Mô hình tổ chức khai thác theo hình thức tổ hợp tác sản xuất luôn mang lại hiệu quả cao và ổn định, nhưng trên thực tế vẫn còn nhiều hộ duy trì phương thức khai thác đơn lẻ chấp nhận hiệu quả thấp và nhiều rủi ro. Nguyên nhân là do còn một số khó khăn sau:
- Ngư dân có tàu khai thác đơn l ẻ với nguồn vốn hạn hẹp không có khả năng trang bị thêm tàu để khai thác theo nhóm.
- Khai thác đơn lẻ hiệu quả thấp lại thiếu vốn l ưu động phải vay, mượn của nậu, vựa làm cho lợi nhuận đã thấp lại càng thấp hơn (do phải thêm chi phí trả lãi hoặc bán sản phẩm giá thấp).
- Thực tế trên 12 tổ hợp tác sản xuất của tỉnh Tiền Giang hiện nay đều do ngư dân tự phát thành lập trên cơ sở đồng thuận của các thành viên và phần lớn thường do một chủ quản lý. Chưa có tác động sâu của Nhà nước để hình thành các mô hình chuẩn cho từng loại nghề khai thác xa bờ ở địa phương mặc dù tỉnh đã có chủ trương phát triển các loại hình kinh tế hợp tác trên địa bàn tỉnh.
- Chính quyền địa phương cấp cơ sở còn nhiều lúng túng, chưa mạnh dạn trong chỉ đạo xây dựng các mô hình tổ hợp tác sản xuất các nghề khai thác xa bờ.
- Mô hình tổ chức khai thác theo nhóm nhưng với hình thức các tàu tự quản lý sản xuất và độc lập về tài chính vẫn còn một số tồn tại – hạn chế cần được nghiên cứu thêm để có hướng khắc phục.