Thế kỷ XVII, khi cuộc nội chiến Trịnh- Nguyễn đang diễn ra ác liệt cũng chính là lúc ngoại thương rất phát triển. Cuộc chiến này làm tăng thêm hơn nữa tầm quan trọng của tiềm lực quân sự của cả hai xứ và đặt ra vấn đề phát triển hệ thống khí tài. Do đó, trong gần nửa thế kỷ kéo dài cuộc nội chiến Đàng Trong – Đàng Ngoài, chính quyền chúa Nguyễn ở Đàng Trong và chính quyền Lê - Trịnh ở Đàng Ngoài đều ra sức tìm kiếm sự chi viện từ bên ngoài. Trong các thông thư chúa Nguyễn gửi đi Ma Cao hay các thư từ trao đổi với Công ty Đông Ấn Hà Lan tại Batavia, chúa Nguyễn đều thể hiện sự quan tâm
đến khí giới. Thông qua hoạt động thương mại, các chúa Nguyễn ở Đàng Trong đã thu mua được súng và các khí tài quân sự của Bồ Đào Nha, Hà Lan, Anh và các thương nhân ngoại quốc khác đến buôn bán ở Đàng Trong. Theo Boxer, các nhà cầm quyền họ Nguyễn rất lo lắng làm sao để có được súng từ xưởng đúc súng nổi tiếng Bocarro của người Bồ Đào Nha ở Ma Cao. Xưởng này hoạt động từ 1627- 1680 và sản xuất ra các sản phẩm được nhìn nhận là loại súng đồng tốt nhất tại phương Đông [98; tr.167]. Lái buôn Anh là Bowyear đến Đàng Trong năm 1695 gặp chúa Minh vương cũng được “chúa dẫn đi xem những cỗ thần công đặt bên trong khu cung điện để xem Công ty liệu có thể cung cấp những súng như vậy không. Đó là những cỗ thần công bắn đạn nặng từ 7- 8 livre” [45; tr.435]. Theo Maybon, “Trong các báo cáo, thư từ của người Hà Lan, người Anh luôn nói tới việc mua súng thần công, đạn dược, thuốc súng và diêm tiêu” [63; tr.73]. Nhu cầu cấp bách của họ Nguyễn về khí giới đã trực tiếp kích thích nền ngoại thương của Đàng Trong phát triển. Khi giao thương với các nước phương Tây được tiến hành cũng tác động ngược trở lại đối với quân sự của Đàng Trong.
Khi đem những hàng hóa là vũ khí và các loại nguyên liệu quân sự đến Đại Việt, các thương nhân nước ngoài không nhằm mục đích kiếm lời mà chủ yếu để tăng thêm sự thân mật trong quan hệ bang giao, phục vụ hoạt động giao thương. Lái buôn Hà Lan đã từng khẳng định: “Hàng hóa đem đến thường bị lỗ… Lãi nằm ở chuyến hàng cất ở đây mang đi”. Nhưng vì lợi nhuận của những chuyến hàng, sản vật, hương liệu ở đây nên họ cố gắng thỏa mãn phần nào nhu cầu của nhà nước dù ở mức độ buôn bán vũ khí hay tham gia vào cuộc chiến. Các chúa Trịnh hay chúa Nguyễn cũng ý thức được điều này nên càng triệt để lợi dụng các thương nhân phương Tây để trang bị vũ khí, phương tiện nhằm tăng cường sức mạnh quân sự, lấn át đối phương. C. Maybon đã từng tổng kết “các vua chúa Đàng Trong và Đàng Ngoài bằng
lòng với việc được các thương nhân châu Âu cung cấp vũ khí, đạn dược” [63; tr.69].
