Đấu tranh phòng trừ bệnh gây hại cho cây trồng đã và đang là hướng nghiên cứu rất được quan tâm ứng dụng trong ngành nông nghiệp. Và một trong những biện pháp được ưa chuộng đó là đấu tranh sinh học. Trong đó, nhiều nghiên cứu cho thấy rằng các vi sinh vật có thể hoạt động như một tác nhân đối kháng với nhiều mầm bệnh khác nhau ở thực vật bao gồm các loại sâu bọ và các mầm bệnh vi sinh vật như nấm, xạ khuẩn, vi khuẩn.
Các vi sinh vật có thể tồn tại tự do trong đất hoặc bám dính với bề mặt mô thực vật thành từng cụm tế bào. Mối quan hệ này phần lớn mang lại lợi ích cho cả hai bên: thực vật là nguồn cung cấp chất dinh dưỡng và nơi khu trú lâu dài cho các
quần thể vi sinh vật. Mặt khác, các vi sinh vật trong mối tương tác này có thể làm thay đổi môi trường sống xung quanh theo hướng có lợi cho sự phát triển của thực vật [69].
Một trong những cơ chế giúp các vi sinh vật ức chế mầm bệnh gây hại ở cây trồng đó là thông qua chất kháng sinh. Ví dụ, chủng Bacillus cereus UW85 có khả năng tổng hợp cả zwittermycin và kanosamine [69]. Khả năng tổng hợp chất kháng sinh giúp làm tăng tính cạnh tranh giữa các nhóm vi sinh vật; đồng thời cũng là cơ sở để tạo ra các chế phẩm vi sinh vật có khả năng phòng trừ bệnh gây hại ở thực vật chủ yếu dưới dạng phân bón vi sinh bổ sung vào nguồn đất trồng.
Bais và cộng sự [5] đã chứng minh rằng nhờ quá trình hình thành màng sinh vật trên rễ cây Arabidopsis, chủng vi khuẩn Bacillus subtilis 6051 đã tạo ra surfactin ức chế sự xâm nhiễm của chủng P. syringae gây hại cây trồng.
Khả năng đối kháng của chủng Bacillus thuringiensis chống lại tác nhân gây bệnh cây trồng Erwinia carotovora đã được chứng minh qua nghiên cứu của Morikiwa [56]. E. carotovora sản xuất các phân tử tín hiệu cảm ứng mật độ tế bào acyl - HSL và biểu hiện gen gây độc, trong khi đó các chủng B. thuringiensis có enzyme acyl - homoserine lactonase, làm giảm mạnh acyl - HSL. Do vậy, B. thuringiensis làm giảm đáng kể khả năng nhiễm và phát triển của E. carotovora - tác nhân gây bệnh thối củ ở khoai tây.