Bên cạnh những thành công đã đạt được, Liên bang Nga dưới chính quyền Tổng thống V.Putin không phải không còn những tồn tại có tác động trực tiếp hoặc gián tiếp tới việc thực hiện nhiệm vụ đảm bảo an ninh quốc gia Liên bang Nga trong các lĩnh vực.
Về kinh tế, nền kinh tế Liên bang Nga phát triển chưa bền vững. Lạm phát vẫn ở mức cao và chưa có dấu hiệu được kiềm chế. Tăng trưởng kinh tế trong 8 năm qua chủ yếu nhờ vào việc khai thác tài nguyên thiên nhiên để bán như năng lượng, nguyên vật liệu. Theo đó, cơ cấu kinh tế vẫn chủ yếu phát triển các ngành công nghiệp khai thác, còn công nghiệp chế biến và các ngành có hàm lượng khoa học chưa cao. Từ đó kéo theo cơ cấu xuất nhập khẩu vẫn chủ yếu là xuất khẩu nguyên nhiên liệu, hàng hóa của Nga kém khả năng cạnh tranh trên thị trường quốc tế [31]. Trong khi đó, Liên bang Nga lại lệ thuộc lớn vào thực phẩm nhập khẩu. Sự phát triển của ngành nông nghiệp chưa đáp ứng kịp với nhu cầu ngày càng tăng của thị trường. Nga hiện là nước nhập khẩu thịt gia cầm và bơ lớn nhất và nhập khẩu táo đứng thứ hai trên thế giới.
Thị trường chứng khoán ở Nga bắt đầu phát triển nhưng chưa đạt hiệu quả. Nhiều người dân Nga không có tiền tiết kiệm. Trong số còn lại, phần lớn giữ tiền tiết kiệm dưới dạng tiền mặt và nhiều người muốn để tiền ở nhà hơn là đầu tư vào
thị trường chứng khoán hay gửi ở nhà băng. Lý do của tình trạng này là sự phát triển không đầy đủ của các công cụ trên thị trường chứng khoán Nga.
Trong lĩnh vực chính trị đối nội, những vấn đề giải quyết được mới chỉ là các thành tựu trên diện vĩ mô. Liên bang Nga còn phải giải quyết rất nhiều vấn đề phức tạp ở tầng sâu của hệ thống chính trị, xây dựng một xã hội dân chủ hơn như nâng cao hiệu quả làm việc của cơ quan nhà nước, nâng cao hiệu lực cũng như việc thực thi các đạo luật đã được ban hành, giải quyết tốt mối quan hệ giữa trung ương và địa phương theo hướng củng cố quyền lực của nhà nước liên bang song song với tăng cường hơn nữa tính tự chủ của địa phương, tiếp tục hoàn thiện hệ thống quy định về các đảng phái và luật bầu cử, quản lý các phương tiện truyền thông hợp lý để không tiếp tục làm giảm số đài truyền hình, phát thanh và các tờ báo độc lập với chính phủ…
Đặc biệt chú ý là tình trạng tham nhũng của các quan chức trong bộ máy công quyền còn chưa được kiềm chế. Có thể nói rằng, mặc dù đã thực thi rất nhiều biện pháp tuyên chiến với tham nhũng song hiệu quả rất thấp. Đây được coi như một thất bại của chính quyền Tổng thống V.Putin. Nguyên nhân của thất bại này phải kể đến tính yếu kém của hệ thống luật pháp. Mặc dù đã có những nỗ lực lớn nhưng một dự luật chống tham nhũng vẫn chưa được thông qua trong khi đó luật pháp Nga thậm chí không định nghĩa tham nhũng. Ngoài ra, một nguyên nhân quan trọng nữa là do nước Nga chưa thực sự loại bỏ được những nguồn gốc dẫn đến nảy sinh tệ nạn này, đó là những thủ tục hành chính rườm rà. Bên cạnh đó, các thủ tục tố tụng không minh bạch, các điều kiện làm cho hệ thống tư pháp thực sự độc lập với các ngành hành pháp và lập pháp vẫn chưa đạt được mục tiêu đề ra… Vì thế, cuộc đấu tranh chống tội phạm ở Liên bang Nga, đặc biệt là tội tham nhũng không thu được nhiều kết quả như mong muốn. Cùng với tình trạng đó, quan điểm dân tộc cực đoan và bài ngoại gia tăng. Bất chấp những lời kêu gọi khoan dung và nhiều biện pháp giáo dục khác, chủ nghĩa dân tộc cực đoan tiếp tục phát triển. Các vụ bạo lực
liên quan tới sắc tộc xảy ra thường xuyên hơn. Tất cả các yếu tố này vừa gây mất ổn định tình hình chính trị - xã hội của đất nước, vừa là một rào cản lớn đối với sự phát triển của nền kinh tế, đầu tư nước ngoài cũng như trong nước.
