cá nhân thành viên Chính phủ.
Trong nhà nước pháp quyền, tổ chức và hoạt động của Chính phủ phải minh bạch: sự minh bạch như là một trong những đảm bảo của trách nhiệm nhà nước, trách nhiệm của chính quyền luôn luôn gắn liền với việc phải quy kết được trách nhiệm của chính quyền, muốn làm được thì chính quyền phải hoạt động một cách công khai, nhân dân có nhiều khả năng theo dõi và giám sát chính quyền, không những thế chính quyền còn phải hoạt động trong khả năng cho phép người dân cũng như mọi chủ thể khác nhất là các nhà doanh nghiệp có thể dự đoán được các hoạt động tương lai của chính quyền. Minh bạch trong tổ chức và hoạt động của Chính phủ như là một trong những đòi hỏi quan trọng của nhà nước pháp quyền. Chỉ có trong một môi trường minh bạch thì mới cho phép người dân giám sát Chính phủ và theo dõi được những hoạt động của Chính phủ, Chính phủ được mong đợi là sẽ hành động vì lợi ích của người dân. Bưng bít, không minh bạch bao giờ cũng giúp quan chức nhà nước dễ ra quyết định hơn, để trốn tránh khỏi những sự buộc tội vì những quyết định sai lầm của họ, sự bưng bít thông tin là đặc trưng của nhiều nhà nước chuyên chế, là sự tương phản với giá trị dân chủ và giá trị nhà nước phải chịu trách nhiệm, nó giúp cho những kẻ đương chức cố thủ giữ chức vụ của mình mà hạn chế đi sự tham gia của người dân vào các công việc của nhà nước.
Một nhà nước công khai phải có trách nhiệm trong việc cung cấp các quyết định và hành vi của các quan chức Chính phủ. Việc được tiếp cận với các thông tin không những cho phép các công dân chất vấn, chỉ trích và cản trở các hành động của chính quyền mà họ không đồng tình mà còn cho phép họ uốn nắn các hành vi sai trái của các quan chức. Việc tiếp cận thông tin cũng ngăn chặn các hành vi sai trái của các công chức về trách nhiệm của họ. Công khai gắn liền với minh bạch. Chính phủ công khai minh bạch phải có
trách nhiệm tạo điều kiện để người dân có thể tiếp cận được với các văn bản và thông tin của chính quyền. Việc công bố các số liệu tài chính của các quan chức chính quyền và các công chức trong các nhánh hành pháp, lập pháp và tư pháp cũng là để công dân có đủ thông tin đúng để có thể xác định được là các hành động của các quan chức có chịu tác động không tốt bởi các quyền lợi tài chính của họ hay không.
Với tư cách là quyền lực của công cộng, thông tin về quyền lực nhà nước phải được công khai và minh bạch. Công khai tức là mọi hoạt động của nhà nước phải được công bố hoặc phổ biến, truyền tải trên các phương tiện thông tin đại chúng, làm cho mọi người dân được tiếp cận với các quyết định của nhà nước một cách dễ dàng. Sự minh bạch cũng có nghĩa là không những cần phải công khai mà còn phải trong sáng, không khuất tất, không rắc rối, không gây khó khăn cho công dân, mọi việc phải diễn ra một cách giản đơn không phức tạp và nhất là có thể làm cho mọi người cũng như những chủ thể khác trong xã hội có thể lường trước được những định hướng tương lai của mình.
Tuy nhiên, tính minh bạch là một khái niệm tương đối chứ không phải là khái niệm tuyệt đối. Luật pháp có quy định các quyền riêng tư và vai trò pháp lý của Chính phủ trong việc bảo mật thông tin. Ví dụ, các cuộc thảo luận mang tính cởi mở và thẳng thắn trong diễn đàn của các nhà hoạch định chính sách cấp cao nhất hoặc những ý kiến tư vấn độc lập về các vấn đề nhạy cảm cần phải được bảo mật. Việc tiết lộ thông tin sẽ làm cho các cuộc thảo luận này trở nên vô nghĩa, gây nhiều rủi ro cho hoạt động điều hành, trong khi các báo cáo chính thức vẫn không có những thông tin hữu ích hoặc có giá trị đối với người dân. Đồng thời cần xác định những tiêu chí cụ thể để quyết định những loại hình giao dịch và thông tin nào phải giữ bí mật. Trong bất kỳ trường hợp nào, việc cung cấp thông tin phải được coi là nguyên tắc chứ không phải là ngoại lệ: tất cả các thông tin của Chính phủ phải được công khai cho người dân trừ trường hợp có quy định cụ thể với những lý do hợp lý
và trên cơ sở những tiêu chí về việc giữ bí mật đối với thông tin đó cũng phải được công bố rộng rãi và công khai.