Cùng với quy hoạch là cơ chế quản ly chợ, UBND Thành phố Hà Nội đã ban hành quyết định số 1181/2006/QĐ-UBND ngày 7/3/2006 quy định về cơ chế đầu tư và quản ly sau đầu tư xây dựng, cải tạo, nâng cấp chợ trên địa bàn thành phố Hà Nội, đấu thầu, thu phí chợ, quy chế an toàn, quy chế đầu tư, quy tắc cân đo. Chợ có bộ máy quản ly chiếm 55%, trong đó có 60% cán bộ nhân viên thuộc biên chế nhà nước. Số chợ còn lại chính quyền địa phương cấp xã, huyện giao cho các tổ quản ly có cán bộ không thuộc biên chế nhà nước. Đến năm 2010, các chợ trên địa bàn thành phố do Ban quản ly chợ quản ly phải có bộ máy quản ly phù hợp theo mô hình doanh nghiệp hoặc HTX kinh doanh và quản ly chợ. UBND thành phố đã ban hành Quyết định số 12/2011/QĐ-UBND ngày 9/3/2011 về việc ban hành Qui định về quy trình chuyển đổi mô hình quản ly, kinh doanh khai thác chợ trên địa bàn Thành phố Hà Nội. Chợ do Nhà nước đầu tư xây dựng mới sẽ được giao hoặc tổ chức đấu thầu để lựa chọn doanh nghiệp kinh doanh khai thác và quản ly chợ theo quy định của pháp luật. Các chợ đầu mối, các chợ có vị trí trọng điểm về kinh tế của quận, ở trung tâm huyện lỵ, UBND thành phố xem xét giao doanh
nghiệp Nhà nước quản ly hoặc thành lập công ty cổ phần trong đó vốn Nhà nước chiếm cổ phần chi phối để đầu tư, kinh doanh khai thác và quản ly chợ. Trường hợp chợ được xây dựng bằng vốn góp của các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế có hỗ trợ của Nhà nước, UBND thành phố sẽ căn cứ vào vị trí trọng điểm về kinh tế của chợ trên địa bàn quận, huyện và căn cứ vào tỷ lệ vốn góp của các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp để quyết định việc thành lập công ty cổ phần Nhà nước nắm cổ phần chi phối hay không cần nắm cổ phần chi phối hoặc tổ chức đấu thầu lựa chọn doanh nghiệp, HTX kinh doanh khai thác và quản ly chợ. Tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp đầu tư xây dựng chợ dưới hình thức doanh nghiệp theo quy định của pháp luật.
Các chợ đã được phân hạng, đều có Ban quản ly chợ trực thuộc UBND quận, huyện hoặc UBND xã, phường, hoặc là tổ quản ly chợ thuộc doanh nghiệp, HTX kinh doanh chợ:
- Chợ do quận, huyện quản ly có 88 chợ, chiếm khoảng 21%.
- Chợ do xã, phường, thị trấn quản ly có 236 chợ, chiếm khoảng 58%. - Chợ do doanh nghiệp, HTX quản ly có 87 chợ, chiếm khoảng 21%.