Hệ thống thuế đối với chứng khoán đã được sửa đổi vài lần và cải cách từ 1987 – 1989 đã đặt nền móng cơ bản cho hệ thống thuế đối với chứng khoán hiện tại. Căn cứ theo những đợt cải cách này, cấu trúc các mức thuế được đơn giản từ chỗ gồm 15 mức (10,5% - 70%) đã giảm xuống còn 5 mức (10% - 50%), và cấu trúc thuế đối với thu nhập từ tài chính cũng đã được xem xét kỹ lưỡng.
Năm 1999, trong lĩnh vực thuế đối với chứng khoán, thuế đối với giao dịch chứng khoán và thuế đối với TTCK (đánh vào các giao dịch tương lai và quyền lựa chọn) đã bị xoá bỏ vào tháng 4/1999. Và với mục tiêu nhằm tăng cường tính quốc tế hoá đồng yên, hàng loạt các biện pháp đã được thực hiện trong thời gian này, kể cả việc miễn thuế khấu trừ tại nguồn với lợi tức từ việc mua lại chứng chỉ Kho bạc và chứng chỉ tài chính đăng ký trên sàn giao dịch mà các đối tượng không cư trú đáp ứng những tiêu chuẩn nhất
41
định nhận được, và lãi tiền vay mà những đối tượng không cư trú nhận được từ các giấy nợ và trái phiếu chính phủ đăng ký trên sàn giao dịch.
Năm 2008, Nhật Bản đã tiến hành cải cách hệ thống thuế liên quan đến hoạt động tài chính và chứng khoán, cụ thể như sau:
Thuế lãi vốn từ giao dịch chuyển nhượng các chứng khoán niêm yết:
Hiện tại, chênh lệch thu được từ việc bán chứng khoán, về nguyên tắc, sẽ chịu thuế riêng biệt trên cơ sở số báo cáo. Cụ thể hơn, thu nhập cổ phần, trừ chi phí mua cổ phần, các chi phí phát sinh do việc chuyển nhượng cổ phần đó, và lãi tiền vay phải trả có liên quan, khoản này sẽ phải nộp thuế riêng biệt với thu nhập khác với thuế suất ưu đãi 10% áp dụng đối với lãi vốn thu được từ việc chuyển nhượng các chứng khoán niêm yết, mức thuế này bị bãi bỏ vào 31/12/2008. Lãi vốn thu được từ sau ngày 01/01/2009 sẽ bị đánh thuế với thuế suất là 20% (nhà nước 15%, địa phương 5%), kể từ thời điểm 01/01/2009 đến 31/12/2010 sẽ áp dụng thêm mức thuế trần hàng năm là 5 triệu yên tính trên một giao dịch chuyển nhượng chứng khoán có phát sinh thuế. Nếu bất kỳ nhà đầu tư nào chịu lỗ từ việc bán chứng khoán, nhà đầu tư có thể bù trừ số lỗ đó vào lợi tức từ việc bán các chứng khoán mà lợi tức được báo cáo của chứng khoán này cũng áp dụng thuế riêng biệt. Tuy nhiên, số lỗ đó không thể bù trừ vào các thu nhập khác hoặc chuyển sang năm sau. Lỗ do đầu tư chứng khoán của các công ty vừa hoặc nhỏ đáp ứng được những tiêu chuẩn nhất định có thể được chuyển sang ba năm sau tiếp theo năm phát sinh khoản lỗ đó.
Thuế đối với thu nhập từ cổ tức của các chứng khoán niêm yết:
Mức Thuế khấu trừ tại nguồn ưu đãi hiện tại là 10% (nhà nước là 10%, địa phương là 3%) đánh vào thu nhập từ cổ tức của các chứng khoán niêm yết, mức thuế này sẽ áp dụng tới ngày 31/03/2009 theo Luật cải cách thuế năm 2007. Tuy nhiên, quy định này chính thức bãi bỏ vào ngày 31/12/2008. Từ ngày 01/01/2009, sẽ thực hiện khấu trừ thuế tại nguồn trên thu nhập từ
42
cổ tức của chứng khoán niêm yết với thuế suất là 20% (nhà nước là 15%, địa phương là 5%).
Tuy nhiên, theo quy định thì từ 01/01/2009 đến 31/12/2010, sẽ không thực hiện khấu trừ thuế đối với các cổ đông lớn- đây là một chính sách ưu đãi nhằm khuyến khích đầu tư dài hạn. Tuy nhiên chính sách ưu đãi này không áp dụng đối với trường hợp thu nhập từ cổ tức có gộp chung với thu nhập chịu thuế từ giao dịch cổ phiếu niêm yết (ngoại trừ tổng nguồn thu này trong năm nhỏ hơn hoặc bằng 10.000 yên hoặc nhiều hơn 1 triệu yên).
Từ 01/01/2009 đến 31/12/2010, các nhân cư trú quốc tịch Nhật Bản sẽ bị đánh thuế trên từng khoản mục thu nhập với thuế suất là 20% ( thuế nhà nước là 15%, thuế địa phương là 5%). Theo mức thuế ấn định đó, thuế suất khấu trừ tại nguồn là 10% (nhà nước 7%, địa phương 3%) được áp dụng đối với thu nhập từ cổ tức của các chứng khoán niêm yết trong trường hợp thu nhập này trong năm lớn hơn hoặc bằng 1 triệu yên.
Ngoài ra, thuế suất áp dụng đối với các khoản lãi vay là 20%; Lãi trái phiếu, lãi tiền gửi ngân hàng là 15% (chỉ áp dụng với người không cư trú).