Thứ nhất, trong doanh nghiệp vẫn còn tính trạng xem nhẹ lao động có trình độ chuyên môn nghiệp vụ lữ hành mà coi trọng lao động có trình độ ngoại ngữ. Do đường lối, chính sách của Hà Nội Red Tours là hoạt động kinh doanh ở lĩnh vực outbound nên doanh nghiệp thường ưu tiên lao động có khả năng ngoại ngữ hơn. Đây cũng chính là nguyên nhân ảnh hưởng đến khả năng nghiên cứu thị trường, thiết kế sản phẩm, khả năng kinh doanh của doanh nghiệp do đó hiệu quả kinh doanh chưa cao.
Thứ hai, quy trình tổ chức hoạt động kinh doanh chưa được Hà Nội Red Tours thực sự đầu tư, đặc biệt ở khâu thiết kế, khâu xúc tiến hỗn hợp và khâu bán hàng; chưa có một bộ phận chuyên biệt về mảng Marketing.
Thứ ba, chưa thực sự kinh doanh bắt đầu từ thị trường, không phân đoạn thị trường, không có một thị trường mục tiêu nhất định. Các chương trình du lịch của Hà Nội Red Tours vẫn còn mang tính đại trà cao, chưa phân loại được khách hàng.
Thứ tư, mặc dù đã có những tiến bộ trong mặt cải cách khoa học công nghệ bằng việc đầu tư các thiết bị công nghệ thông tin, website, có hệ thống dữ liệu khách hàng nhưng thiếu chiều sâu, Hà Nội Red Tours vẫn còn hạn chế trong việc áp dụng công nghệ vào hoạt động quảng cáo, bán hàng và thanh toán. Hà Nội Red Tours vẫn chưa tận dụng lợi thế website của mình trong khấu bán hàng trực tuyến, chưa xác định đúng tầm quan trọng đặc biệt và vai trò của bộ phận này đối với hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp.
Thứ năm, tỉ lệ trích lợi nhuận ròng sau thuế của Hà Nội Red Tours về công ty mẹ - Công ty Cổ phần Đầu tư Hùng Vương còn cao, chiếm 50% lợi nhuận. Đồng thời, phương hướng, mục tiêu hiện tại của Hà Nội Red Tours là đảm bảo ổn định về doanh thu, chứ không phải lượng khách. Do đó, việc mở rộng và đảm bảo thị phần dựa trên quy mô của doanh nghiệp còn gặp nhiều khó khăn.
