Sông Mêkông bắt nguồn từ cao nguyên Tây Tạng chảy vào Việt Nam và tách thành 2 nhánh: sông Tiền đi qua địa giới tỉnh An Giang 87 km và 100 km sông Hậu chảy ngang qua tỉnh 100 km theo hƣớng Tây Bắc – Đông Nam và đổ ra biển. Tuy đã đƣợc thiên nhiên điều hòa một phần nhờ vào sự dao động mực nƣớc Biển Hồ (Campuchia) nhƣng hàng năm An Giang vẫn đón nhận mùa nƣớc lũ trong thời gian khoảng 2.5 – 5 tháng và hình thành “mùa nƣớc nổi”. Dòng phù sa bồi đắp tự nhiên giúp cho sự phát triển của ngành
trồng trọt hàng năm nhƣng cũng để lại nhiều hậu quả do lũ lụt gây ra. Đỉnh lũ cao điểm đạt trên 500 cm, xảy ra trong khoảng tháng 8 – tháng 9 âm lịch, cuối tháng 9 lũ bắt đầu rút. Chu kỳ lặp lại các đỉnh cao bình quân 4 năm (với chu kỳ ngắn nhất là 2 năm và dài nhất là 7 năm).
Hệ thống sông Cửu Long gắn liền với sinh hoạt kinh tế xã hội tại địa phƣơng cũng nhƣ nhiều nơi khác trong vùng châu thổ. Địa hình An Giang mang sắc thái khá đặc biệt so với các tỉnh khác, là tỉnh đầu nguồn, tiếp nhận cùng lúc 2 nhánh sông Tiền và sông Hậu nên địa hình vừa có đồng bằng phù sa lại vừa có đồi núi. An Giang có diện tích đất tự nhiên khoảng 3.424 km2, chiếm 8,65% diện tích đồng bằng sông Cửu Long.
An Giang có hai nhánh sông chảy qua là sông Hậu và sông Tiền, sông Tiền chảy qua An Giang không liên tục, là ranh giới chung của hai tỉnh An Giang – Đồng Tháp (ở Tân Châu, Phú Tân, Chợ Mới). Sông Hậu đi qua tỉnh An Giang chia tỉnh thành hai phần: các huyện cù lao An Phú, Tân Châu, Phú Tân, Chợ Mới; các huyện còn lại nằm ở khu vực tứ giác Long Xuyên, ngoài ra An Giang còn rất nhiều nhánh sông, kênh rạch...
Rạch tự nhiên: Ngoài các vùng sông lớn, An Giang còn có một hệ thống rạch tự nhiên rải rác khắp địa bàn của tỉnh, với độ dài vài km đến 30 km, độ rộng từ vài mét đến 100 m và độ uốn khúc quanh co khá lớn. Các rạch trong khu vực giữa sông Tiền và sông Hậu thƣờng lấy nƣớc từ sông Hậu chuyển sâu vào trong nội đồng của vùng trũng tứ giác Long Xuyên.
Những rạch lớn hiện có gồm Mƣơng Khai, Cái Đầm, Cái Tắc (huyện Phú Tân), Ông Chƣởng và Cái Tào Thƣợng (huyện Chơ Mới), Long Xuyên (Tp. Long Xuyên), Chắc Cà Đao và Mặc Cần Dƣng (Huyện Châu Thành) và rạch Cần Thảo (Huyện Châu Phú). Trong đó, rạch Ông Chƣởng và rạch Long Xuyên là 2 rạch quan trọng, khá dài, rộng và sâu hơn các rạch còn lại.
Rạch Ông Chƣởng có hình dạng uốn khúc nhƣ mình rồng, lấy nƣớc sông Tiền ngay đầu thị trấn Chợ Mới, chảy theo hƣớng Đông Bắc – Tây Nam trên chiều dài 20 km, chia huyện Chợ Mới thành 2 khu vực nằm ở phía Đông và Tây của Rạch này, cuối cùng chảy vào sông Hậu tại đỉnh cua cong của cù lao Mỹ Hòa Hƣng. Rạch Ông Chƣởng có độ rộng gần 100 m và sâu hơn 8 m, khả năng tải nƣớc mùa lũ ở mức 800 m3/s với tốc độ 1 m/s.
Rạch Long Xuyên bắt đầu khởi nguồn từ Tp.Long Xuyên chảy theo hƣớng Đông Bắc – Tây Nam, với độ uốn khúc quanh co giống nhƣ 1 dải lụa long lanh chảy suốt trên chặng đƣờng dài gần 18 km giữa thảm lúa rộng mênh mông của Tứ giác Long Xuyên, rồi nối với kênh Thoại Hà tại ấp Đông Phú xã V nh Trạch huyện Thoại Sơn, đi qua núi Sập, kéo thẳng ra biển Tây, nối với sông Kiên cửa Rạch Giá tỉnh Kiên Giang. Rạch Long Xuyên còn gọi là kênh Rạch Giá – Long Xuyên có độ rộng bình quân 100 m và sâu 8 m, có lƣu lƣợng mùa lũ trên 300 m3/s.