Xuất phát từ tình hình đất nước khó khăn trong nhiều lĩnh vực, văn kiện Chiến lược an ninh quốc gia Liên bang Nga đã nhấn mạnh trước hết tới các nguy cơ từ trong nước.
Trong lĩnh vực kinh tế, các nguy cơ hàng đầu và mang tính tổng thể chính là tổng sản phẩm quốc nội giảm sút, sức đầu tư và tiềm năng khoa học kỹ thuật xuống cấp, khu vực nông nghiệp đình trệ, hệ thống ngân hàng mất cân đối, nợ nhà nước với nước ngoài và trong nước tăng, chiều hướng xuất khẩu nặng về nhiên - nguyên liệu và năng lượng cũng như nhập khẩu thiên về lương thực, thực phẩm và hàng tiêu dùng, kể cả hàng thiết yếu. Với những nguy cơ đó, nền kinh tế Liên bang Nga sẽ rơi vào tình trạng sa sút, suy giảm nặng nề và kéo dài.
Tiềm năng khoa học kỹ thuật và công nghệ của đất nước suy yếu. Nhiều công trình nghiên cứu phát triển theo các hướng khoa học kỹ thuật có tầm quan trọng chiến lược bị cắt giảm. Dòng chất xám trí tuệ chảy ra nước ngoài. Đây là những nguy cơ làm cho Liên bang Nga mất vị thế tiên tiến trên thế giới, giảm tỷ trọng khoa học trong sản xuất, tăng sự lệ thuộc công nghệ vào nước ngoài và hủy hoại sức mạnh quốc phòng của đất nước.
Những quá trình tiêu cực trong kinh tế và mưu đồ ly khai ở một số chủ thể thuộc Liên bang dẫn đến mất ổn định tình hình chính trị, làm suy yếu không gian kinh tế thống nhất và các bộ phận trọng yếu như công nghệ sản xuất, giao thông vận tải, hệ thống tài chính ngân hàng, tín dụng và hệ thống thuế, dẫn đến khả năng phá vỡ không gian pháp lý thống nhất. Việc không gian pháp lý thống nhất bị mờ nhạt do xa rời nguyên tắc đặt chuẩn mực Hiến pháp lên trên các chuẩn mực của các chủ thể, sự quản lý nhà nước ở các cấp không suôn sẻ, là một nhân tố tiêu cực hàng đầu ảnh hưởng tới an ninh quốc gia, thậm chí cả sự toàn vẹn lãnh thổ của đất nước.
Kinh tế chia rẽ, xã hội phân tán, các giá trị tinh thần bị đảo lộn đang làm căng thẳng hơn quan hệ giữa các khu vực với trung ương, đe dọa thể chế nhà nước Liên bang cũng như các thể chế kinh tế xã hội của nước Nga.
Tư tưởng sắc tộc vị kỷ, trung dung và sô - vanh thể hiện trong hoạt động của một số tổ chức xã hội cũng như hiện tượng di dân không kiểm soát được tạo ra nguy cơ gia tăng chủ nghĩa dân tộc, ly khai và tôn giáo cực đoan ở một số khu vực, dẫn tới các xung đột trầm trọng.
Xã hội phân hóa thành nhóm nhỏ những người giàu, trong khi đại bộ phận dân chúng sống thiếu thốn, sống dưới mức nghèo khổ, nạn thất nghiệp gia tăng và không khí xã hội căng thẳng là những nguy cơ đe dọa an ninh quốc gia Liên bang Nga về mặt xã hội.
