Nguồn lợi cá tự nhiên ở ĐBSCL nói chung và An Giang nói riêng có liên quan mật thiết đến các khu vực cƣ trú cũng nhƣ các bãi đẻ của cá thuộc lƣu vực sông MêKông trên lãnh thổ Campuchia nhƣ: Strung Treng, Kraite, Biển Hồ,…Hàng năm, vào đầu mùa lũ khoảng tháng 5 âm lịch khi nƣớc thƣợng nguồn của sông MêKông chảy về hạ lƣu đổ vào lãnh thổ Việt Nam và mực nƣớc bắt đầu tăng lên, cũng là mùa sinh sản tập trung của các loài cá trên thƣợng nguồn, cá bột và cá con di chuyển bị cuốn theo dòng nƣớc về phía hạ lƣu. Sau đó đàn cá con theo dòng nƣớc phân tán vào các kênh rạch, ruộng đồng, vùng ngập lũ,… để sinh trƣởng và phát triển. Nguồn lợi cá con này có ý ngh a rất lớn trong việc khai thác và duy trì nguồn lợi cá nƣớc ngọt ở ĐBSCL.
Kết quả khảo sát năm 2005, có khoảng 134 loài thuỷ sản xuất hiện ở các vùng ngập nƣớc trong tỉnh trong đó cá hô, cá sửu, bông lau, cá ét mọi, cá hú, cá vồ đém, ngoài ra còn có một số loài làm cá cảnh rất có giá trị nhƣ: cá mè, hồng vệnh, cá chạch lửa, cá heo.
Những loài cá còn lại, tuy không có giá trị về kinh tế nhƣng không thể thiếu trong những bữa cơm gia đình cho các tầng lớp trung bình nhƣ: cá rô, mè vinh…và một loài chỉ xuất hiện vào mùa nƣớc nổi đó là cá linh tuy không có giá trị kinh tế nhƣng sản lƣợng khai thác rất lớn và đây cũng là loài rất đặc trƣng cho tỉnh mỗi khi lũ về.
Nhìn chung, nguồn lợi thủy sản tự nhiên tỉnh An Giang có nhiều hƣớng suy giảm. Nguyên nhân chủ yếu là do sử dụng các loại ngƣ cụ mang tính chất hủy diệt cao, thiếu ý thức trong việc bảo vệ nguồn lợi thủy sản.