- Kinh nghiệm quản lý phát triển công nghiệp nói chung và phát triển các KCN nói riêng vẫn còn hạn chế. Có sự khác biệt nhiều giữa các địa phương trong cả nước về quản lý phát triển các KCN.
- Sức mạnh kinh tế, tiềm lực công nghiệp, tiềm lực khoa học công nghệ còn yếu. - Phát triển kinh tế- xã hội, phát triển công nghiệp vẫn còn kém bền vững. Mặc dù các diều kiện hạ tầng đã được cải thiện đáng kế song vẫn còn thiếu tính đồng bộ. - Nguồn nhân lực cho phát triển công nghiệp, KCN còn hạn chế. Mặc dù giá lao động rẻ tương đối vẫn là một lợi thế song chất lượng nguồn nhân lực nhìn chung chưa đủ để đáp ứng nhu cầu phát triển công nghiệp tập trung có quy mô lớn hơn và đòi hỏi được đào tạo kỹ năng.
- Tính hiệu quả của KCN chưa cao.
Kinh nghiệm phát triển các KCN của nhiều địa phương trên cả nước cho thấy về cơ bản các KCN trong thời gian qua phát triển rất hiệu quả, nhất là các tỉnh phía Nam. Tuy nhiên điều đó không có nghĩa là không có những bài học thất bại trong phát triển các KCN. Có những KCN được thành lập khá lâu, song không thể tiếp tục triển khai và cuối cùng phải chuyển đổi mục đích sử dụng không gian KCN.
Việc đầu tư xây dựng các KCN nếu không đồng bộ và không được kiểm soát chặt chẽ về môi trường, nhất là hệ thống xử lý chất thải lỏng và chất thải rắn thì nguy cơ ảnh hưởng đến môi trường, tác động tiêu cực đến sự phát triển chung của toàn xã hội.
Các biện pháp trợ giúp từ chính phủ sẽ bị hạn chế. Việt Nam đang hội nhập ngày càng sâu vào nền kinh tế thế giới. Việt Nam chính thức trở thành thành viên
của Tổ chức thương mại thế giới WTO. Các biện pháp hỗ trợ, can thiệp của Chính phủ không theo nguyên tắc của kinh tế thị trường sẽ bị hạn chế và xóa bỏ. Điều này đặt ra yêu cầu phải có một chính sách phát triển các KCN một cách đúng đắn trên cơ sở các quy định của WTO.