Hiện còn tồn tại rất nhiều các tiêu chuẩn khác nhau cho công nghệ RFID trên thế giới, các nỗ lực đưa về một tiêu chuẩn duy nhất vẫn tiếp tục được tiến hành. Các tiêu chuẩn đang tồn tại được đưa ra nhằm hỗ trợ bốn khía cạnh chủ yếu sau đây của RFID: tiêu chuẩn về giao diện (truyền dữ liệu từ tag tới reader), nội dung và mã hoá dữ liệu (phương thức gán số), sự tương thích (kiểm định các hệ thống RFID), và độ tương thích giữa giữa các ứng dụng và hệ thống RFID.
Một số tổ chức về tiêu chuẩn đã tham gia vào quá trình phát triển và định nghĩa các công nghệ RFID, bao gồm ISO, EPCglobal, ETSI và FCC. Các tiêu chuẩn RFID cuối cùng được quy về các lĩnh vực sau:
Nhận dạng gia súc. ISO 11784 (Nhận dạng gia súc bằng tần số - Cấu trúc mã); ISO 11785 (Nhận dạng gia súc bằng tần số - Khái niệm kỹ thuật); và ISO 14223/1 (Nhận dạng gia súc bằng tần số - Bộ thu phát cải tiến).
Thẻ thông minh phi tiếp xúc. ISO 10536 (Thẻ IC phi tiếp xúc - Thẻ ghép gần), xác định cấu trúc và các thông số hoạt động của thẻ thông minh ghép gần phi tiếp xúc, với phạm vi bị khống chế trong khoảng 1cm; ISO 14443 (Thẻ nhận dạng - Thẻ IC phi tiếp xúc - Thẻ proximity), mô tả phương thức hoạt động và các thông số hoạt động của thẻ thông minh ghép gần (proximity coupling) phi tiếp xúc với phạm vi khoảng từ 7 – 15cm; ISO 15693 (Thẻ nhận dạng - Thẻ IC phi tiếp xúc - Thẻ vicinity), mô tả phương thức hoạt động và thông số hoạt động của thẻ vicinity với phạm vi lên tới 1m.
Quản lý đối tượng. Các phiên bản ISO 18000 (Công nghệ thông tin - Nhận dạng bằng tần số cho quản lý đối tượng), xác định các tham số cho thông tin giao diện vô tuyến dưới 135kHz, tại 13,56MHz, 433MHz, 860-960MHz và 2,45GHz; và tiêu chuẩn giao thức giao diện không khí UHF thế hệ 2 lớp 1 phiên bản 1.0.9, xác định các yêu cầu logic và vật lý cho hệ thống RFID ITF (interrogator-talks-first) phát backscatter thụ động hoạt động tại băng tần 860-960MHz
EPCglobal: Đây là nền tảng chuẩn. Nó gần như được chuẩn hóa quốc tế theo qui tắc của ISO
Một vấn đề bảo mật chủ đạo xung quanh công nghệ RFID là sự theo dõi trái phép các thẻ RFID. Các thẻ có thể đọc trên toàn cầu đem lại một rủi ro cho cả sự riêng tư của cá nhân và cả sự bảo mật quân sự hay dân sự.
Một lớp cấp 2 phòng thủ sử dụng mật mã để ngăn ngừa hệ vô tính gắn thẻ. Một số thẻ sử dụng một dạng nguyên lý mã lăn trong đó thông tin nhận dạng thẻ thay đổi sau mỗi lần quét và do vậy giảm được những đáp ứng không cần thiết. Các thiết bị phức tạp hơn tham gia vào các giao thức mệnh lệnh – đáp ứng ở đó thẻ sẽ tương tác với bộ đọc. Trong những giao thức này, thông tin thẻ bí mật sẽ không bao giờ được gửi trên các kênh trao đổi giữa thẻ và bộ đọc thẻ. Hơn nữa, bộ đọc thẻ sẽ đưa ra một mệnh lệnh cho thẻ, cái sẽ cho ra một kết quả được tính toán nhờ sử dụng một mạch mật mã với một số giá trị bí mật khác.
Những giao thức như vậy có thể dựa trên tính đối xứng hoặc mật mã khoá công khai. Thẻ có mật mã thường có giá thành và công suất tiêu thụ cao hơn só với thiết bị tương đương nhưng đơn giản hơn, và hệ quả là việc phát triển các loại thẻ này càng bị hạn chế hơn. Những hạn chế về giá cả và công suất đã dẫn đến một số nhà sản xuất triển khai các thẻ mật mã mà sử dụng các nguyên lý mã hoá yếu hơn và nó không cần thiết phải cản lại sự tấn công phức tạp. Lấy ví dụ, Exxon-Mobil Speedpass sử dụng một thẻ được mật mã được sản xuất bởi Texas Instruments gọi là DST (Digital Signature Transponder - bộ phát đáp dấu hiệu số) kết hợp với một nguyên lý mã hoá độc quyền yếu để thực hiện một giao thức mệnh lệnh - đáp ứng
Các giao thức mật mã khác vẫn cố gắng đạt được sự bí mật trước các bộ đọc trái phép mặc dù các giao thức này mới ở mức độ nghiên cứu. Một khó khăn chính trong việc bảo mật các thẻ RFID chính là khả năng tính toán trong phạm vi thẻ còn thiếu. Các kỹ thuật mật mã chuẩn yêu cầu nhiều khả năng hơn những khả năng sẵn có trong hầu hết các thiết bị RFID giá thành thấp. Bảo mật RSA đã có bằng sáng chế một loại thiết bị cho phép phá tín hiệu RFID cục bộ bằng cách ngắt giao thức hạn chế xung đột chuẩn, điều này cho phép người dùng bảo vệ thông tin nhận dạng
của mình. Nhiều cơ chế đo đã được đề xuất như đối tượng được gắn thẻ RFID với một nhãn chuẩn công nghiệp