Trong số các thương nhân phương Tây buôn bán ở Đại Việt nói chung, Đàng Trong nói riêng, thương nhân Bồ Đào Nha và Hà Lan có can dự khá sâu rộng vào lĩnh vực quân sự. Lái buôn Bồ Đào Nha và Hà Lan vốn kình địch nhau trên thương trường quốc tế giờ lại gặp nhau ở Đại Việt. Hà Lan giúp họ Trịnh ở Đàng Ngoài, Bồ Đào Nha giúp chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Trong cuộc cạnh tranh người Bồ Đào Nha, người Hà Lan không được may mắn. Để có thể độc chiếm được thị trường Đàng Ngoài, các thương nhân Hà Lan đã lợi dụng cuộc chiến tranh giữa hai tập đoàn Trịnh- Nguyễn để mua chuộc chính quyền họ Trịnh bằng sự giúp đỡ các hoạt động quân sự trực tiếp chống lại họ Nguyễn ở Đàng Trong. Năm 1642, 1643, quân Hà Lan có các chiến hạm quân sự liên minh với quân Đàng Ngoài để tấn công vào Đàng Trong nhưng đều thất bại. Trong khi đó, thương nhân Bồ Đào Nha lại đạt được nhiều thành quả trong quá trình hợp tác với các chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Thương nhân Bồ Đào Nha đã mua chuộc chính quyền Đàng Trong bằng cách mang đến vũ khí và nguyên liệu cần cho chiến tranh như thần công, diêm sinh, kẽm, đồng… Họ còn mang đến thợ kỹ thuật (như Joao da Cruz) dạy cho chúa Nguyễn kỹ thuật đúc súng và mở một xưởng đúc súng ở Đàng Trong năm 1631. Thừa sai Louis Cheve đã tới thăm Joao da Cruz tại nhà ông này ở Huế vào năm 1664 và đã tả nơi ở của ông ở phường Đúc: Nhà vua đang đi thăm một trong số các lò. Lò này đặt ở cạnh nhà ông. Joao da Cruz xem ra hài lòng với công việc của mình. Mỗi năm ông kiếm được 5.000 equi (1.500 quan) không kể số tiền cấp cho gia đình ông [60; tr. 64]. Điều này được ghi chép trong Đại Nam thực lục Tiền biên “Từ năm 1631, tại Thuận Hóa đã có một xưởng đúc súng đại bác với 80 thợ. Xưởng này nằm tại nơi có tên là Phường Đúc ở Huế” [24, tr.48].
Nhà nước còn cho đặt ty Nội pháo tượng và hai đội Tả hữu pháo tượng. Lấy dân Phan Xá, Hoàng Giang (thuộc huyện Phong Lộc) lành nghề đúc súng sung bổ vào. Việc đúc súng đại bác, mỗi khẩu dùng 12 khối sắt, 10 cân gang, tiền than 3 quan 5 tiền. Đúc súng tay thì cứ 10 cây dùng 30 khối sắt, 30 cân gang và 10 quan tiền than [24, tr.48]. Vào 1653, pháo đội của chúa Nguyễn gồm ít nhất là 4 đơn vị khoảng 1.000 người. Kỹ thuật đúc súng của người Bồ đã nhanh chóng được áp dụng trong các xưởng sản xuất này. Maybon bình luận điều này trong tác phẩm của mình: “Những người An Nam như ta đã biết, vào thời ấy đã là những thợ đúc rất khéo tay, chắc hẳn họ đã học được phương pháp đúc súng của người châu Âu” [63; tr.69]. Do đó, người Đàng Trong có thể tự chế tạo đại bác với số lượng lớn hơn. Giữa những năm 1630 - 1660, các chúa Nguyễn đã có thể tạo cho mình ưu thế về quân sự chủ yếu nhờ trọng pháo. Chúa Nguyễn có 200 khẩu trọng pháo vào năm 1642, theo Johan van Linga, và 1.200 khẩu vào năm 1750. Tất cả đều bằng đồng, trong số này người ta thấy có nhiều khẩu có kích thước khác nhau, mang huy hiệu của Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha. Nhưng đặc biệt có 4 khẩu đại bác nặng dài khoảng 6m, mang huy hiệu Đàng Trong, trông thật đẹp. Niên đại các khẩu đại bác này được đúc là 1650- 1660. Trọng pháo hẳn là niềm kiêu hãnh lớn nhất của họ Nguyễn. Nhiều sử gia cho rằng ưu thế về trọng pháo của chúa Nguyễn là một trong những lý do chính giúp họ Nguyễn bảo vệ được nền độc lập cho Đàng Trong mặc dù quân đội họ chỉ bằng nửa thậm chí ¼ quân đội họ Trịnh [60; tr.65].
