Sau khi gia nhập khu vực mậu dịch tự do ASEAN (AFTA) và chuẩn bị để gia nhập WTO, việc cơ cấu lại một cỏch cơ bản hệ thống thuế quan đó được tiến hành từ đầu năm 1999, lần đầu tiờn Hệ thống Hài hoà húa thuế quan được ỏp dụng, biểu thuế xuất nhập khẩu được sửa đổi hợp lý hơn. Luật thuế xuất nhập khẩu mới nhất được Quốc hội ban hành ngày 14/6/2005, quy định ba loại thuế suất đối với hàng húa nhập khẩu gồm thuế suất ưu đói, thuế suất ưu đói đặc biệt và thuế suất thụng thường:
Thuế suất ưu đói ỏp dụng đối với hàng húa nhập khẩu cú xuất xứ từ nước, nhúm nước hoặc vựng lónh thổ thực hiện đối xử tối huệ quốc trong quan hệ thương mại với Việt Nam (Liờn minh Chõu Âu, Nhật Bản, hầu hết cỏc nước chõu Á ngoài ASEAN, New Zealand, Australia và Hoa Kỳ).
Thuế suất ưu đói đặc biệt ỏp dụng đối với hàng húa nhập khẩu cú xuất xứ từ nước, nhúm nước hoặc vựng lónh thổ thực hiện ưu đói đặc biệt về thuế nhập khẩu với Việt Nam, cho hàng nhập khẩu từ cỏc nước thành viờn Khu vực thương mại tự do ASEAN(AFTA).
Thuế suất thụng thường ỏp dụng đối với hàng húa nhập khẩu cú xuất xứ từ nước, nhúm nước hoặc vựng lónh thổ khụng thực hiện đối xử tối huệ quốc và khụng thực hiện ưu đói đặc biệt về thuế nhập khẩu với Việt Nam. Thuế suất thụng thường được quy định khụng quỏ 70% so với thuế suất ưu đói của từng mặt hàng tương ứng do Chớnh phủ quy định.
Ở Việt Nam Quốc hội giữ thẩm quyền quyết định biờn độ thuế đối với từng sản phẩm và Chớnh phủ được điều chỉnh cỏc mức thuế trong biờn độ đó xỏc định.