Phân tầng xã hội sâu sắc, khoảng cách giàu nghèo gia tăng vẫn là một thực trạng ở Nga hiện nay. Mặc dù đã có những chính sách tăng lương và trợ cấp xã hội tích cực song không thu hẹp được khoảng cách giữa người giàu và người nghèo ở Nga. Đói nghèo đang ảnh hưởng tới một bộ phận lớn những người về hưu và các công nhân không có kỹ năng ở các vùng suy thoái.
Một vấn đề nữa mà nước Nga phải đối diện là tình trạng thiếu hụt nguồn nhân lực cho phát triển. Mặc dù đã đạt được một số tiến bộ trong giáo dục, y tế, chính sách xã hội, tuy nhiên biến động cơ cấu dân số vẫn theo xu hướng lão hóa nhanh. Trong khi đó, tiềm lực khoa học công nghệ bậc cao của Nga chưa hồi phục sau những năm khủng hoảng cuối thế kỷ XX. Tình trạng này dẫn đến vấn đề hình thành nguồn lao động dự trữ, khả năng tái sản xuất về tiềm lực vật chất và trí tuệ của đất nước, sự tụt hậu trong việc tiếp cận nền kinh tế tri thức, gây ra sự đe dọa về việc ngày càng phụ thuộc vào công nghệ nước ngoài của Liên bang Nga.
Về quân sự, nước Nga đang phục hồi năng lực quân sự. Cùng với vũ khí hạt nhân, sực mạnh quân sự của Nga đang tăng lên đáng kể. Tuy nhiên, với nhiều vấn đề còn tồn tại trong nền kinh tế, chính trị, xã hội cùng với môi trường quốc tế còn nhiều biến động phức tạp tạo sức ép buộc Nga phải đối phó và phân tán nguồn lực đầu tư cho an ninh quốc phòng. Mặt khác, sự suy yếu về lực lượng quân sự của Nga đã bộc lộ trong cuộc chiến chống khủng bố ở Chechnya. Hiện nay, quân đội Nga vẫn phải duy trì ở Chechnya vì tình hình chưa ổn định, trong khi đó quân ly khai đang thực hiện chiến lược khủng bố và đánh du kích không chỉ nhằm vào quân đội Nga ở Chechnya mà tiến thẳng vào Moscow gây tổn hại tới lực lượng quân đội. Vấn đề Chechnya vẫn là một thách thức lớn đối với Nhà nước Liên bang.
Chủ nghĩa khủng bố và chủ nghĩa khủng bố quốc tế đang là vấn đề nhức nhối đối với nước Nga. Trong 8 năm cầm quyền của Tổng thống V.Putin, chủ nghĩa khủng bố đã bị tấn công mạnh mẽ nhưng vẫn còn nhiều vụ khủng bố nghiêm trọng xảy ra: vụ bắt cóc con tin tại nhà hát Dubrovka năm 2002, đánh bom buổi hòa nhạc rock ở Moscow tháng 6 năm 2003, bắt cóc con tin tại trường tiểu học Beslan ở Bắc Ossetia tháng 9 năm 2004 .v.v. Hậu quả của các vụ khủng bố không chỉ là mạng người, sự bất ổn chính trị - xã hội, thiệt hại về kinh tế mà còn gây hoang mang trong dân chúng dẫn đến mất lòng tin với chính phủ, đe dọa nghiêm trọng tới an ninh cá nhân, xã hội và nhà nước - an ninh quốc gia Liên bang Nga.
Trong lĩnh vực đối ngoại, dù đạt được nhiều thành công đáng tự hào nhưng cũng là lĩnh vực còn tồn tại nhiều vấn đề thách thức.
Trước tiên là ảnh hưởng từ các vấn đề trong nước đến các hoạt động đối ngoại của Liên bang Nga. Ngày nay, Nga không còn đủ mạnh về kinh tế để trở thành nước có ảnh hưởng dẫn đầu như thời Liên Xô. Liên bang Nga chưa đạt được là đối tác hàng đầu của các đối tác kinh tế chính. Tình trạng này cũng làm suy yếu các mối quan hệ của Nga trong đó có các mối quan hệ chính trị với những quốc gia đó. Về văn hóa, tinh thần và giáo dục, nước Nga ngày này không thể làm được điều mà Liên Xô đã làm trước kia để giành được trái tim và khối óc ở nước ngoài. Lãnh thổ mà trong đó tiếng Nga được sử dụng đã thu hẹp và chưa có nhiều khả năng khôi phục lại, uy tín của Nga về văn hóa, nghệ thuật cũng không còn được như trước đây. Bên cạnh đó, Liên bang Nga chưa có một chính sách có hiệu quả và xứng tầm về các mối quan hệ với cộng đồng người Nga ở nước ngoài. Cho đến nay, hàng triệu người Nga ở nhiều nước trên thế giới vẫn chưa trở thành những động lực cho sự phát triển kinh tế và những lĩnh vực khác của Nga, chưa như cộng đồng người Trung Quốc và Ấn Độ ở nước ngoài. Ngoài ra, công cuộc cải cách hành chính kém hiệu quả, ngân sách cho nghiên cứu an ninh quốc phòng bị giảm dẫn đến kém cải
tiến chất lượng, mẫu mã và sự chậm trễ trong các thủ tục, đã ảnh hưởng lớn tới việc hợp tác quân sự - kỹ thuật với các đối tác nước ngoài.