Bên cạnh đó, các chúa Nguyễn còn nhờ các thương nhân phương Tây mang nguyên liệu sang nước ngoài để đúc súng cho chúa. Năm 1651, chúa Nguyễn gửi 5.000 kali (3.000 kg) đồng sang Ma Cao và nhờ người Bồ Đào
Nha ở đây đúc đại bác cho chúa [62; tr.202]. Năm 1658, trong một cuộc tiếp xúc với các thừa sai Bồ Đào Nha liên quan đến việc mua vũ khí, chúa Nguyễn đã gửi cho Marquez- một thừa sai dòng Tên – 10.000 nén bạc để mua súng ở
Ma Cao. Nhưng cuộc hành trình của vị thừa sai này đã kéo dài mà không thấy quay lại. Đoán chắc là Marquez đã thất hứa lấy tiền chạy mất, chúa ra lệnh triệt hạ các nhà thờ trong nước. Đúng lúc ấy có tàu từ Ma Cao đến. Chúa vô cùng mừng rỡ đã chạy lên tàu và ra lệnh bắn ba phát thần công chào mừng vị thừa sai đã trở lại. Chúa vô cùng thích thú, không ngừng vuốt ve các khẩu đại bác như thể chúa đã nhìn thấy quân của chúa Trịnh bị tiêu diệt dưới làn đạn của các khẩu đại bác này. Chúa cũng ra lệnh trả lại cho các thừa sai các nhà thờ đã bị tịch thu và chính các thừa sai từ nay được tự do hoạt động trong lãnh thổ của chúa [83; tr.580]. Như vậy, lái buôn phương Tây đã không ngừng cung cấp vũ khí và phương tiện chiến tranh cho Đàng Trong. Đây là nhân tố rất quan trọng cho những chuyển biến mạnh mẽ của quân sự Đàng Trong.
Theo Bori, chính vì có súng trong tay mà Nguyễn Phúc Nguyên đã nảy ra ý định: “thành lập chính quyền và chống lại vua Đàng Ngoài, ông được cổ vũ không ít khi thấy mình bỗng dưng được cung cấp một số bộ phận khác nhau của trọng pháo được tìm thấy và vớt lên từ các tàu của người Bồ Đào Nha và người Hà Lan bị đắm và sau đó được tàu trong xứ gom lại”. Bên cạnh đó, “người Đàng Trong đã thành thạo trong việc sử dụng chúng đến độ họ đã vượt cả người châu Âu. Hàng ngày họ tập bắn tỉa và rồi họ trở nên hung hãn và dễ sợ, tự cao đến độ khi thấy tàu của châu Âu chúng ta tiến vào cảng của họ, những người pháo xạ của nhà vương dẫn quân với thái độ thách thức” [11, tr.26].
Các chúa Nguyễn luôn tìm cách tăng số lượng thuyền và mở rộng lực lượng thủy quân. Trong bức thư gửi Hội đồng giám đốc Công ty Đông Ấn Hà Lan VOC vào tháng 2 năm 1642, để kêu gọi viện trợ quân sự tấn công Đàng Trong, Jacob van Liesvelt đã tính toán rằng tổng số thuyền chiến ở Đàng Trong là 300 chiếc [46; tr.509]. Tuy nhiên đến năm 1695, sức mạnh thủy quân Đàng Trong đã tăng lên một cách đáng kinh ngạc. Theo Thomas
Bowyear, một thương nhân người Anh đến Đàng Trong năm 1695 – 1696, lực lượng thủy quân Đàng Trong thời Nguyễn Phúc Chu (1675- 1725) có đến 200 chiến hạm, mỗi chiếc có 16- 26 khẩu đại bác, 500 chiếc thuyền nhỏ từ 40- 44 tay chèo, 100 chiếc thuyền lớn từ 50- 70 tay chèo, ba chiếc của người Âu. Số thuyền châu Âu trong đội quân Đàng Trong có thể là do chúa Nguyễn mua lại của thương nhân châu Âu. Còn lại là những chiến thuyền đều do công xưởng của phủ chúa đóng [46; tr.509]. Nhờ có phương tiện đi biển lớn và an toàn đó mà chính quyền Đàng Trong đã thành lập đội Hoàng Sa- cho thuyền ra đảo Hoàng Sa, Bắc Hải (Trường Sa) để khai thác nguồn lợi hải sản, thu gom hóa vật, đo đạc lại hải trình và xác lập chủ quyền trên các đảo đại dương của tổ quốc.
