Để hoàn thiện chế định tài phán đối với bồi thường thiệt hại trong hoạt động tố tụng hình sự gây ra, qua việc nghiên cứu cho thấy, một mặt phải nghiên cứu xây dựng một hệ thống cơ quan tài phán bồi thường oan, sai trong tố tụng hình sự theo hướng độc lập, không phụ thuộc vào hệ thống tổ chức của Toà án nhân dân, không phụ thuộc vào địa giới hành chính, có tính chuyên môn cao để đảm bảo việc giải quyết yêu cầu bồi thường oan, sai được khách quan, công bằng và đúng pháp luật, đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của cá nhân, cơ quan, tổ chức bị thiệt hại do người của cơ quan tiến hành tố tụng gây ra trong quá trình tiến hành tố tụng. Mặt khác, phải hoàn thiện các quy định của pháp luật về trình tự, thủ tục giải quyết yêu cầu BTTH cho người bị oan, sai trong tố tụng hình sự. Cụ thể là:
Thứ nhất, xây dựng cơ quan tài phán về bồi thường oan, sai trong tố tụng theo hướng độc lập với Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát và Toà án theo các mô hình sau:
- Mô hình thứ nhất: Xây dựng một hệ thống cơ quan giải quyết bồi thường oan, sai nằm ngoài hệ thống Toà án nhân dân, chịu trách nhiệm trực tiếp trước Quốc hội. Nhân sự của hệ thống cơ quan này được tuyển chọn từ các luật sư có năng lực, uy tín không làm việc tại các cơ quan hành pháp và cơ quan tiến hành tố tụng. Với mô hình cơ quan này, sẽ tạo được sự độc lập hoàn toàn với các cơ quan tiến hành tố tụng gây thiệt hại, không bị các sự chi phối bởi các yếu tố quan hệ ngành, địa phương... nên sẽ đảm bảo việc phán quyết đúng đắn, khách quan và nhanh chóng, khắc phục tốt và thỏa đáng các yêu cầu bồi thường thiệt hại cho người bị xử lý oan, sai do người của cơ quan tiến hành tố tụng hình sự gây ra.
- Mô hình thứ hai: Thành lập một cơ quan tài phán trực thuộc Bộ Tư pháp theo từng vụ việc phát sinh cụ thể, với các thành phần gồm các chuyên viên pháp lý thuộc Bộ Tư pháp và các luật sư có năng lực, uy tín. Mô hình này tạo ra sự linh hoạt trong việc giải quyết các vụ việc, trong sự quản lý của cơ quan Nhà nước và không có mối liên hệ ràng buộc với cơ quan tiến hành tố tụng, tạo ra sự độc lập trong phán quyết.
- Mô hình thứ ba: Bộ Tư pháp giao cho một cơ quan chuyên trách có chức năng giải quyết bồi thường oan, sai trong tố tụng hình sự. Đây là mô hình này phù hợp hơn cả trong tình hình hiện nay.
` Thứ hai, thành viên của cơ quan tài phán bồi thường oan, sai trong tố tụng do Bộ Tư pháp bổ nhiệm hoặc tuyển dụng, không bị ràng buộc bởi mối quan hệ công tác với các cơ quan trên, thời hạn nhiệm kỳ kéo dài hơn thời hạn bổ nhiệm của Thẩm phán hiện hành và không bổ nhiệm lại; cơ quan tài phán bồi thường oan, sai trong tố tụng được hình thành theo khu vực, không phụ
thuộc vào địa giới hành chính, không bị ràng buộc bởi mối quan hệ gần gũi với các thiết chế quyền lực khác.
Thứ ba, ban hành quy định riêng về quy trình thụ lý, tài phán giải quyết các yêu cầu bồi thường oan, sai trong tố tụng theo hướng thủ tục đơn giản, thời gian giải quyết ngắn gọn, nhanh chóng; đồng thời mở rộng phạm vi, đối tượng yêu cầu bồi thường thiệt hại, thời hiệu khởi kiện nhằm đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người bị thiệt hại. Theo đó, cần xác định yêu cầu bồi thường thiệt hại trong tố tụng hình sự là một quan hệ dân sự và người có quyền yêu cầu bồi thường thiệt hại phải được quyền chủ động trong quan hệ này. Người bị thiệt hại hoặc người có quyền yêu cầu bồi thường thiệt hại không nhất thiết phải thực hiện và phụ thuộc vào cả một quá trình dài thụ lý giải quyết của cơ quan gây đã thiệt hại mà họ chỉ cần đưa ra yêu cầu bồi thường thiệt hại. Trong thời gian ngắn nhất, cơ quan gây thiệt hại hoặc cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải trả lời có bồi thường theo đúng yêu cầu đó hay không, trừ trường hợp các bên thỏa thuận về thời gian thương lượng hoặc cung cấp chứng cứ chứng minh cho thiệt hại. Hết thời hạn do các bên thỏa thuận, người bị thiệt hại có quyền khởi kiện hoặc gửi đơn ngay đến cơ quan có chức năng tài phán bồi thường oan, sai để phân xử.
Ngoài ra, cần thiết thành lập Quỹ bồi thường Nhà nước trực thuộc Kho bạc Nhà nước hoặc Bộ Tài chính để thực hiện kịp thời việc chi trả các khoản BTTH cho người bị hại hoặc người yêu cầu BTTH khi có phán quyết có hiệu lực pháp luật của cơ quan tài phán có thẩm quyền hoặc sự thỏa thuận về mức bồi thường của các bên. Như vậy mới đảm bảo phán quyết có hiệu lực của cơ quan tài phán BTTH do người có thẩm quyền của CQTHTTHS gây ra được thi hành một cách thực sự, đáp ứng được yêu cầu của người bị thiệt hại và gia đình của họ, khắc phục được phần nào những thiệt hại cả về tinh thần và vật chất mà họ phải gánh chịu do bị hàm oan.