Trong quá trình hình thành thể chế chính trị - xã hội và hoạt động kinh tế, nguy cơ tội phạm hóa các quan hệ xã hội xuất hiện và đang có chiều hướng tăng nhanh. Những sai lầm mắc phải trong giai đoạn đầu cải cách các hệ thống kinh tế, quân sự và bảo vệ pháp luật cũng như trong các lĩnh vực hoạt động khác của Nhà nước, nền tảng pháp lý chưa hoàn thiện và Nhà nước chưa có chính sách xã hội đủ mạnh, sự xuống cấp về tinh thần - đạo đức trong xã hội là nhân tố chủ yếu kích thích tội phạm, đặc biệt là tội phạm có tổ chức và tham nhũng phát triển mạnh. Những sai lầm này làm suy yếu cơ sở pháp lý kiểm soát tình hình đất nước. Cơ cấu tội phạm luồn lách vào một số bộ phận chính quyền hành pháp và lập pháp, xâm nhập lĩnh vực quản lý ngân hàng, các ngành sản xuất lớn, các tổ chức thương mại và mạng lưới sản xuất hàng hóa. Do đó cuộc đấu tranh chống tội phạm và tham nhũng không chỉ mang tính pháp lý mà cả tính chính trị.
Nguy cơ khủng bố và tội phạm có tổ chức tăng lên là hậu quả của các cuộc xung đột do sự tranh giành quyền lực giữa các phe phái vì những lợi ích cục bộ và mang tính sắc tộc hẹp hòi. Các biện pháp phòng ngừa tội phạm hiệu quả thấp, các đảm bảo về pháp lý cũng như cơ sở vật chất, kỹ thuật cho các hoạt động chống
khủng bố và tội phạm có tổ chức lại không đầy đủ, tình trạng nhiều cán bộ có trình độ nghiệp vụ cao rời bỏ các cơ quan bảo vệ pháp luật càng làm các nguy cơ này tăng lên đối với cá nhân, xã hội và Nhà nước.
Tình hình môi sinh xấu đi cũng như các nguồn tài nguyên thiên nhiên bị cạn kiệt liên quan trực tiếp đến thực trạng của nền kinh tế và nhận thức của xã hội về tính chất toàn cầu và tầm quan trọng của những vấn đề trên. Các nguyên nhân dẫn đến tình trạng xuống cấp của môi trường là do sự phát triển quá nhanh, quá mạnh của ngành công nghiệp nhiên liệu - năng lượng, các cơ sở pháp lý cho các hoạt động bảo vệ môi sinh chưa đầy đủ, việc sử dụng các công nghệ bảo vệ môi sinh còn hạn chế, trình độ văn hoá của người dân còn thấp trong việc bảo vệ môi trường.
Nguy cơ đe dọa sức khỏe thể chất của dân tộc biểu hiện qua tình trạng khủng hoảng của hệ thống y tế và bảo trợ xã hội cho người dân, qua tệ nạn uống rượu và sử dụng các chất ma túy ngày càng nhiều.
Hậu quả khủng hoảng xã hội sâu sắc làm cho mức sinh đẻ và tuổi thọ trung bình giảm, cơ cấu dân số và dân tộc trong xã hội biến đổi, tiềm lực lao động là nền tảng chủ yếu phát triển sản xuất bị phá vỡ, gia đình là tế bào xã hội bị coi nhẹ, các giá trị tinh thần, đạo đức và sáng tạo trong xã hội xuống cấp.
Mặt khác, quá trình cải cách tổ chức quân sự và tổ hợp công nghiệp quốc phòng kéo dài, việc cung cấp tài chính không đủ cho ngành quốc phòng Nga cũng như việc thiếu cơ sở pháp lý hoàn thiện đã và đang làm tăng những tiêu cực trong lĩnh vực quân sự. Trong giai đoạn hiện nay, mức độ sẵn sàng chiến đấu, cũng như trình độ tác chiến thấp của lực lượng vũ trang Nga hay sự thiếu đồng bộ trong trang bị vũ khí, khí tài và các thiết bị quân sự chuyên dụng cùng với những vấn đề xã hội gay gắt khác, làm suy yếu nền an ninh quân sự của Liên bang Nga nói chung.
Như vậy, cuộc khủng hoảng ngày càng sâu sắc trong các lĩnh vực chính trị, kinh tế, quân sự, xã hội và tinh thần có thể làm nước Nga mất đi những thành quả dân chủ. Thêm vào đó, sự suy yếu trong hoạt động kiểm soát của Nhà nước, sự yếu
kém của các cơ chế pháp lý và kinh tế đang làm tăng nguy cơ trong tất cả các lĩnh vực đe dọa đến an ninh quốc gia của Liên bang Nga.