Chiến thuyền Đàng Trong đều được trang bị 6 súng thần công và rất nhiều súng hỏa mai. Lúc nào Đàng Trong cũng có hơn 100 thuyền được trang bị vũ khí đầy đủ và sẵn sàng xung trận [11; tr.26]. Lực lượng hải quân và kinh nghiệm thủy chiến của Đàng Trong ngày càng phát triển. Kỹ thuật đóng thuyền đi biển có nhiều tiến bộ, người phương Tây trong các du ký của mình đã tỏ ra khâm phục trước các lực lượng hải quân hùng hậu của chúa Nguyễn. Nhờ đó, các chúa Nguyễn đã tăng cường việc phòng thủ bờ biển, thám sát các đảo ven bờ và ngoài khơi, lập các đội tuần tiễu ở biển Đông, thu lượm chiến lợi phẩm… Các nhà chức trách Đàng Trong cũng có nhiều cuộc tiếp xúc với các tàu buôn và phái bộ ngoại giao của các nước phương Tây, giải quyết và giúp đỡ một số vụ đắm tàu của người phương Tây ở ngoài khơi biển Đông trong đó có Hoàng Sa- Trường Sa.
Không ít người đến Đàng Trong và viết về vùng đất này mà lại không nói tới quân đội xứ sở này. Fiar Domingo Navarrete, trong cuốn Travelse and Comtroverries đã nổi hứng viết về đội quân mà ông không được thấy. “Quân lính của vương quốc này hoàn hảo nhất trong cả vùng, rất có kỷ luật. Nhà vua
giữ lại ở triều đình 40000 lính. Những người lính này tập bắn tỉa mỗi ngày và ai nhắm trúng sẽ được thưởng một tấm lụa. Tôi đã nhiều lần nghe người Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha nói rằng họ đều là những nhà thiện xạ… Đó là lý do khiến họ luôn thắng thế trong cuộc chiến tranh liên miên với vua Đàng Ngoài mặc dù Đàng Ngoài vượt Đàng Trong về tất cả mọi lĩnh vực, không chỉ về quân số mà còn về của cải và số lượng voi xung trận. Họ cũng có nhiều chiến thuyền lẹ làng và các chiến thuyền này đã giúp họ thực hiện được những kỳ công trên con sông lớn tới tận triều đình. Đại bác ở Đàng Trong cũng như các nơi khác trong vùng Đông Nam Á đã trở thành phương tiện để tăng thêm tinh thần và bày tỏ uy lực siêu phàm của quốc gia hơn là vũ khí để tiêu diệt đối phương” [60; tr.65]. Đó là việc làm có ý thức tất nhiên của giai cấp thống trị muốn bảo vệ nền thống trị của nó và đàn áp nhân dân, bịt ngòi khởi nghĩa cũng như để đề phòng ngoại xâm và có khi cả mưu toan chiếm đất của người ngoại quốc.
Xuất phát điểm của lực lượng hải quân Đàng Trong là rất thấp, cả về số lượng thuyền lẫn binh lính, trang bị vũ khí. Tuy nhiên với quyết tâm trở thành một thế lực chính trị độc lập có thể đối chọi lại Đàng Ngoài và mở rộng lãnh thổ về phía Nam, các chúa Nguyễn đã chủ động hội nhập vào dòng chảy buôn bán khu vực và thế giới để tăng cường lực lượng phòng thủ. Do đó, “giúp chúa rất đắc lực trong cuộc dấy binh chống chúa Đàng Ngoài, đó là ngài có một trăm thuyền chiến và hơn nữa, chúa rất mạnh về đường biển… mạnh về đường bộ vì có súng ống. Thế là chúa dễ dàng thi hành ý đồ và âm mưu chống chúa Đàng Ngoài là chủ mình” [11; tr.83]. Chính vì đạt được sự cân bằng về tương quan lực lượng mà vào năm 1672, nhà Trịnh đã đồng ý ký thỏa hiệp ngừng chiến, chấp nhận Đàng Trong như một thế lực chính trị độc lập.