Mặc dù Liên bang Nga đã có tiếng nói nhất định trong các công việc quốc tế, tuy nhiên vẫn còn tồn tại một số vấn đề làm ảnh hưởng tới hoạt động ngoại giao và các chính sách đối ngoại của Nga. Trước tiên là việc tranh giành ảnh hưởng tại các quốc gia SNG. Trái ngược với tình hình khả quan trong hợp tác kinh tế, thương mại là sự phức tạp trong quan hệ an ninh chính trị giữa các nước SNG với Nga. Trong nội bộ SNG luôn có sự chia rẽ sâu sắc giữa các nước mong muốn đi theo sự bảo trợ của Mỹ và phương Tây với các nước ủng hộ Nga mặc dù không còn nhiều và có chiều hướng giảm do một số chính sách mang tính ép buộc của Nga (như nâng giá năng lượng…). Chiến lược an ninh quốc gia Liên bang Nga đã khẳng định SNG là khu vực quan trọng đối với Nga trong nhiều lĩnh vực trước hết là an ninh quốc phòng và sự toàn vẹn lãnh thổ. Do vậy, với tình hình như hiện nay, Mỹ và các nước phương Tây vẫn dùng nhiều biện pháp mở rộng ảnh hưởng sang các nước này trở thành một thách thức không nhỏ cho nền ngoại giao của Liên bang Nga nhằm mục đích đảm bảo an ninh quốc gia.
Vấn đề thứ hai ảnh hưởng đến an ninh quốc gia của Liên bang Nga là việc mở rộng NATO về phía Đông. Với nhiều lý do (sự không đồng thuận trong nội bộ NATO, những điều kiện từ trong chính hai nước Ucraina và Gruzia), việc Gruzia và Ucraina trở thành thành viên của NATO không còn là khả năng thực tế nhưng thực chất nó vẫn là một vấn đề còn tồn tại. Và Nga cho rằng việc mở rộng NATO sẽ đe dọa tới an ninh của Nga vì liên minh này có thể sử dụng các thành viên mới để đưa quân và vũ khí tới sát biên giới phía tây nam của Nga [30]. Đây sẽ vẫn là vướng mắc trong quan hệ giữa Nga và NATO cũng như với Mỹ và các nước phương Tây.
Vấn đề thứ ba có ý nghĩa quan trọng là việc triển khai hệ thống phòng thủ tên lửa của Mỹ ở châu Âu. Trong thời gian lãnh đạo đất nước trên cương vị cao nhất, Tổng thống V.Putin đã tỏ ra cương quyết và cứng rắn phản đối vấn đề này. Ông
không bao giờ đồng ý với những giải thích của Mỹ về sự cần thiết của hệ thống phòng thủ tên lửa ở châu Âu. Ông luôn cho rằng đây là vấn đề ảnh hưởng trực tiếp tới nước Nga, đe dọa an ninh Liên bang Nga. Vì những tranh cãi trên mà mối quan hệ Nga - Mỹ đã có những lúc gay gắt. Và kết quả là trong hai nhiệm kỳ của Tổng thống V.Putin, nước Mỹ đã không thể triển khai hệ thống phòng thủ tên lửa ở châu Âu (Thực tế vào tháng 9 năm 2009, Mỹ đã từ bỏ nỗ lực triển khai lá chắn tên lửa trên mặt đất tại Ba Lan và Czech do vấp phải sự phản đối của Nga. Tuy nhiên, đến đầu năm 2010, Mỹ lại quyết định triển khai hệ thống lá chắn mới, sẽ chỉ ngăn chặn tên lửa tầm ngắn và tầm trung, cả trên biển và trên mặt đất). Vấn đề hệ thống phòng thủ tên lửa ở châu Âu sẽ còn là vấn đề nổi cộm trong quan hệ Nga - Mỹ. Cùng với các bất đồng khác (trong vấn đề Iran, mở rộng NATO, SNG,…), bên cạnh những đồng thuận (chống chủ nghĩa khủng bố, hợp tác kinh tế thoát khỏi khủng hoảng,…) sẽ làm nên mối quan hệ rất phức tạp giữa hai quốc gia này.
Ngoài ra, còn phải kể đến việc Mỹ và các nước lớn, hoặc trung tâm trên thế giới luôn có chính sách kìm chế Nga trên con đường phát triển, không muốn Liên bang Nga như một Liên Xô trước đây. Điều này cũng là một thách thức lớn đối với nước Nga trong hoạt động ngoại giao nhằm khẳng định vị thế của mình trên trường quốc tế.
Như vậy, tình hình đối nội và đối ngoại của nước Nga dưới chính quyền Tổng thống V.Putin vẫn còn không ít vấn đề. Đó thực sự là thách thức cho quá trình phát triển đất nước Liên bang Nga trong giai đoạn tiếp theo để thực sự đạt được mục tiêu đảm bảo an ninh quốc gia Liên bang Nga.