Trên cơ sở những định hướng chiến lược phát triển toàn diện và lâu dài của đất nước, của tỉnh Phú Thọ trường Đại học Hùng Vương đã xây dựng Đề án "Phát
triển trường Đại học Hùng Vương giai đoạn 2006 - 2015". Mục tiêu của Đề án là: "Xây dựng trường Đại học Hùng Vương là trường đại học đa ngành, đa cấp, đào tạo nguồn nhân lực có chất lượng cao; Một trung tâm nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ phục vụ cho sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Phú Thọ và khu vực. Định hướng phát triển của nhà trường trong giai đoạn tới là: - Từng bước xây dựng các chương trình đào tạo hiện đại, hấp dẫn, linh hoạt, đa dạng các loại hình đào tạo nhằm phục vụ nhiệm vụ đào tạo nguồn nhân lực có chất lượng cao, gắn với nghiên cứu khoa học - chuyển giao công nghệ phục vụ cho sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Phú Thọ và các tỉnh lân cận - Nâng cao chất lượng đào tạo toàn diện về văn hóa, nghiệp vụ và tư tưởng đạo đức cho sinh viên. Rèn nghề, rèn nghiệp vụ luôn được Nhà trường coi là công tác trọng tâm, quan trọng trong quá trình đào tạo.
- Xây dựng đội ngũ cán bộ, đào tạo bồi dưỡng nâng cao trình độ đội ngũ giảng viên tâm huyết, giỏi chuyên môn, giàu trí tuệ, tinh thông nghiệp vụ đủ sức giải quyết nhanh chóng, hiệu quả các vấn đề thực tiễn cuộc sống đặt ra. Cố gắng tạo điều kiện và môi trường làm việc tốt nhất để thu hút được những nhà khoa học danh tiếng, xuất sắc, có đức, có tài, gắn bó với sự nghiệp khoa học - đào tạo, tập hợp thành đội ngũ vững mạnh kế thừa và phát huy không ngừng những thành quả đã đạt được.
- Tăng cường công tác nghiên cứu khoa học; kết hợp hài hòa, hợp lý và hiệu quả giữa nghiên cứu cơ bản và nghiên cứu ứng dụng, phát huy tiềm năng nghiên cứu ứng dụng triển khai; Coi nghiên cứu khoa học là nhân tố quyết định nâng cao chất lượng đào tạo, là thước đo định giá trình độ và chất lượng một trường đại học có đẳng cấp. Nghiên cứu khoa học phải bám sát thực tiễn cuộc sống, coi đó là cội nguồn cảm hứng sản sinh ra các chương trình, đề tài, nhiệm vụ khoa học và sản phẩm khoa học - công nghệ.
- Quan tâm đến xây dựng, sử dụng cơ sở vật chất. Tập trung đầu tư, khai thác triệt để và hiệu quả cơ sở vật chất, đặc biệt là các phòng thí nghiệm trọng điểm quốc gia và đầu tư tập trung. Phải coi đây là nơi thực sự tạo ra sản phẩm
khoa học góp phần nâng cao trình độ, chất lượng đào tạo và năng lực khoa học, đặc biệt đối với đội ngũ cán bộ trẻ.
- Không ngừng phát triển vốn xã hội, trong đó đặc biệt quan tâm mối quan hệ hợp tác song phương và đa chiều với các trường đại học, viện nghiên cứu, các tổ chức, doanh nghiệp trong và ngoài nước; thu hút các nhà khoa học, giảng viên và sinh viên quốc tế đến tham gia nghiên cứu, giảng dạy và học tập. - Tăng cường hiệu quả công tác điều hành và quản lý, trong đó cải cách hành chính được coi là khâu đột phá.