Bất cập giữa Luật Khiếu nại, tố cáo và Luật Thanh tra là thời hạn thanh tra (trong giải quyết khiếu khiếu nại chính là thời gian xác minh, kết luận nội dung khiếu nại) và thời hạn khiếu nại; tiêu chí để tính thời gian thanh tra, thời gian giải quyết khiếu nại.
Theo khoản 1 Điều 45 Luật Thanh thì thời hạn thực hiện một cuộc thanh tra được quy định như sau: Cuộc Thanh tra do Thanh tra Chính phủ tiến hành không quá 60, trường hợp phức tạp thì có thể kéo dài, nhưng không quá
90 ngày. Đối với cuộc Thanh tra đặc biệt phức tạp, liên quan đến nhiều lĩnh vực, nhiều địa phương thì thời hạn thanh tra có thể kéo dài, nhưng không quá 150 ngày;
Cuộc thanh tra do Thanh tra tỉnh, Thanh tra bộ tiến hành không quá 45 ngày, trường hợp phức tạp thì có thể kéo dài, nhưng không quá 70 ngày;
Cuộc thanh tra do Thanh tra huyện, thanh tra sở tiến hành không quá 30 ngày; ở miền núi, nơi nào đi lại khó khăn thì thời hạn thanh tra có thể kéo dài, nhưng không quá 45 ngày”.
Như vậy, có thể thấy thời hạn thanh tra còn kéo dài hơn cả thời gian giải quyết khiếu nại và tiêu chí để tính thời gian cũng khác. Nếu như tiêu chí để tính thời gian giải quyết khiếu nại theo Luật Khiếu nại tố cáo là giải quyết khiếu nại lần đầu, giải quyết khiếu nại lần hai; vụ việc phức tạp, vùng sâu, vùng xa đi lại khó khăn thì tiêu chí để tính thời gian thanh tra là trường hợp phức tạp, đặt biệt phức tạp, ở miền núi, nơi nào đi lại khó khăn; ngoài ra còn phải phụ thuộc vào cuộc thanh tra đó do ai thực hiện, là Thanh tra Chính phủ, Thanh tra tỉnh, Thanh tra Bộ hay Thanh tra huyện, Thanh tra Sở.
Nếu xét theo quy trình giải quyết khiếu nại thì thời gian thanh tra (xác minh, kết luận nội dung khiếu nại) phải nằm trong khoảng thời gian giải quyết khiếu nại nhưng theo quy định về thời tiến hành một cuộc thanh tra của Luật Thanh tra đã nêu trên thì rõ ràng là bất cập, thời gian thanh tra kéo dài hơn so với thời gian giải quyết khiếu nại.