Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam được tổ chức ở 4 cấp: cấp Trung ương, cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã. Dưới cấp xã có các chi hội, các tổ phụ nữ. Hiện nay Hội có gần 15 triệu hội viên ở khắp các địa phương trên toàn quốc.
Trung ương Hội gồm 17 ban, đơn vị (Văn phòng, Ban Tổ chức, ban Tuyên giáo, ban Gia đình Xã hội, ban Dân tộc Tôn giáo, ban Hỗ trợ phụ nữ phát triển kinh tế, ban Chính sách Pháp luật, ban Quốc tế, ban Kế hoạch Tài chính, ban Công tác phía Nam, Báo Phụ nữ Việt Nam, Nhà xuất bản Phụ nữ, Trường Cán bộ phụ nữ Trung ương, Trung tâm Phụ nữ và phát triển, Trường Trung cấp nghề Lê Thị Riêng, Tổ chức tài chính quy mô nhỏ trách nhiệm hữu hạn một thành viên Tình thương, Công ty Du lịch Hòa Bình).
Hội Liên hiệp Phụ nữ cấp tỉnh/thành tùy thuộc từng tỉnh có thể gồm Văn phòng hoặc 5, 6 ban chuyên môn. Ngoài các ban chuyên môn là Văn phòng, Tổ chức, Tuyên giáo, Gia đình xã hội, có 36 tỉnh/thành có ban Hỗ trợ phụ nữ phát triển kinh tế, 41 tỉnh/thành có ban Chính sách - Luật pháp, 31 tỉnh có Trung tâm dạy nghề và giới thiệu việc làm cho phụ nữ, 18 tỉnh, thành có trung tâm tư vấn, hỗ trợ kết hôn… Ngoài ra, do đặc thù của từng địa phương nên 4 tỉnh có thêm ban Dân tộc - Tôn giáo.
Hội Liên hiệp Phụ nữ cấp huyện gồm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch và cán bộ chuyên trách. Hội Liên hiệp Phụ nữ cấp xã chỉ có Chủ tịch Hội Liên
hiệp Phụ nữ xã thuộc biên chế, hưởng lương ngân sách, các Phó Chủ tịch, các Ủy viên Ban Chấp hành hưởng phụ cấp tùy điều kiện của từng địa phương. Dưới cấp xã có các chi, tổ phụ nữ theo địa bàn dân cư hoặc các loại hình tập hợp phụ nữ theo sở thích, ngành nghề, độ tuổi… như Câu lạc bộ nữ thanh niên, tổ phụ nữ tín dụng tiết kiệm…
Với hệ thống 4 cấp từ Trung ương đến địa phương và bộ máy các bộ phận chuyên trách ở cấp Trung ương và tỉnh như hiện nay, Hội Liên hiệp phụ nữ Việt Nam hoàn toàn có khả năng triển khai thực hiện đồng bộ, thống nhất các hoạt động công tác Hội, trong đó có các hoạt động tham gia vào quản lý nhà nước ở tất cả các cấp.